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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34522 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of SARS-CoV-2 BA.2 Spike protein in complex with BA7535 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 BA.2 / spike / fab / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu Z / Yan A / Gao Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Identification of a highly conserved neutralizing epitope within the RBD region of diverse SARS-CoV-2 variants. 著者: Yanqun Wang / An Yan / Deyong Song / Maoqin Duan / Chuangchuang Dong / Jiantao Chen / Zihe Jiang / Yuanzhu Gao / Muding Rao / Jianxia Feng / Zhaoyong Zhang / Ruxi Qi / Xiaomin Ma / Hong Liu / ...著者: Yanqun Wang / An Yan / Deyong Song / Maoqin Duan / Chuangchuang Dong / Jiantao Chen / Zihe Jiang / Yuanzhu Gao / Muding Rao / Jianxia Feng / Zhaoyong Zhang / Ruxi Qi / Xiaomin Ma / Hong Liu / Beibei Yu / Qiaoping Wang / Mengqi Zong / Jie Jiao / Pingping Xing / Rongrong Pan / Dan Li / Juxue Xiao / Junbo Sun / Ying Li / Linfeng Zhang / Zhenduo Shen / Baiping Sun / Yanyan Zhao / Lu Zhang / Jun Dai / Jingxian Zhao / Lan Wang / Changlin Dou / Zheng Liu / Jincun Zhao / 要旨: The constant emergence of SARS-CoV-2 variants continues to impair the efficacy of existing neutralizing antibodies, especially XBB.1.5 and EG.5, which showed exceptional immune evasion properties. ...The constant emergence of SARS-CoV-2 variants continues to impair the efficacy of existing neutralizing antibodies, especially XBB.1.5 and EG.5, which showed exceptional immune evasion properties. Here, we identify a highly conserved neutralizing epitope targeted by a broad-spectrum neutralizing antibody BA7535, which demonstrates high neutralization potency against not only previous variants, such as Alpha, Beta, Gamma, Delta and Omicron BA.1-BA.5, but also more recently emerged Omicron subvariants, including BF.7, CH.1.1, XBB.1, XBB.1.5, XBB.1.9.1, EG.5. Structural analysis of the Omicron Spike trimer with BA7535-Fab using cryo-EM indicates that BA7535 recognizes a highly conserved cryptic receptor-binding domain (RBD) epitope, avoiding most of the mutational hot spots in RBD. Furthermore, structural simulation based on the interaction of BA7535-Fab/RBD complexes dissects the broadly neutralizing effect of BA7535 against latest variants. Therapeutic and prophylactic treatment with BA7535 alone or in combination with BA7208 protected female mice from the circulating Omicron BA.5 and XBB.1 variant infection, suggesting the highly conserved neutralizing epitope serves as a potential target for developing highly potent therapeutic antibodies and vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34522.map.gz | 483.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34522-v30.xml emd-34522.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34522_fsc.xml | 16.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34522.png | 104.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34522.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_34522_half_map_1.map.gz emd_34522_half_map_2.map.gz | 474.5 MB 474.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34522 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34522_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34522_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34522_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34522_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34522 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h7lMC 8h7zC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.668 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34522_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34522_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.2 Spike protein in complex wit...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.2 Spike protein in complex with BA7535 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.2 Spike protein in complex wit...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.2 Spike protein in complex with BA7535 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: SARS-CoV-2 BA.2 Spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 BA.2 Spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: BA7535
超分子 | 名称: BA7535 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 124.554336 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LITRTQSYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYYHKNN KSWMESEFRV YSSANNCTFE YVSQPFLMDL E GKQGNFKN ...文字列: LITRTQSYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYYHKNN KSWMESEFRV YSSANNCTFE YVSQPFLMDL E GKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLGRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QTLLALHRSY LTPGDSSSGW TA GAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRVQPTESIV RFPNITNLCP FDE VFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNFAPFFA FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGNE VSQIAPGQTG NIAD YNYKL PDDFTGCVIA WNSNKLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GNKPCNGVAG FNCYFPLRSY GFRPT YGVG HQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFLPFQQ FGRDIADTTD AVRDPQ TLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ GVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGSNVF QTRAGCLIGA EYVNNSY EC DIPIGAGICA SYQTQTKSHG SASSVASQSI IAYKMHLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTISV TTEILPVSMT KTSVDCTM Y ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLKRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKYFGGFN FSQILPDPSK PSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GPALQIPFPM QMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ NVVNHNAQAL NTLVKQLSSN FGAISSVLND I LSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQSAPH GV VFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNTFVSGNCD VVIGIVNNTV YDP LQP UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: BA7535 fab heavt chain
分子 | 名称: BA7535 fab heavt chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.838086 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASEFTFS SFAMHWVRQA PGKGLEWVAL ISYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARV SYPLTKYYYG MDVWGQGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASEFTFS SFAMHWVRQA PGKGLEWVAL ISYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARV SYPLTKYYYG MDVWGQGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK THTCPPCPAP EL LGGPSVF LFPPKPKDTL MISRTPEVTC VVVDVSHEDP EVKFNWYVDG VEVHNAKTKP REEQYNSTYR VVSVLTVLHQ DWL NGKEYK CKVSNKALPA PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSRDELTK NQVSLTCLVK GFYPSDIAVE WESNGQPENN YKTT PPVLD SDGSFFLYSK LTVDKSRWQQ GNVFSCSVMH EALHNHYTQK SLSLSPGK |
-分子 #3: BA7535 fab light chain
分子 | 名称: BA7535 fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.431002 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVMTQSPAF MSATPGDKVN ISCKASQDIA DDMNWYQQKP GEAAIFIIQE ATTLVPGISP RFSGSGYGTD FTLTINNIES EDAAYYFCL QHDNFPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVMTQSPAF MSATPGDKVN ISCKASQDIA DDMNWYQQKP GEAAIFIIQE ATTLVPGISP RFSGSGYGTD FTLTINNIES EDAAYYFCL QHDNFPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.39 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |