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万見
- EMDB-34504: cryo-EM structure of cellodextrin phosphorylase from Clostridium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34504
タイトルcryo-EM structure of cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum
マップデータ
試料
  • 複合体: Homodimeric structure of cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum (CtCDP)
    • タンパク質・ペプチド: Cellodextrin phosphorylase
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードcellulose / cellodextrin / phosphorolysis / synthesis / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellodextrin phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kuga T / Sunagawa N / Igarashi K
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22J12566 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)18H05494 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure and dynamics of cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum determine chain length and crystalline packing of highly ordered cellulose II synthesized in vitro
著者: Kuga T / Sunagawa N / Igarashi K
履歴
登録2022年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2023年10月25日-
現状2023年10月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34504.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.575758 - 1.8362952
平均 (標準偏差)0.00047157847 (±0.03324383)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 398.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34504_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34504_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homodimeric structure of cellodextrin phosphorylase from Clostrid...

全体名称: Homodimeric structure of cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum (CtCDP)
要素
  • 複合体: Homodimeric structure of cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum (CtCDP)
    • タンパク質・ペプチド: Cellodextrin phosphorylase
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: Homodimeric structure of cellodextrin phosphorylase from Clostrid...

超分子名称: Homodimeric structure of cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum (CtCDP)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus (バクテリア) / 株: YM4
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: Cellodextrin phosphorylase

分子名称: Cellodextrin phosphorylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
分子量理論値: 112.599523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVTKVTARNN KITPVELLNQ KFGNKINLGN FADAVFTDAA FKNVAGIANL PMKAPVMQVL MENCIVSKYL KQFVPDRSVC FVEEGQKFY IVLEDGQKIE VPEDVNKALK ATVSDVKHWA GYLTEDGEHV IDLLKPAPGP HFYVNLLIGN RLGFKRTLQT T PKSVVDRF ...文字列:
MVTKVTARNN KITPVELLNQ KFGNKINLGN FADAVFTDAA FKNVAGIANL PMKAPVMQVL MENCIVSKYL KQFVPDRSVC FVEEGQKFY IVLEDGQKIE VPEDVNKALK ATVSDVKHWA GYLTEDGEHV IDLLKPAPGP HFYVNLLIGN RLGFKRTLQT T PKSVVDRF GRGSFRSHAA TQVLATRFDM RQEENGFPAN RQFYLYEDGK QIFYSALIDD NIVEATCKHS CNRTVIKYKT AC NLEITRT IFLVPHKKGF PLATELQRIE IKNASDKARN LSITYTGMFG TGAVHAIFED VTYTNVIMQS AALYNDKGEF IGI TPDYYP EEFKQDTRFV TMIVRNGDEK SFPQSFCTDY NDFVGTGTLE HPAGGCNLNN KLNRKGPGFF ALGAPFTVEP GKTV IIDTF TGLSSSKDNE NYSDAVMLRE LDNLLRYFEK SESVEETLNE IINFHENYGK YFQFNTGNKL FDSGFNRNLA FQVLY QTFM SRSFGQTQKG YREIGFREIQ DLFASMYYFI NIGYQDFVKE LLFEWTANVY KMGYANHNFY WVGKQPGLYS DDSLWL LQA YYRYIIYTKD TSVLNEEVPV ADGNNEKRAV RETLKAIIQY SACISVGDHG LPLLDLADWN DCLKIDSNSI DGATKEK LY YEQLKKTNGK YGDRFMSDYS ESVMNAFLLK LAIDHLAEIA TLDNDTQLAQ QMSELSKEVT DRIQKHAWKE NFFARVLI N RYKDGSYTYL GAKGDKLSAD PNIDGVYFLN SFAWSVLSDV ATDEQIAIMV DVIKKHLLTP YGLRLVTPAD LNKIANDTA TGHYFFGDRE NGAVFKHASM MAVAALIKAA KKVKDNELAK EMARIAYFMI DLVLPYKNLE NPFQVAGNPR ICTQYINTDT GENIGPLLS GTATWLNLNL ISLAGIEYTR DGISFNPILR EEETQLNFTL KAPKCSYKFS ITKPVGFARM ESSEYELFVD G QKIDNTVI PMYTDEKEHI VTLKFKHHHH HH

UniProtKB: Cellodextrin phosphorylase

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分子 #2: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
120.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3tris(hydroxymethyl)aminomethane
0.1 mMC4H10O2S2DTT

詳細: 20 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 0.1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3503460
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5nz7

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 604474
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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