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- EMDB-34398: Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34398
タイトルCryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードCryo-EM / Synechocystis sp. PCC 6803 / Syn6803 / Transcription initiation / CTP-bound RPitc / Transcription / Cyanobacteria / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor, RpoD-like, cyanobacteria / DNA-directed RNA polymerase, subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor, RpoD-like, cyanobacteria / DNA-directed RNA polymerase, subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者You LL / Shen LQ / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: An SI3-σ arch stabilizes cyanobacteria transcription initiation complex.
著者: Liqiang Shen / Giorgio Lai / Linlin You / Jing Shi / Xiaoxian Wu / Maria Puiu / Zhanxi Gu / Yu Feng / Yulia Yuzenkova / Yu Zhang /
要旨: Multisubunit RNA polymerases (RNAPs) associate with initiation factors (σ in bacteria) to start transcription. The σ factors are responsible for recognizing and unwinding promoter DNA in all ...Multisubunit RNA polymerases (RNAPs) associate with initiation factors (σ in bacteria) to start transcription. The σ factors are responsible for recognizing and unwinding promoter DNA in all bacterial RNAPs. Here, we report two cryo-EM structures of cyanobacterial transcription initiation complexes at near-atomic resolutions. The structures show that cyanobacterial RNAP forms an "SI3-σ" arch interaction between domain 2 of σ (σ) and sequence insertion 3 (SI3) in the mobile catalytic domain Trigger Loop (TL). The "SI3-σ" arch facilitates transcription initiation from promoters of different classes through sealing the main cleft and thereby stabilizing the RNAP-promoter DNA open complex. Disruption of the "SI3-σ" arch disturbs cyanobacteria growth and stress response. Our study reports the structure of cyanobacterial RNAP and a unique mechanism for its transcription initiation. Our data suggest functional plasticity of SI3 and provide the foundation for further research into cyanobacterial and chloroplast transcription.
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34398.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0112
最小 - 最大-0.11300528 - 0.24922617
平均 (標準偏差)0.00032941645 (±0.0053237495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 308.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34398_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_34398_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34398_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34398_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc

全体名称: The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc
要素
  • 複合体: The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • DNA: Nontemplate strand DNA
    • DNA: Template strand DNA
    • RNA: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc

超分子名称: The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 500 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 36.657344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPMAQFQI ECVESSTRKN QQQYSKFSLE PLDRGQGTTV GNALRRVLLS NLPGAAVTAI RIAGVNHEFA TILGVREDV LEIMLNMKEL VLKSYTDQPQ IGRLTAIGPG TVTAAQFEVP SEVEVIDPNQ YIATLAEGAK LEMEFRVERG V GYRVIERG ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPMAQFQI ECVESSTRKN QQQYSKFSLE PLDRGQGTTV GNALRRVLLS NLPGAAVTAI RIAGVNHEFA TILGVREDV LEIMLNMKEL VLKSYTDQPQ IGRLTAIGPG TVTAAQFEVP SEVEVIDPNQ YIATLAEGAK LEMEFRVERG V GYRVIERG KDENSSLDFL QIDSVFMPVT KVNYTVEDIR ADGMSPKDRL ILDIWTNGSI QPREALSEAS DIIANLFIPL KD LNELEAA HSDYQDEVNP ESQIPIEELQ LSVRAYNCLK RAQINSVADL LEYSQEDLLE IKNFGLKSAE EVIEALQKRL GIT LPHEKA KA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 123.719812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAMTNLATTM LPDLIEIQHA SFHWFLEEGL IEELNSFSPI SDYTGKLELH FLGKDYKLKQ PKYDVDESKR RDASYSVQMY VPTRLINKE TGEIKEQEVF IGDLPLMTER GTFIINGAER VIVNQIVRSP GVYYKKELDK NGRRTYSASL IPNRGAWLKF E TDKNGLVY ...文字列:
MAMTNLATTM LPDLIEIQHA SFHWFLEEGL IEELNSFSPI SDYTGKLELH FLGKDYKLKQ PKYDVDESKR RDASYSVQMY VPTRLINKE TGEIKEQEVF IGDLPLMTER GTFIINGAER VIVNQIVRSP GVYYKKELDK NGRRTYSASL IPNRGAWLKF E TDKNGLVY VRIDKTRKLS AQVLLKAIGL SDNEILDSLS HPEFYQKTLD KEGNPTEEEA LVELYKKLRP GEPPTVSGGQ QL LESRFFD PKRYDLGRVG RYKLNKKLRL NEADTTRVLT PQDILAAINY LINLEFDVGT TDDIDHLGNR RVRSVGELLQ NQI RVGLNR LERIIRERMT VSESDALTPA SLVNPKPLVA AIKEFFGSSQ LSQFMDQTNP LAELTHKRRI SALGPGGLTR ERAG FAVRD IHPSHHGRIC PVETPEGPNA GLIGSLATCA RVNDYGFIET PYFRVESGRV RKDLDPVYLT ADEEDDMRVA PGDIP TDEE GNIIGESVPI RYRQEFSTTS PEQVDYVAVS PVQIISVATS MIPFLEHDDA NRALMGSNMQ RQAVPLLRPE RPLVGT GLE AQAARDSGMV IVSRTHGIVT YVDATEIRVQ PHSPDNPAEK GEEIVYPIQK YQRSNQDTCL NQRPLVYAGE DVVPGQV LA DGSATEGGEL ALGQNILVAY MPWEGYNYED AILISERLVY DDVYTSIHIE KFEIEARQTK LGPEEITREI PNVGEDAL R NLDEHGIIRI GAWVESGDIL VGKVTPKGEA DQPPEEKLLR AIFGEKARDV RDNSLRVPNG EKGRVVDVRV FTREKGDEL PPGANMVVRI YVAQKRKIQV GDKMAGRHGN KGIISRILPI EDMPYLPDGR PIDIALNPLG VPSRMNVGQV FECLLGWAGE NLGVRFKIT PFDEMYGEEA SRDTVHGLLE EASQRPNKDW VFNENHPGKI QVFDGRTGEP FDRPITVGQA YMLKLVHLVD D KIHARSTG PYSLVTQQPL GGKAQQGGQR FGEMEVWALE AYGAAYILQE LLTVKSDDMQ GRNEALNAIV KGKSIPRPGT PE SFKVLMR ELQSLGLDIA AHKVQLSEDG ESADAEVDLM IDSQRRAPNR PTYESLHTEE DLEEEEV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 71.072992 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKAQSEPRFD YVKIAIASPE RIRQWGERTL PNGTVVGEVT KPETINYRTL KPEMDGLFCE KIFGPSKDWE CWCGKYKRVR HRGIVCERC GVEVTESRVR RHRMGYIKLA APVTHVWYLK GIPSYLSILL DMALRDVEQI VYFNAYVVLN PGNASNLQYK Q LLTEDQWV ...文字列:
MKAQSEPRFD YVKIAIASPE RIRQWGERTL PNGTVVGEVT KPETINYRTL KPEMDGLFCE KIFGPSKDWE CWCGKYKRVR HRGIVCERC GVEVTESRVR RHRMGYIKLA APVTHVWYLK GIPSYLSILL DMALRDVEQI VYFNAYVVLN PGNASNLQYK Q LLTEDQWV EIEDQIYAED SELEGIEVGI GAEAVQRLLA ELQLEEVAEK LREEILASKG QKRAKLIKRL RVIDNFIATH SQ AEWMTLD VIPVIPPDLR PMVQLDGGRF ATSDLNDLYR RVINRNNRLA RLQEILAPEI IVRNEKRMLQ EAVDALIDNG RRG RTVVGA NNRALKSLSD IIEGKQGRFR QNLLGKRVDY SGRSVIVVGP NLKIYQCGLP REMAIELFQP FVIHRLIKLG IVNN IKAAK KLILKGDPQI WSVLEEVITG HPVMLNRAPT LHRLGIQAFE PILVEGRAIQ LHPLVCPAFN ADFDGDQMAV HVPLS LEAQ CEARLLMLAC HNVLSPATGK PIVAPSQDMV LGCYYLTAEN PNAQKGAGRY FAGIEDALRA YDHGQVDLHS QIWIRH LDE DVVTEKPDTE VIKTEDLGDG TVMKYYRERK IREGVDGEII TQYIQTTPGR IIYNKTIAEA LVF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 8.749776 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MTKRSNLDSN HIIYRSEELL GAASNRYNIT VRVAKRAKEN RSEDFDSIDD PNMKPAIRAI IEMSDELTRP EIISDN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 50.335371 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GAMGMTQTKE PLTKAESAEL EQEIELSQYI NTDDIDDDDI DVEDLEQEVA ATEGKEKKVR KIRKDAVKKK PYTEDSIRIY LQEIGRIRL LRAEEEIELA RQIADLLELE LIRDNLTLQL ERQPSELEWG KQVWKLETAK QRLVGDKKKE PKKKDIDSYL A NPDNELSL ...文字列:
GAMGMTQTKE PLTKAESAEL EQEIELSQYI NTDDIDDDDI DVEDLEQEVA ATEGKEKKVR KIRKDAVKKK PYTEDSIRIY LQEIGRIRL LRAEEEIELA RQIADLLELE LIRDNLTLQL ERQPSELEWG KQVWKLETAK QRLVGDKKKE PKKKDIDSYL A NPDNELSL ENEWSQQPNK NFAAFRRRLF LDRRAKDKMV QSNLRLVVSI AKKYMNRGLS FQDLIQEGSL GLIRAAEKFD HE KGYKFST YATWWIRQAI TRAIADQSRT IRLPVHLYET ISRIKKTTKL LSQEMRRKPT EEEIAEKMEM TIEKLRFIAK SAQ LPISLE TPIGKEEDSR LGDFIEADGE TPEDEVSKNL LREDLENVLD TLSPRERDVL RLRYGLDDGR MKTLEEIGQI FNVT RERIR QIEAKALRKL RHPNRNSILK EYIR

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 145.371984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSGSGSMTFY NYTIDKGRLK KLIALAYRRY GSARCSQLAD ELKELGFRFA TKAGVSISVD DLTIPPEKKQ MLEAAEKEIR TTEERYARG EITEVERFQK VIDTWNGTSE ELKDQVVVNF RKTDPLNSVY MMAFSGARGN MSQVRQLVGM RGLMADPQGE I IDLPIKTN ...文字列:
GSGSGSMTFY NYTIDKGRLK KLIALAYRRY GSARCSQLAD ELKELGFRFA TKAGVSISVD DLTIPPEKKQ MLEAAEKEIR TTEERYARG EITEVERFQK VIDTWNGTSE ELKDQVVVNF RKTDPLNSVY MMAFSGARGN MSQVRQLVGM RGLMADPQGE I IDLPIKTN FREGLTVTEY VISSYGARKG LVDTALRTAD SGYLTRRLVD VSQDVIVREQ DCGTERSLRV TAMTDGDQVK IS LADRLFG RLLAKDVVGP DGEIIAKRND EIDEALANRI AAVTDEVYVR SPLTCEAARS VCQNCYGWSL AHGHKVDLGE AVG IIAAQS IGEPGTQLTM RTFHTGGVFT GEVARQEKAP EDGTVKWGKG LSTRKVRTRH GEDAEQVEIA GDLIWKGEGK KAAT QTYSL TPGSLLFVQD GQTVTAGQLM TEISLSKTQR STERATKDVA GDLAGEVLFD RLVPEEKTDR QGNTTRIAQR GGLVW ILSG EVYNLPPGAE PVVKNDEQVE VGSIMAETKL VTNDGGVVRL VSNREIEIIT ASVLLDQAQV KLESSGGREQ YVIYTA DKQ RFLLKAAPGT KVQNHSIVAE LIDDRYRTTT GGMIRYAGVE VAKGGRKQGY EVTKGGTLLW IPEETHEINK DISLLIV ED GQYVEAGTEV VKDIFCQSSG IVEVVQKNDI LREIIIKPGD FYQDVDPGSV KIESGQLLQP GQDVFPGVTV STLSQAEW I ESPEGNGLLL RPVEEYKVFD EPAAPSQGSQ NEEGGRQIEL RSVQRLFYKD GDRVKSVEGA PLLSTQLVLE IYGSGNEGI SHLSADIELQ DDEEEDCQRL QLVILESLVL RRDQESDPLG GASKTRLLVQ DGDQIPPGAV VARTEIQCKE AGTVRGIKEG QESIRRVLL ERAADRLVVD LPSAPEVKPG QLLVAGQELV PGVKLEESGK VLEINGKGDN YQLVLRRARP YRVSPGAVLH I EDGDLVQR GDNLVLLVFE RAKTGDIVQG LPRIEELLEA RKPKEACVLA RAPGVCQVEY LEDESVDIKV VEDDGTVSEY PL LPGQNAM VTDGQRIDVG HALTDGYNNP HEILDVFFSY YVDKDGCYQA ALRGLQAAQK FLVNEVQTVY QSQGVDISDK HIE VIVRQM TAKVRIDDGG DTTMLPGELV ELRQVEQVNE AMGITGSAPA RYTPVLLGIT KASLNTDSFI SAASFQETTR VLTE AAIEG KSDWLRGLKE NVIIGRLIPA GTGFSSHEEV LGLIETQDDI QGYMIEPIEL PTTKKKASAT KVKTKKVEAD DDLLD DTRA RAYAGTQLSQ DDEEFEETYD TDEDDFDMDD DDDFGDDED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #7: Nontemplate strand DNA

分子名称: Nontemplate strand DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 20.81025 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) (DG)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)

+
分子 #8: Template strand DNA

分子名称: Template strand DNA / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 20.673232 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)

+
分子 #9: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.239818 KDa
配列文字列:
CCGA

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #12: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: CTP
分子量理論値: 483.156 Da
Chemical component information

ChemComp-CTP:
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 135 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2297 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 681334
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 145731
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8gzh:
Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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