+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Octahedral supramolecular assembly of the bicomponent gamma-hemolysin octameric pore complexes from Staphylococcus aureus Newman. | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Super assembly / Pore-forming toxin / cryo-EM / lipid membrane / S. aureus / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / cytolysis in another organism / toxin activity / extracellular region / Gamma-hemolysin component A / Gamma-hemolysin component B![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Mishra S / Roy A / Dutta S | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Octahedral supramolecular assembly of the bicomponent gamma-hemolysin octameric pore complexes from Staphylococcus aureus Newman. 著者: Mishra S / Roy A / Dutta S | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 229.6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 60.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 225.6 MB 225.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gz7MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34391_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34391_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Octahedral super assembly of bicomponent Gamma-Hemolysin octameri...
全体 | 名称: Octahedral super assembly of bicomponent Gamma-Hemolysin octameric pore complexes |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Octahedral super assembly of bicomponent Gamma-Hemolysin octameri...
超分子 | 名称: Octahedral super assembly of bicomponent Gamma-Hemolysin octameric pore complexes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Gamma-hemolysin component B
分子 | 名称: Gamma-hemolysin component B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 31.305635 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: KVTLYKTTAT ADSDKFKISQ ILTFNFIKDK SYDKDTLVLK ATGNINSGFV KPNPNDYDFS KLYWGAKYNV SISSQSNDSV NVVDYAPKN QNEEFQVQNT LGYTFGGNTA FSETINYKQE SYRTTLSRNT NYKNVGWGVE AHKIMNNGWG PYGRDSFHPT Y GNELFLAG ...文字列: KVTLYKTTAT ADSDKFKISQ ILTFNFIKDK SYDKDTLVLK ATGNINSGFV KPNPNDYDFS KLYWGAKYNV SISSQSNDSV NVVDYAPKN QNEEFQVQNT LGYTFGGNTA FSETINYKQE SYRTTLSRNT NYKNVGWGVE AHKIMNNGWG PYGRDSFHPT Y GNELFLAG RQSSAYAGQN FIAQHQMPLL SRSNFNPEFL SVLSHRQDGA KKSKITVTYQ REMDLYQIRW NGFYWAGANY KN FKTRTFK STYEIDWENH KVKLLDTKET ENNK UniProtKB: Gamma-hemolysin component B |
-分子 #2: Gamma-hemolysin component A
分子 | 名称: Gamma-hemolysin component A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 30.563545 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: KIEDIGQGAE IIKRTQDITS KRLAITQNIQ FDFVKDKKYN KDALVVKMQG FISSRTTYSD LKKYPYIKRM IWPFQYNISL KTKDSNVDL INYLPKNKID SADVSQKLGY NIGSFNYSKT ISYNQKNYVT EVESQNSKGV KWGVKANSFV TPNGQVSAYD Q YLFAQDPT ...文字列: KIEDIGQGAE IIKRTQDITS KRLAITQNIQ FDFVKDKKYN KDALVVKMQG FISSRTTYSD LKKYPYIKRM IWPFQYNISL KTKDSNVDL INYLPKNKID SADVSQKLGY NIGSFNYSKT ISYNQKNYVT EVESQNSKGV KWGVKANSFV TPNGQVSAYD Q YLFAQDPT GPAARDYFVP DNQLPPLIQS GFNPSFITTL SHERGKGDKS EFEITYGRNM DATYAYVTRH RLAVDRKHDA FK NRNVTVK YEVNWKTHEV KIKSITPK UniProtKB: Gamma-hemolysin component A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-8gz7: |