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万見
- EMDB-34379: Cryo-EM structure of human CEPT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34379
タイトルCryo-EM structure of human CEPT1
マップデータ
試料
  • 複合体: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC
    • タンパク質・ペプチド: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCEPT1 / choline/ethanolamine phosphotransferase / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolaminephosphotransferase / 1-alkenyl-2-acylglycerol choline phosphotransferase / 1-alkenyl-2-acylglycerol choline phosphotransferase activity / diacylglycerol cholinephosphotransferase / diacylglycerol cholinephosphotransferase activity / ethanolaminephosphotransferase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / Synthesis of PC / lipid metabolic process ...ethanolaminephosphotransferase / 1-alkenyl-2-acylglycerol choline phosphotransferase / 1-alkenyl-2-acylglycerol choline phosphotransferase activity / diacylglycerol cholinephosphotransferase / diacylglycerol cholinephosphotransferase activity / ethanolaminephosphotransferase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / Synthesis of PC / lipid metabolic process / nuclear membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine phosphotransferase / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Choline/ethanolaminephosphotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Qian HW / Wang ZH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateKY9100000034 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for catalysis of human choline/ethanolamine phosphotransferase 1.
著者: Zhenhua Wang / Meng Yang / Yufan Yang / Yonglin He / Hongwu Qian /
要旨: Phosphatidylcholine (PC) and phosphatidylethanolamine (PE) are two primary components of the eukaryotic membrane and play essential roles in the maintenance of membrane integrity, lipid droplet ...Phosphatidylcholine (PC) and phosphatidylethanolamine (PE) are two primary components of the eukaryotic membrane and play essential roles in the maintenance of membrane integrity, lipid droplet biogenesis, autophagosome formation, and lipoprotein formation and secretion. Choline/ethanolamine phosphotransferase 1 (CEPT1) catalyzes the last step of the biosynthesis of PC and PE in the Kennedy pathway by transferring the substituted phosphate group from CDP-choline/ethanolamine to diacylglycerol. Here, we present the cryo-EM structures of human CEPT1 and its complex with CDP-choline at resolutions of 3.7 Å and 3.8 Å, respectively. CEPT1 is a dimer with 10 transmembrane segments (TMs) in each protomer. TMs 1-6 constitute a conserved catalytic domain with an interior hydrophobic chamber accommodating a PC-like density. Structural observations and biochemical characterizations suggest that the hydrophobic chamber coordinates the acyl tails during the catalytic process. The PC-like density disappears in the structure of the complex with CDP-choline, suggesting a potential substrate-triggered product release mechanism.
履歴
登録2022年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2023年10月4日-
現状2023年10月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34379.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34379.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-2.5967696 - 3.7480774
平均 (標準偏差)0.004316493 (±0.10792702)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 214.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34379_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34379_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC

全体名称: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC
要素
  • 複合体: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC
    • タンパク質・ペプチド: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC

超分子名称: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1

分子名称: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ethanolaminephosphotransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.69509 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGCVLNKLFQ LPTPPLSRHQ LKRLEEHRYQ SAGRSLLEPL MQGYWEWLVR RVPSWIAPNL ITIIGLSINI CTTILLVFYC PTATEQAPL WAYIACACGL FIYQSLDAID GKQARRTNSS SPLGELFDHG CDSLSTVFVV LGTCIAVQLG TNPDWMFFCC F AGTFMFYC ...文字列:
TGCVLNKLFQ LPTPPLSRHQ LKRLEEHRYQ SAGRSLLEPL MQGYWEWLVR RVPSWIAPNL ITIIGLSINI CTTILLVFYC PTATEQAPL WAYIACACGL FIYQSLDAID GKQARRTNSS SPLGELFDHG CDSLSTVFVV LGTCIAVQLG TNPDWMFFCC F AGTFMFYC AHWQTYVSGT LRFGIIDVTE VQIFIIIMHL LAVIGGPPFW QSMIPVLNIQ MKIFPALCTV AGTIFSCTNY FR VIFTGGV GKNGSTIAGT SVLSPFLHIG SVITLAAMIY KKSAVQLFEK HPCLYILTFG FVSAKITNKL VVAHMTKSEM HLH DTAFIG PALLFLDQYF NSFIDEYIVL WIALVFSFFD LIRYCVSVCN QIASHLHIHV FRIK

UniProtKB: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1

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分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 851097
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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