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- EMDB-34260: Cryo-EM map of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 focu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34260
タイトルCryo-EM map of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 focused on RBD_XGv282 sub-complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM map of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 focused on RBD_XGv282 sub-complex
    • 複合体: S protein of Omicron BA.5 variant
    • 複合体: XGv282
キーワードSARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Xia LY / Zhang YY / Zhou Q
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32022037 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81803429 中国
引用
ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Comprehensive structural analysis reveals broad-spectrum neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 Omicron variants.
著者: Xiangyang Chi / Lingyun Xia / Guanying Zhang / Ximin Chi / Bangdong Huang / Yuanyuan Zhang / Zhengshan Chen / Jin Han / Liushu Wu / Zeya Li / Hancong Sun / Ping Huang / Changming Yu / Wei Chen / Qiang Zhou /
要旨: The pandemic of COVID-19 caused by SARS-CoV-2 continues to spread around the world. Mutant strains of SARS-CoV-2 are constantly emerging. At present, Omicron variants have become mainstream. In this ...The pandemic of COVID-19 caused by SARS-CoV-2 continues to spread around the world. Mutant strains of SARS-CoV-2 are constantly emerging. At present, Omicron variants have become mainstream. In this work, we carried out a systematic and comprehensive analysis of the reported spike protein antibodies, counting the epitopes and genotypes of these antibodies. We further comprehensively analyzed the impact of Omicron mutations on antibody epitopes and classified these antibodies according to their binding patterns. We found that the epitopes of the H-RBD class antibodies were significantly less affected by Omicron mutations than other classes. Binding and virus neutralization experiments showed that such antibodies could effectively inhibit the immune escape of Omicron. Cryo-EM results showed that this class of antibodies utilized a conserved mechanism to neutralize SARS-CoV-2. Our results greatly help us deeply understand the impact of Omicron mutations. Meanwhile, it also provides guidance and insights for developing Omicron antibodies and vaccines.
#1: ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2022
タイトル: Broadly neutralizing antibodies against Omicron-included SARS-CoV-2 variants induced by vaccination
著者: Chi XY
履歴
登録2022年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年7月12日-
現状2023年7月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34260.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.64 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.64 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.077 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-6.909141 - 6.4117403
平均 (標準偏差)0.00000045264025 (±0.06131245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 344.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34260_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34260_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM map of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 focu...

全体名称: Cryo-EM map of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 focused on RBD_XGv282 sub-complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM map of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 focused on RBD_XGv282 sub-complex
    • 複合体: S protein of Omicron BA.5 variant
    • 複合体: XGv282

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超分子 #1: Cryo-EM map of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 focu...

超分子名称: Cryo-EM map of Omicron BA.5 S protein in complex with XGv282 focused on RBD_XGv282 sub-complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: S protein of Omicron BA.5 variant

超分子名称: S protein of Omicron BA.5 variant / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: XGv282

超分子名称: XGv282 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 350760
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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