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万見
- EMDB-34232: Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34232
タイトルEchovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab
    • 複合体: 6D10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 6D10
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of 6D10
    • ウイルス: Echovirus E3 (ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein (Fragment)
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein (Fragment)
  • リガンド: SPHINGOSINE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Echovirus E3 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang X / Fu W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Immunogenicity of the C-Terminus of VP1 of Echovirus 3 Revealed by the Binding of a Neutralizing Antibody.
著者: Shuai Qi / Wangjun Fu / Jinyan Fan / Li Zhang / Binyang Zheng / Kang Wang / Xiangxi Wang / Ling Zhu / Xinjian Li / Yuxia Zhang /
要旨: Echovirus 3 (E3), a serotype of human enterovirus B (HEV-B), causes severe diseases in infants. Here, we determined the structures of E3 with a monoclonal antibody (MAb) 6D10 by cryo-EM to ...Echovirus 3 (E3), a serotype of human enterovirus B (HEV-B), causes severe diseases in infants. Here, we determined the structures of E3 with a monoclonal antibody (MAb) 6D10 by cryo-EM to comprehensively understand the specificities and the immunological characteristic of this serotype. The solved cryo-EM structures of the F-, A-, and E-particles of E3 bound with 6D10 revealed the structural features of the virus-antibody interface. Importantly, the structures of E-particles bound with 6D10 revealed for the first time the nature of the C-terminus of VP1 for HEV-Bs at the structural level. The highly immunogenic nature of this region in the E-particles provides new strategies for vaccine development for HEV-Bs.
履歴
登録2022年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34232.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.332 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.119015 - 0.198613
平均 (標準偏差)0.0012790979 (±0.012230532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 506.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34232_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34232_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab

全体名称: Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab
要素
  • 複合体: Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab
    • 複合体: 6D10 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 6D10
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of 6D10
    • ウイルス: Echovirus E3 (ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein (Fragment)
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein (Fragment)
  • リガンド: SPHINGOSINE

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超分子 #1: Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab

超分子名称: Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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超分子 #3: 6D10 Fab

超分子名称: 6D10 Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #2: Echovirus E3

超分子名称: Echovirus E3 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6 / NCBI-ID: 47516 / 生物種: Echovirus E3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Heavy chain of 6D10

分子名称: Heavy chain of 6D10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.9382 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
EVQLQQSGPE LARPWASVKI SCQAFYTFSN YGMQWVKQSP GQGLEWIGPF YPGNADTSYN QKFKGKATLT ADKSSSTAYM QFSSLTSED SAVYYCARVV ATTDFDYWGQ GTTVTVSS

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分子 #2: Light chain of 6D10

分子名称: Light chain of 6D10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.652158 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
YIEASQSPSS LAVSVGEKVT MSCKSSQSLL YSSNQKNYLA WFQQKPGQSP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVKAEDL AVYYCQQYYS YPYTFGGGTK LKIKR

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分子 #3: Genome polyprotein (Fragment)

分子名称: Genome polyprotein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E3 (ウイルス)
分子量理論値: 32.801801 KDa
配列文字列: GDVEEAIDRA VARVADTMPT GPRNTESVPA LTAVETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRT ESSIENFLCR AACVYIATYK SAGGTPTER YASWRINTRQ MVQLRRKFEL FTYLRFDMEI TFVITSTQDP GTQLAQDMPV LTHQIMYIPP GGPVPNSATD F AWQSSTNP ...文字列:
GDVEEAIDRA VARVADTMPT GPRNTESVPA LTAVETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRT ESSIENFLCR AACVYIATYK SAGGTPTER YASWRINTRQ MVQLRRKFEL FTYLRFDMEI TFVITSTQDP GTQLAQDMPV LTHQIMYIPP GGPVPNSATD F AWQSSTNP SIFWTEGCAP ARMSVPFISI GNAYSNFYDG WSHFTQEGVY GFNSLNNMGH IYVRHVNEQS LGVSTSTLRV YF KPKHVRA WVPRPPRLSP YVKSSNVNFK PTAVTTERKD INDVGTLRPV GYTNH

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分子 #4: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E3 (ウイルス)
分子量理論値: 29.134645 KDa
配列文字列: PTVEECGFSD RVRSITLGNS TITTQECANV VVGYGVWPSY LQDNEATAED QPTQPDVATC RFYTLDSIQW QKESDGWWWK FPEALKNMG LFGQNMEYHY LGRSGYTIHV QCNASKFHQG CLLVVCVPEA EMGCSDVERE VVAASLSSED TAKSFSRTES N GQHTVQTV ...文字列:
PTVEECGFSD RVRSITLGNS TITTQECANV VVGYGVWPSY LQDNEATAED QPTQPDVATC RFYTLDSIQW QKESDGWWWK FPEALKNMG LFGQNMEYHY LGRSGYTIHV QCNASKFHQG CLLVVCVPEA EMGCSDVERE VVAASLSSED TAKSFSRTES N GQHTVQTV VYNAGMGVGV GNLTIFPHQW INLRTNNSAT IVMPYINSVP MDNMFRHYNF TLMIIPFAKL EYTEQASNYV PI TVTVAPM CAEYNGLRLA SHQ

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分子 #5: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E3 (ウイルス)
分子量理論値: 26.281973 KDa
配列文字列: GLPTMLTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMKIPGEV HNLMEIAEVD SVVPVNNTKE NINSMEAYRI PVTGGDQLHT QVFGFQMQP GLNSVFKRTL LGEILNYYAH WSGSVKLTFV FCGSAMATGK FLLAYSPPGA SPPQNRKQAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCI ...文字列:
GLPTMLTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMKIPGEV HNLMEIAEVD SVVPVNNTKE NINSMEAYRI PVTGGDQLHT QVFGFQMQP GLNSVFKRTL LGEILNYYAH WSGSVKLTFV FCGSAMATGK FLLAYSPPGA SPPQNRKQAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRL VQQDEYTSAG YVTCWYQTGL IVPPGAPPSC TILCFASACN DFSVRMLRDT PFIEQTQLLQ

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分子 #6: Genome polyprotein (Fragment)

分子名称: Genome polyprotein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E3 (ウイルス)
分子量理論値: 7.533272 KDa
配列文字列:
MGAQVSTQKT GAHETSLTAS GNSTIHYTNI NYYKDAASNS ANRQDFTQDP SKFTEPMKDV MIKSLPALN

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分子 #7: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65284
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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