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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34225 | ||||||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of the human respiratory complex II | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | succinate dehydrogenase / electron transport chain / human mitochondria / OXIDOREDUCTASE / oxidative phosphorylation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of catecholamine secretion / succinate metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; キノンあるいはその類似化合物を用いる / succinate dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / Citric acid cycle (TCA cycle) / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle ...regulation of catecholamine secretion / succinate metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; キノンあるいはその類似化合物を用いる / succinate dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / Citric acid cycle (TCA cycle) / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Respiratory electron transport / mitochondrial envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / ubiquinone binding / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / nervous system development / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / heme binding / nucleolus / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Du Z / Zhou X / Lai Y / Xu J / Zhang Y / Zhou S / Liu F / Gao Y / Gong H / Rao Z | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structure of the human respiratory complex II. 著者: Zhanqiang Du / Xiaoting Zhou / Yuezheng Lai / Jinxu Xu / Yuying Zhang / Shan Zhou / Ziyan Feng / Long Yu / Yanting Tang / Weiwei Wang / Lu Yu / Changlin Tian / Ting Ran / Hongming Chen / Luke ...著者: Zhanqiang Du / Xiaoting Zhou / Yuezheng Lai / Jinxu Xu / Yuying Zhang / Shan Zhou / Ziyan Feng / Long Yu / Yanting Tang / Weiwei Wang / Lu Yu / Changlin Tian / Ting Ran / Hongming Chen / Luke W Guddat / Fengjiang Liu / Yan Gao / Zihe Rao / Hongri Gong / 要旨: Human complex II is a key protein complex that links two essential energy-producing processes: the tricarboxylic acid cycle and oxidative phosphorylation. Deficiencies due to mutagenesis have been ...Human complex II is a key protein complex that links two essential energy-producing processes: the tricarboxylic acid cycle and oxidative phosphorylation. Deficiencies due to mutagenesis have been shown to cause mitochondrial disease and some types of cancers. However, the structure of this complex is yet to be resolved, hindering a comprehensive understanding of the functional aspects of this molecular machine. Here, we have determined the structure of human complex II in the presence of ubiquinone at 2.86 Å resolution by cryoelectron microscopy, showing it comprises two water-soluble subunits, SDHA and SDHB, and two membrane-spanning subunits, SDHC and SDHD. This structure allows us to propose a route for electron transfer. In addition, clinically relevant mutations are mapped onto the structure. This mapping provides a molecular understanding to explain why these variants have the potential to produce disease. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34225.map.gz | 203.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34225-v30.xml emd-34225.xml | 21.5 KB 21.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34225.png | 65.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34225.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_34225_half_map_1.map.gz emd_34225_half_map_2.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34225 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34225 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gs8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34225.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34225_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34225_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : The human mitochondrial complex II, composed of SDHA, SDHB, SDHC ...
+超分子 #1: The human mitochondrial complex II, composed of SDHA, SDHB, SDHC ...
+分子 #1: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitoch...
+分子 #2: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitocho...
+分子 #3: Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial
+分子 #4: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, ...
+分子 #5: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
+分子 #6: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #7: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #8: FE3-S4 CLUSTER
+分子 #9: UBIQUINONE-1
+分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #11: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114967 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |