+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34219 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human Neuroligin 3 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Neuroligin / synapse protein / plasma membrane / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asymmetric, glutamatergic, excitatory synapse / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / rhythmic synaptic transmission / postsynaptic membrane assembly / presynaptic membrane assembly / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / neuron cell-cell adhesion / presynapse assembly / neurexin family protein binding / vocalization behavior ...asymmetric, glutamatergic, excitatory synapse / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / rhythmic synaptic transmission / postsynaptic membrane assembly / presynaptic membrane assembly / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / neuron cell-cell adhesion / presynapse assembly / neurexin family protein binding / vocalization behavior / inhibitory postsynaptic potential / axon extension / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse assembly / positive regulation of AMPA receptor activity / adult behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / social behavior / synaptic vesicle endocytosis / excitatory synapse / endocytic vesicle / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / receptor-mediated endocytosis / learning / synapse organization / modulation of chemical synaptic transmission / presynapse / signaling receptor activity / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / molecular adaptor activity / synapse / cell surface / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang H / Zhang Z / Hou M | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Front Endocrinol (Lausanne) / 年: 2022 タイトル: Expression and structural analysis of human neuroligin 2 and neuroligin 3 implicated in autism spectrum disorders. 著者: Zhenzhen Zhang / Mengzhuo Hou / Huaxing Ou / Daping Wang / Zhifang Li / Huawei Zhang / Jianping Lu / 要旨: The development of autism spectrum disorders (ASDs) involves both environmental factors such as maternal diabetes and genetic factors such as neuroligins (NLGNs). NLGN2 and NLGN3 are two members of ...The development of autism spectrum disorders (ASDs) involves both environmental factors such as maternal diabetes and genetic factors such as neuroligins (NLGNs). NLGN2 and NLGN3 are two members of NLGNs with distinct distributions and functions in synapse development and plasticity. The relationship between maternal diabetes and NLGNs, and the distinct working mechanisms of different NLGNs currently remain unclear. Here, we first analyzed the expression levels of NLGN2 and NLGN3 in a streptozotocin-induced ASD mouse model and different brain regions to reveal their differences and similarities. Then, cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of human NLGN2 and NLGN3 were determined. The overall structures are similar to their homologs in previous reports. However, structural comparisons revealed the relative rotations of two protomers in the homodimers of NLGN2 and NLGN3. Taken together with the previously reported NLGN2-MDGA1 complex, we speculate that the distinct assembly adopted by NLGN2 and NLGN3 may affect their interactions with MDGAs. Our results provide structural insights into the potential distinct mechanisms of NLGN2 and NLGN3 implicated in the development of ASD. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34219.map.gz | 5.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-34219-v30.xml emd-34219.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34219_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34219.png | 86.3 KB | ||
マスクデータ | emd_34219_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-34219.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_34219_half_map_1.map.gz emd_34219_half_map_2.map.gz | 48.5 MB 48.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34219 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34219 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34219_validation.pdf.gz | 684.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_34219_full_validation.pdf.gz | 684 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34219_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34219_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34219 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34219 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gs3MC 8gs4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.842 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34219_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34219_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34219_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : homodimer of Neuroligin 3
全体 | 名称: homodimer of Neuroligin 3 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: homodimer of Neuroligin 3
超分子 | 名称: homodimer of Neuroligin 3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Neuroligin-3
分子 | 名称: Neuroligin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 93.999062 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MWLRLGPPSL SLSPKPTVGR SLCLTLWFLS LALRASTQAP APTVNTHFGK LRGARVPLPS EILGPVDQYL GVPYAAPPIG EKRFLPPEP PPSWSGIRNA THFPPVCPQN IHTAVPEVML PVWFTANLDI VATYIQEPNE DCLYLNVYVP TEDVKRISKE C ARKPNKKI ...文字列: MWLRLGPPSL SLSPKPTVGR SLCLTLWFLS LALRASTQAP APTVNTHFGK LRGARVPLPS EILGPVDQYL GVPYAAPPIG EKRFLPPEP PPSWSGIRNA THFPPVCPQN IHTAVPEVML PVWFTANLDI VATYIQEPNE DCLYLNVYVP TEDVKRISKE C ARKPNKKI CRKGGSGAKK QGEDLADNDG DEDEDIRDSG AKPVMVYIHG GSYMEGTGNM IDGSILASYG NVIVITLNYR VG VLGFLST GDQAAKGNYG LLDQIQALRW VSENIAFFGG DPRRITVFGS GIGASCVSLL TLSHHSEGLF QRAIIQSGSA LSS WAVNYQ PVKYTSLLAD KVGCNVLDTV DMVDCLRQKS AKELVEQDIQ PARYHVAFGP VIDGDVIPDD PEILMEQGEF LNYD IMLGV NQGEGLKFVE GVVDPEDGVS GTDFDYSVSN FVDNLYGYPE GKDTLRETIK FMYTDWADRD NPETRRKTLV ALFTD HQWV EPSVVTADLH ARYGSPTYFY AFYHHCQSLM KPAWSDAAHG DEVPYVFGVP MVGPTDLFPC NFSKNDVMLS AVVMTY WTN FAKTGDPNKP VPQDTKFIHT KANRFEEVAW SKYNPRDQLY LHIGLKPRVR DHYRATKVAF WKHLVPHLYN LHDMFHY TS TTTKVPPPDT THSSHITRRP NGKTWSTKRP AISPAYSNEN AQGSWNGDQD AGPLLVENPR DYSTELSVTI AVGASLLF L NVLAFAALYY RKDKRRQEPL RQPSPQRGAG APELGAAPEE ELAALQLGPT HHECEAGPPH DTLRLTALPD YTLTLRRSP DDIPLMTPNT ITMIPNSLVG LQTLHPYNTF AAGFNSTGLP HSHSTTRV UniProtKB: Neuroligin-3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |