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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34214 | |||||||||
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タイトル | human TMEM63A | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / tertiary granule membrane / centriolar satellite / specific granule membrane / early endosome membrane / nucleic acid binding / lysosomal membrane ...surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / tertiary granule membrane / centriolar satellite / specific granule membrane / early endosome membrane / nucleic acid binding / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang MF | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: A mechanical-coupling mechanism in OSCA/TMEM63 channel mechanosensitivity. 著者: Mingfeng Zhang / Yuanyue Shan / Charles D Cox / Duanqing Pei / 要旨: Mechanosensitive (MS) ion channels are a ubiquitous type of molecular force sensor sensing forces from the surrounding bilayer. The profound structural diversity in these channels suggests that the ...Mechanosensitive (MS) ion channels are a ubiquitous type of molecular force sensor sensing forces from the surrounding bilayer. The profound structural diversity in these channels suggests that the molecular mechanisms of force sensing follow unique structural blueprints. Here we determine the structures of plant and mammalian OSCA/TMEM63 proteins, allowing us to identify essential elements for mechanotransduction and propose roles for putative bound lipids in OSCA/TMEM63 mechanosensation. Briefly, the central cavity created by the dimer interface couples each subunit and modulates dimeric OSCA/TMEM63 channel mechanosensitivity through the modulating lipids while the cytosolic side of the pore is gated by a plug lipid that prevents the ion permeation. Our results suggest that the gating mechanism of OSCA/TMEM63 channels may combine structural aspects of the 'lipid-gated' mechanism of MscS and TRAAK channels and the calcium-induced gating mechanism of the TMEM16 family, which may provide insights into the structural rearrangements of TMEM16/TMC superfamilies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34214.map.gz | 117.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34214-v30.xml emd-34214.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34214.png | 34.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34214.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_34214_half_map_1.map.gz emd_34214_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34214 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34214 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34214_validation.pdf.gz | 1006.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34214_full_validation.pdf.gz | 1005.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34214_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34214_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34214 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34214 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34214.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34214_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34214_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human TMEM63A
全体 | 名称: human TMEM63A |
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要素 |
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-超分子 #1: human TMEM63A
超分子 | 名称: human TMEM63A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: CSC1-like protein 1
分子 | 名称: CSC1-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 92.212836 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MMDSPFLELW QSKAVSIREQ LGLGDRPNDS YCYNSAKNST VLQGVTFGGI PTVLLIDVSC FLFLILVFSI IRRRFWDYGR IALVSEADS ESRFQRLSST SSSGQQDFEN ELGCCPWLTA IFRLHDDQIL EWCGEDAIHY LSFQRHIIFL LVVVSFLSLC V ILPVNLSG ...文字列: MMDSPFLELW QSKAVSIREQ LGLGDRPNDS YCYNSAKNST VLQGVTFGGI PTVLLIDVSC FLFLILVFSI IRRRFWDYGR IALVSEADS ESRFQRLSST SSSGQQDFEN ELGCCPWLTA IFRLHDDQIL EWCGEDAIHY LSFQRHIIFL LVVVSFLSLC V ILPVNLSG DLLDKDPYSF GRTTIANLQT DNDLLWLHTI FAVIYLFLTV GFMRHHTQSI KYKEENLVRR TLFITGLPRD AR KETVESH FRDAYPTCEV VDVQLCYNVA KLIYLCKEKK KTEKSLTYYT NLQVKTGQRT LINPKPCGQF CCCEVLGCEW EDA ISYYTR MKDRLLERIT EEERHVQDQP LGMAFVTFQE KSMATYILKD FNACKCQSLQ CKGEPQPSSH SRELYTSKWT VTFA ADPED ICWKNLSIQG LRWWLQWLGI NFTLFLGLFF LTTPSIILST MDKFNVTKPI HALNNPIISQ FFPTLLLWSF SALLP SIVY YSTLLESHWT KSGENQIMMT KVYIFLIFMV LILPSLGLTS LDFFFRWLFD KTSSEASIRL ECVFLPDQGA FFVNYV IAS AFIGNGMELL RLPGLILYTF RMIMAKTAAD RRNVKQNQAF QYEFGAMYAW MLCVFTVIVA YSITCPIIAP FGLIYIL LK HMVDRHNLYF VYLPAKLEKG IHFAAVNQAL AAPILCLFWL YFFSFLRLGM KAPATLFTFL VLLLTILVCL AHTCFGCF K HLSPLNYKTE EPASDKGSEA EAHMPPPFTP YVPRILNGLA SERTALSPQQ QQQQTYGAIH NISGTIPGQC LAQSATGSV AAAPQEA UniProtKB: CSC1-like protein 1 |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 155000 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |