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- EMDB-34203: CryoEM structure of pentameric MotA from Aquifex aeolicus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34203
タイトルCryoEM structure of pentameric MotA from Aquifex aeolicus
マップデータMotA 5mer postprocessed density map from dataset1
試料
  • 複合体: Pentameric MotA from Aquifex aeolicus
    • タンパク質・ペプチド: Motility protein A
キーワードBacterial flagellum / stator protein / Aquifex aeolicus / single particle Cryo-EM / MotA / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / proton transmembrane transport / chemotaxis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Flagellar motor protein MotA, conserved site / Flagellar motor protein motA family signature. / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family
類似検索 - ドメイン・相同性
Motility protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア) / Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nishikino T / Takekawa N / Kishikawa J / Hirose M / Onoe S / Kato T / Imada K
資金援助 日本, 7件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20J00329 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16J01859 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K15732 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K06514 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K18359 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H02559 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H02443 日本
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of MotA, a flagellar stator protein, from hyperthermophile.
著者: Tatsuro Nishikino / Norihiro Takekawa / Duy Phuoc Tran / Jun-Ichi Kishikawa / Mika Hirose / Sakura Onoe / Seiji Kojima / Michio Homma / Akio Kitao / Takayuki Kato / Katsumi Imada /
要旨: Many motile bacteria swim and swarm toward favorable environments using the flagellum, which is rotated by a motor embedded in the inner membrane. The motor is composed of the rotor and the stator, ...Many motile bacteria swim and swarm toward favorable environments using the flagellum, which is rotated by a motor embedded in the inner membrane. The motor is composed of the rotor and the stator, and the motor torque is generated by the change of the interaction between the rotor and the stator induced by the ion flow through the stator. A stator unit consists of two types of membrane proteins termed A and B. Recent cryo-EM studies on the stators from mesophiles revealed that the stator consists of five A and two B subunits, whereas the low-resolution EM analysis showed that purified hyperthermophilic MotA forms a tetramer. To clarify the assembly formation and factors enhancing thermostability of the hyperthermophilic stator, we determined the cryo-EM structure of MotA from Aquifex aeolicus (Aa-MotA), a hyperthermophilic bacterium, at 3.42 Å resolution. Aa-MotA forms a pentamer with pseudo C5 symmetry. A simulated model of the Aa-MotAMotB stator complex resembles the structures of mesophilic stator complexes, suggesting that Aa-MotA can assemble into a pentamer equivalent to the stator complex without MotB. The distribution of hydrophobic residues of MotA pentamers suggests that the extremely hydrophobic nature in the subunit boundary and the transmembrane region is a key factor to stabilize hyperthermophilic Aa-MotA.
履歴
登録2022年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34203.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MotA 5mer postprocessed density map from dataset1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.10603084 - 0.16244212
平均 (標準偏差)0.00004768437 (±0.004405161)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34203_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 from dataset 1

ファイルemd_34203_half_map_1.map
注釈half map 2 from dataset 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 from dataset 1

ファイルemd_34203_half_map_2.map
注釈half map 1 from dataset 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric MotA from Aquifex aeolicus

全体名称: Pentameric MotA from Aquifex aeolicus
要素
  • 複合体: Pentameric MotA from Aquifex aeolicus
    • タンパク質・ペプチド: Motility protein A

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超分子 #1: Pentameric MotA from Aquifex aeolicus

超分子名称: Pentameric MotA from Aquifex aeolicus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: Motility protein A

分子名称: Motility protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Met1 to His6 is translation enhancing element sequence. 6 His residues on C-terminal are purification tag.
コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) / 株: VF5
分子量理論値: 28.863195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MNHKVHMDVG TIIGIIAAFL LILISILIGG SITAFINVPS IFIVVGGGMA AAMGAFPLKD FIRGVLAIKK AFLWKPPDLN DVIETIGEI ASKVRKEGIL ALEGDIELYY QKDPLLGDMI RMLVDGIDIN DIKATAEMAL AQLDEKMSTE VAVWEKLADL F PAFGMIGT ...文字列:
MNHKVHMDVG TIIGIIAAFL LILISILIGG SITAFINVPS IFIVVGGGMA AAMGAFPLKD FIRGVLAIKK AFLWKPPDLN DVIETIGEI ASKVRKEGIL ALEGDIELYY QKDPLLGDMI RMLVDGIDIN DIKATAEMAL AQLDEKMSTE VAVWEKLADL F PAFGMIGT LIGLIQMLRN LNDPSALGPG MAVALITTLY GAILANAFAI PVANKLKKAK DMEVLVKTIY IEAIEKIQKG EN PNVVKQE AAIMLGVELP EEVHHHHHH

UniProtKB: Motility protein A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
0.01 % (w/v)C47H88O22LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 6299 / 平均露光時間: 2.22 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 60.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2240219
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ykm

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 482752
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ykm


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8gqy:
CryoEM structure of pentameric MotA from Aquifex aeolicus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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