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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of X18 UFO protomer in complex with F6 Fab VHVL domain | |||||||||
![]() | map | |||||||||
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![]() | Antibody / HIV-1 / Env protein / Complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å | |||||||||
![]() | Niu J / Xu YW / Yang B | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures and immune recognition of Env trimers from two Asia prevalent HIV-1 CRFs. 著者: Jun Niu / Qi Wang / Wenwen Zhao / Bing Meng / Youwei Xu / Xianfang Zhang / Yi Feng / Qilian Qi / Yanling Hao / Xuan Zhang / Ying Liu / Jiangchao Xiang / Yiming Shao / Bei Yang / ![]() 要旨: Structure-guided immunofocusing HIV-1 vaccine design entails a comprehensive understanding of Envs from diverse HIV-1 subtypes, including circulating recombinant forms (CRFs). Here, we present the ...Structure-guided immunofocusing HIV-1 vaccine design entails a comprehensive understanding of Envs from diverse HIV-1 subtypes, including circulating recombinant forms (CRFs). Here, we present the cryo-EM structures of Envs from two Asia prevalent CRFs (CRF01_AE and CRF07_BC) at 3.0 and 3.5 Å. We compare the structures and glycosylation patterns of Envs from different subtypes and perform cross-clade statistical analyses to reveal the unique features of CRF01_AE V1 region, which are associated with the resistance to certain bNAbs. We also solve a 4.1 Å cryo-EM structure of CRF01_AE Env in complex with F6, the first bNAb from CRF01_AE-infected individuals. F6 recognizes a gp120-gp41 spanning epitope to allosterically destabilize the Env trimer apex and weaken inter-protomer packing, which in turn hinders the receptor binding and induces Env trimer disassembly, demonstrating a dual mechanism of neutralization. These findings broaden our understanding of CRF Envs and shed lights on immunofocusing HIV-1 vaccine design. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 43.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 37.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 83.7 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 771 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 770.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half A
ファイル | emd_34190_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half_A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half B
ファイル | emd_34190_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half_B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : X18 UFO protomer in complex with F6 VHVL domain
全体 | 名称: X18 UFO protomer in complex with F6 VHVL domain |
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要素 |
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-超分子 #1: X18 UFO protomer in complex with F6 VHVL domain
超分子 | 名称: X18 UFO protomer in complex with F6 VHVL domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: F6 Fab VH domain
分子 | 名称: F6 Fab VH domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.333791 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQQWGTG LLKPSETLSL TCAVYGVSLR GYYWTWIRQS PKKGLEWIGE IDEIGRTKYS QSLRSRATLS IDTSKKQFSL RLTSVTAAD MATYYCARWR LMMVDEVTRH GMDVWSQGTM VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: QVQLQQWGTG LLKPSETLSL TCAVYGVSLR GYYWTWIRQS PKKGLEWIGE IDEIGRTKYS QSLRSRATLS IDTSKKQFSL RLTSVTAAD MATYYCARWR LMMVDEVTRH GMDVWSQGTM VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD KTHT |
-分子 #2: F6 Fab VL domain
分子 | 名称: F6 Fab VL domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.109902 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DIVMTQSPLS LSVAPGEAAS ISCRSTQSLL NRNGDNYLEW YLRRPGRSPQ LLIYLGSERA LGVPDRFSGS GSGRDFTLKI SRVEAQDVG TYYCLQTRQG AFTFGQGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDSQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列: DIVMTQSPLS LSVAPGEAAS ISCRSTQSLL NRNGDNYLEW YLRRPGRSPQ LLIYLGSERA LGVPDRFSGS GSGRDFTLKI SRVEAQDVG TYYCLQTRQG AFTFGQGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDSQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE CG |
-分子 #3: X18 UFO Env protomer
分子 | 名称: X18 UFO Env protomer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 69.513727 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: NLWVTVYYGV PVWRDADTTL FCASDAKAHV PEAHNVWATH ACVPTDPNPQ EIPLENVTEN FNMWKNNMVE QMQEDVISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC TKANLTHNTT NDKNGTGNIT DEVKIGNITD EVKNCTFNMT TEIRDKQQKV HALFYALDIV Q MKENGSEY ...文字列: NLWVTVYYGV PVWRDADTTL FCASDAKAHV PEAHNVWATH ACVPTDPNPQ EIPLENVTEN FNMWKNNMVE QMQEDVISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC TKANLTHNTT NDKNGTGNIT DEVKIGNITD EVKNCTFNMT TEIRDKQQKV HALFYALDIV Q MKENGSEY RLISCNTSVI KQACPKISFD PIPIHYCAPA GYAILKCNDK KFNGTGPCKN VSTVQCTHGI KPVVSTQLLL NG SLAEEEI IIRSENLTNN AKNIIVHLNK SVSISCTRPS NNTRTSIRIG PGQMFYRTGD IIGDIRKAYC ELNGTEWNET LNK VTEKLK EHFNKTIVFQ PPSGGDLETT MHHFNCRGEF FYCNTTKLFN TKNGTREEFN GTIILPCRIK QIVNMWQGVG QAMY APPIS GIINCTSNIT GIILTRDGGN GNTTDETFRP GGGNIKDNWR SELYKYKVVQ IEPLGIAPTR CKRRVVDGGG GSGGG GSAV GIGAMIFGFL GAAGSTMGAA SITLTVQARQ LLSGNPDWLP DMTVWGIKQL QARVLAVERY LKDQKFLGLW GCSGKI ICC TNVPWNSTWS NKSYEEIWNN MTWIEWEKEI SNYTNRIYDL LTESQNQQER NEKDLLELD |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 22500 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1052397 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |