+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34156 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | structure of human connexin 40.1 intercellular gap junction channel by cryoEM | ||||||||||||
マップデータ | density map | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | intercellular gap junction channel / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / connexin complex / Gap junction assembly / gap junction channel activity / cell-cell signaling 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang H / Wang DP | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: structure of human connexin 40.1 intercellular gap junction channel by cryoEM 著者: Zhang H / Wang DP | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34156.map.gz | 203.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-34156-v30.xml emd-34156.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34156_fsc.xml | 17.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34156.png | 62.4 KB | ||
その他 | emd_34156_half_map_1.map.gz emd_34156_half_map_2.map.gz | 200.5 MB 200.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34156 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gn7MC 8gn8C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | density map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_34156_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_34156_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : decameric structure of human connexin 40.1 intercellular gap junc...
全体 | 名称: decameric structure of human connexin 40.1 intercellular gap junction channel |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: decameric structure of human connexin 40.1 intercellular gap junc...
超分子 | 名称: decameric structure of human connexin 40.1 intercellular gap junction channel タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 260 KDa |
-分子 #1: Gap junction delta-4 protein
分子 | 名称: Gap junction delta-4 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.030973 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEGVDLLGFL IITLNCNVTM VGKLWFVLTM LLRMLVIVLA GRPVYQDEQE RFVCNTLQPG CANVCYDVFS PVSHLRFWLI QGVCVLLPS AVFSVYVLHR GATLAALGPR RCPDPREPAS GQRRCPRPFG ERGGLQVPDF SAGYIIHLLL RTLLEAAFGA L HYFLFGFL ...文字列: MEGVDLLGFL IITLNCNVTM VGKLWFVLTM LLRMLVIVLA GRPVYQDEQE RFVCNTLQPG CANVCYDVFS PVSHLRFWLI QGVCVLLPS AVFSVYVLHR GATLAALGPR RCPDPREPAS GQRRCPRPFG ERGGLQVPDF SAGYIIHLLL RTLLEAAFGA L HYFLFGFL APKKFPCTRP PCTGVVDCYV SRPTEKSLLM LFLWAVSALS FLLGLADLVC SLRRRMRRRP GPPTS UniProtKB: Gap junction delta-4 protein |
-分子 #2: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 30 / 式: CLR |
---|---|
分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子 | 名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: PTY |
---|---|
分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ChemComp-PTY: |
-分子 #4: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子 | 名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: 3PE |
---|---|
分子量 | 理論値: 748.065 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PE: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |