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万見
- EMDB-34149: E. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34149
タイトルE. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain)
マップデータEhVATPase S3 V1
試料
  • 複合体: E. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain)
キーワードSodium transport / V-ATPase / Membrane complex / MEMBRANE PROTEIN
生物種Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Burton Smith RN / Murata K
資金援助 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H06280 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am0101001 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP19H05380 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP18H05425 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP18H05424 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Six states of Enterococcus hirae V-type ATPase reveals non-uniform rotor rotation during turnover.
著者: Raymond N Burton-Smith / Chihong Song / Hiroshi Ueno / Takeshi Murata / Ryota Iino / Kazuyoshi Murata /
要旨: The vacuolar-type ATPase from Enterococcus hirae (EhV-ATPase) is a thus-far unique adaptation of V-ATPases, as it performs Na transport and demonstrates an off-axis rotor assembly. Recent single ...The vacuolar-type ATPase from Enterococcus hirae (EhV-ATPase) is a thus-far unique adaptation of V-ATPases, as it performs Na transport and demonstrates an off-axis rotor assembly. Recent single molecule studies of the isolated V domain have indicated that there are subpauses within the three major states of the pseudo three-fold symmetric rotary enzyme. However, there was no structural evidence for these. Herein we activate the EhV-ATPase complex with ATP and identified multiple structures consisting of a total of six states of this complex by using cryo-electron microscopy. The orientations of the rotor complex during turnover, especially in the intermediates, are not as perfectly uniform as expected. The densities in the nucleotide binding pockets in the V domain indicate the different catalytic conditions for the six conformations. The off-axis rotor and its' interactions with the stator a-subunit during rotation suggests that this non-uniform rotor rotation is performed through the entire complex.
履歴
登録2022年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年8月9日-
現状2023年8月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EhVATPase S3 V1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 363.6 Å		1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 363.6 Å		1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 363.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0055
最小 - 最大-0.019449722 - 0.033352792
平均 (標準偏差)0.0000771284 (±0.0008933951)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 363.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: EhVATPase S3 V1 half map 1

ファイルemd_34149_half_map_1.map
注釈EhVATPase S3 V1 half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EhVATPase S3 V1 half map 2

ファイルemd_34149_half_map_2.map
注釈EhVATPase S3 V1 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain)

全体名称: E. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain)
要素
  • 複合体: E. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain)

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超分子 #1: E. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain)

超分子名称: E. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110166
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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