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万見
- EMDB-34122: Aplysia californica FaNaC in ligand bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34122
タイトルAplysia californica FaNaC in ligand bound state
マップデータligand bound full map
試料
  • 複合体: Trimeric FMRFamide activated sodium channel from Aplysia californica (AcFaNaC)
    • タンパク質・ペプチド: FMRFamide-gated Na+ channel
    • タンパク質・ペプチド: Phe-Met-Arg-Phe-amide
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードneuropeptide / ion channel / FMRFamide / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / ligand-gated sodium channel activity / membrane / FMRFamide-gated Na+ channel
機能・相同性情報
生物種Aplysia californica (無脊椎動物) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen QF / Liu FL / Dang Y / Feng H / Zhang Z / Ye S
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071202 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structure and mechanism of a neuropeptide-activated channel in the ENaC/DEG superfamily.
著者: Fenglian Liu / Yu Dang / Lu Li / Hao Feng / Jianlin Li / Haowei Wang / Xu Zhang / Zhe Zhang / Sheng Ye / Yutao Tian / Qingfeng Chen /
要旨: Phe-Met-Arg-Phe-amide (FMRFamide)-activated sodium channels (FaNaCs) are a family of channels activated by the neuropeptide FMRFamide, and, to date, the underlying ligand gating mechanism remains ...Phe-Met-Arg-Phe-amide (FMRFamide)-activated sodium channels (FaNaCs) are a family of channels activated by the neuropeptide FMRFamide, and, to date, the underlying ligand gating mechanism remains unknown. Here we present the high-resolution cryo-electron microscopy structures of Aplysia californica FaNaC in both apo and FMRFamide-bound states. AcFaNaC forms a chalice-shaped trimer and possesses several notable features, including two FaNaC-specific insertion regions, a distinct finger domain and non-domain-swapped transmembrane helix 2 in the transmembrane domain (TMD). One FMRFamide binds to each subunit in a cleft located in the top-most region of the extracellular domain, with participation of residues from the neighboring subunit. Bound FMRFamide adopts an extended conformation. FMRFamide binds tightly to A. californica FaNaC in an N terminus-in manner, which causes collapse of the binding cleft and induces large local conformational rearrangements. Such conformational changes are propagated downward toward the TMD via the palm domain, possibly resulting in outward movement of the TMD and dilation of the ion conduction pore.
履歴
登録2022年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34122.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ligand bound full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.07649527 - 0.16452333
平均 (標準偏差)0.00003229428 (±0.004055901)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: ligand bound half map 1

ファイルemd_34122_half_map_1.map
注釈ligand bound half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ligand bound half map 2

ファイルemd_34122_half_map_2.map
注釈ligand bound half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric FMRFamide activated sodium channel from Aplysia californ...

全体名称: Trimeric FMRFamide activated sodium channel from Aplysia californica (AcFaNaC)
要素
  • 複合体: Trimeric FMRFamide activated sodium channel from Aplysia californica (AcFaNaC)
    • タンパク質・ペプチド: FMRFamide-gated Na+ channel
    • タンパク質・ペプチド: Phe-Met-Arg-Phe-amide
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Trimeric FMRFamide activated sodium channel from Aplysia californ...

超分子名称: Trimeric FMRFamide activated sodium channel from Aplysia californica (AcFaNaC)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Aplysia californica (無脊椎動物)
分子量理論値: 73 KDa

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分子 #1: FMRFamide-gated Na+ channel

分子名称: FMRFamide-gated Na+ channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Residues 672-679 correspond to the EXPRESSION TAG, whereas resides 660-665 correspond to the thrombin cleavage site, and resides 654-659 and 666-671 correspond to flexible linkers.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aplysia californica (無脊椎動物)
分子量理論値: 76.638312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLGRGERIKP YHFRDSSADH MKYTSVSAKS GMVPEHRYTM VRSRHHGRHH HHHSYQEYNT QRSAISLIAE LGSESNAHGL AKIVTSRDT KRKVIWALMV IIGFTAATLQ LSLLVRKYLQ FQVVELSEIK DSMPVEYPSV TICNIEPISL RKIRKAYNKN E SQNLKDWL ...文字列:
MLGRGERIKP YHFRDSSADH MKYTSVSAKS GMVPEHRYTM VRSRHHGRHH HHHSYQEYNT QRSAISLIAE LGSESNAHGL AKIVTSRDT KRKVIWALMV IIGFTAATLQ LSLLVRKYLQ FQVVELSEIK DSMPVEYPSV TICNIEPISL RKIRKAYNKN E SQNLKDWL NFTQTFHFKD MSFMNSIRAF YENLGSDAKK ISHDLRDLLI HCRFNREECT TENFTSSFDG NYFNCFTFNG GQ LRDQLQM HATGPENGLS LIISIEKDEP LPGTYGVYNF ENNILHSAGV RVVVHAPGSM PSPVDHGFDI PPGYSSSVGL KAL LHTRLS EPYGNCTEDS LEGIQTYRNT FFACLQLCKQ RRLIRECKCK SSALPDLSVE NITFCGVIPD WKDIRRNVTG EYKM NQTIP TISLACEARV QKQLNNDRSY ETECGCYQPC SETSYLKSVS LSYWPLEFYQ LSALERFFSQ KNPTDQQHFM KIAQD FLSR LAHPQQQALA RNNSHDKDIL TTSYSLSEKE MAKEASDLIR QNLLRLNIYL EDLSVVEYRQ LPAYGLADLF ADIGGT LGL WMGISVLTIM ELMELIIRLF ALIFNAEREV PKAPVHSSNN GGGGGGDGQH NFANGDVEHE RDTHFPDLGS SDFDFRR GG GIGAESPVNV EGGSSGGLVP RGSGGSSGGH HHHHHHH

UniProtKB: FMRFamide-gated Na+ channel

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分子 #2: Phe-Met-Arg-Phe-amide

分子名称: Phe-Met-Arg-Phe-amide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 599.767 Da
配列文字列:
FMR(NFA)

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.00 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#2 - 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 267000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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画像解析 #2

Image processing ID2
Image recording ID2
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 267000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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画像解析 #3

Image processing ID3
Image recording ID3
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 267000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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画像解析 #4

Image processing ID4
Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 267000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7yvb:
Aplysia californica FaNaC in ligand bound state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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