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万見
- EMDB-34094: Structural basis of vitamin C recognition and transport by mammal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34094
タイトルStructural basis of vitamin C recognition and transport by mammalian SVCT1 transporter
マップデータ
試料
  • 複合体: SVCT1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 23 member 1
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: ASCORBIC ACID
  • リガンド: water
キーワードtransporter / membrane protein / Vitamin C / sodium / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / intracellular organelle / urate transmembrane transporter activity / sodium ion transport ...Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / intracellular organelle / urate transmembrane transporter activity / sodium ion transport / brush border / basal plasma membrane / lung development / brain development / response to toxic substance / apical plasma membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 23 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者She J / Wang M / He J / Zhang K / Li S
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)GG2070000569 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFF0600801 中国
Other governmentKY9100000032
Other governmentWK2070000183
Other governmentWK9100000044
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of vitamin C recognition and transport by mammalian SVCT1 transporter.
著者: Mingxing Wang / Jin He / Shanshan Li / Qianwen Cai / Kaiming Zhang / Ji She /
要旨: Vitamin C (L-ascorbic acid) is an essential nutrient for human health, and its deficiency has long been known to cause scurvy. Sodium-dependent vitamin C transporters (SVCTs) are responsible for ...Vitamin C (L-ascorbic acid) is an essential nutrient for human health, and its deficiency has long been known to cause scurvy. Sodium-dependent vitamin C transporters (SVCTs) are responsible for vitamin C uptake and tissue distribution in mammals. Here, we present cryogenic electron microscopy structures of mouse SVCT1 in both the apo and substrate-bound states. Mouse SVCT1 forms a homodimer with each protomer containing a core domain and a gate domain. The tightly packed extracellular interfaces between the core domain and gate domain stabilize the protein in an inward-open conformation for both the apo and substrate-bound structures. Vitamin C binds at the core domain of each subunit, and two potential sodium ions are identified near the binding site. The coordination of sodium ions by vitamin C explains their coupling transport. SVCTs probably deliver substrate through an elevator mechanism in combination with local structural arrangements. Altogether, our results reveal the molecular mechanism by which SVCTs recognize vitamin C and lay a foundation for further mechanistic studies on SVCT substrate transport.
履歴
登録2022年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34094.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34094.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.6302977 - 2.463076
平均 (標準偏差)0.00030071463 (±0.03446542)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_34094_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34094_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34094_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SVCT1

全体名称: SVCT1
要素
  • 複合体: SVCT1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 23 member 1
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: ASCORBIC ACID
  • リガンド: water

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超分子 #1: SVCT1

超分子名称: SVCT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Solute carrier family 23 member 1

分子名称: Solute carrier family 23 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 65.600438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTPEDPGSP KQHEVVDSAG TSTRDRQAPL PTEPKFDMLY KIEDVPPWYL CILLGFQHYL TCFSGTIAVP FLLAEALCVG RDQHMVSQL IGTIFTCVGI TTLIQTTVGI RLPLFQASAF AFLVPAKSIL ALERWKCPSE EEIYGNWSMP LNTSHIWHPR I REVQGAIM ...文字列:
MKTPEDPGSP KQHEVVDSAG TSTRDRQAPL PTEPKFDMLY KIEDVPPWYL CILLGFQHYL TCFSGTIAVP FLLAEALCVG RDQHMVSQL IGTIFTCVGI TTLIQTTVGI RLPLFQASAF AFLVPAKSIL ALERWKCPSE EEIYGNWSMP LNTSHIWHPR I REVQGAIM VSSMVEVVIG LMGLPGALLS YIGPLTVTPT VSLIGLSVFQ AAGDRAGSHW GISACSILLI VLFSQYLRNL TF LLPVYRW GKGLTLFRVQ IFKMFPIVLA IMTVWLLCYV LTLTDVLPAD PTVYGFQART DARGDIMAIS PWIRIPYPCQ WGL PTVTVA AVLGMFSATL AGIIESIGDY YACARLAGAP PPPVHAINRG IFTEGICCII AGLLGTGNGS TSSSPNIGVL GITK VGSRR VVQYGAGIML ILGAIGKFTA LFASLPDPIL GGMFCTLFGM ITAVGLSNLQ FVDMNSSRNL FVLGFSMFFG LTLPN YLDS NPGAINTGIP EVDQILTVLL TTEMFVGGCL AFILDNTVPG SPEERGLIQW KAGAHANSET SASLKSYDFP FGMGMV KRT TFFRYIPICP VFRGFSKKTQ NQPPVLEDTP DNIETGSVCT KV

UniProtKB: Solute carrier family 23 member 1

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: ASCORBIC ACID

分子名称: ASCORBIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ASC
分子量理論値: 176.124 Da
Chemical component information

ChemComp-ASC:
ASCORBIC ACID / アスコルビン酸 / 薬剤*YM

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2370225
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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