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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34090 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of VTC complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | VTC complex / Poly P. / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vacuolar transporter chaperone complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / polyphosphate kinase activity / microautophagy / vacuole fusion, non-autophagic / polyphosphate metabolic process / intracellular phosphate ion homeostasis / vacuolar transport ...vacuolar transporter chaperone complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / polyphosphate kinase activity / microautophagy / vacuole fusion, non-autophagic / polyphosphate metabolic process / intracellular phosphate ion homeostasis / vacuolar transport / inositol hexakisphosphate binding / fungal-type vacuole membrane / vacuolar membrane / autophagosome membrane / cell periphery / cell cortex / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / calmodulin binding / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Guan ZY / Chen J / Liu RW / Chen YK / Xing Q / Du ZM / Liu Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: The cytoplasmic synthesis and coupled membrane translocation of eukaryotic polyphosphate by signal-activated VTC complex. 著者: Zeyuan Guan / Juan Chen / Ruiwen Liu / Yanke Chen / Qiong Xing / Zhangmeng Du / Meng Cheng / Jianjian Hu / Wenhui Zhang / Wencong Mei / Beijing Wan / Qiang Wang / Jie Zhang / Peng Cheng / ...著者: Zeyuan Guan / Juan Chen / Ruiwen Liu / Yanke Chen / Qiong Xing / Zhangmeng Du / Meng Cheng / Jianjian Hu / Wenhui Zhang / Wencong Mei / Beijing Wan / Qiang Wang / Jie Zhang / Peng Cheng / Huanyu Cai / Jianbo Cao / Delin Zhang / Junjie Yan / Ping Yin / Michael Hothorn / Zhu Liu / 要旨: Inorganic polyphosphate (polyP) is an ancient energy metabolite and phosphate store that occurs ubiquitously in all organisms. The vacuolar transporter chaperone (VTC) complex integrates cytosolic ...Inorganic polyphosphate (polyP) is an ancient energy metabolite and phosphate store that occurs ubiquitously in all organisms. The vacuolar transporter chaperone (VTC) complex integrates cytosolic polyP synthesis from ATP and polyP membrane translocation into the vacuolar lumen. In yeast and in other eukaryotes, polyP synthesis is regulated by inositol pyrophosphate (PP-InsP) nutrient messengers, directly sensed by the VTC complex. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of signal-activated VTC complex at 3.0 Å resolution. Baker's yeast VTC subunits Vtc1, Vtc3, and Vtc4 assemble into a 3:1:1 complex. Fifteen trans-membrane helices form a novel membrane channel enabling the transport of newly synthesized polyP into the vacuolar lumen. PP-InsP binding orients the catalytic polymerase domain at the entrance of the trans-membrane channel, both activating the enzyme and coupling polyP synthesis and membrane translocation. Together with biochemical and cellular studies, our work provides mechanistic insights into the biogenesis of an ancient energy metabolite. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34090.map.gz | 78.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34090-v30.xml emd-34090.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34090.png | 91.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34090.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_34090_half_map_1.map.gz emd_34090_half_map_2.map.gz | 77.9 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34090 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34090 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34090_validation.pdf.gz | 815.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34090_full_validation.pdf.gz | 815.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34090_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34090_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34090 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34090 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ytjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34090_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34090_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : VTC complex
全体 | 名称: VTC complex |
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要素 |
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-超分子 #1: VTC complex
超分子 | 名称: VTC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Vacuolar transporter chaperone 4
分子 | 名称: Vacuolar transporter chaperone 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 86.425984 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAKFGEHLSK SLIRQYSYYY ISYDDLKTEL EDNLSKNNGQ WTQELETDFL ESLEIELDKV YTFCKVKHSE VFRRVKEVQE QVQHTVRLL DSNNPPTQLD FEILEEELSD IIADVHDLAK FSRLNYTGFQ KIIKKHDKKT GFILKPVFQV RLDSKPFFKE N YDELVVKI ...文字列: MAKFGEHLSK SLIRQYSYYY ISYDDLKTEL EDNLSKNNGQ WTQELETDFL ESLEIELDKV YTFCKVKHSE VFRRVKEVQE QVQHTVRLL DSNNPPTQLD FEILEEELSD IIADVHDLAK FSRLNYTGFQ KIIKKHDKKT GFILKPVFQV RLDSKPFFKE N YDELVVKI SQLYDIARTS GRPIKGDSSA GGKQQNFVRQ TTKYWVHPDN ITELKLIILK HLPVLVFNTN KEFEREDSAI TS IYFDNEN LDLYYGRLRK DEGAEAHALA WYGGMSTDTI FVERKTHRED WTGEKSVKAR FALKERHVND FLKGKYTVDQ VFA KMRKEG KKPMNEIENL EALASEIQYV MLKKKLRPVV RSFYNRTAFQ LPGDARVRIS LDTELTMVRE DNFDGVDRTH KNWR RTDIG VDWPFKQLDD KDICRFPYAV LNVKLQTQLG QEPPEWVREL VGSHLVEPVP KFSKFIHGVA TLLNDKVDSI PFWLP QMDV DIRKPPLPTN IEITRPGRSD NEDNDFDEDD EDDAALVAAM TNAPGNSLDI EESVGYGATS APTSNTNHVV ESANAA YYQ RKIRNAENPI SKKYYEIVAF FDHYFNGDQI SKIPKGTTFD TQIRAPPGKT ICVPVRVEPK VYFATERTYL SWLSISI LL GGVSTTLLTY GSPTAMIGSI GFFITSLAVL IRTVMVYAKR VVNIRLKRAV DYEDKIGPGM VSVFLILSIL FSFFCNLV A KLESAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEK UniProtKB: Vacuolar transporter chaperone complex subunit 4 |
-分子 #2: Vacuolar transporter chaperone 1
分子 | 名称: Vacuolar transporter chaperone 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 15.943701 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASSAPLLQR TPGKKIALPT RVEPKVFFAN ERTFLSWLNF TVMLGGLGVG LLNFGDKIGR VSAGLFTFVA MGTMIYALVT YHWRAAAIR RRGSGPYDDR LGPTLLCFFL LVAVIINFIL RLKYNDANTK LLESAYPYDV PDYA UniProtKB: Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1 |
-分子 #3: Vacuolar transporter chaperone 3
分子 | 名称: Vacuolar transporter chaperone 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 100.120773 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM LFGIKLANDV YPPWKDSYID YERLKKLLKE SVIHDGRSSV DSWSERNESD FVEALDKEL EKVYTFQISK YNAVLRKLDD LEENTKSAEK IQKINSEQFK NTLEECLDEA QRLDNFDRLN FTGFIKIVKK H DKLHPNYP ...文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM LFGIKLANDV YPPWKDSYID YERLKKLLKE SVIHDGRSSV DSWSERNESD FVEALDKEL EKVYTFQISK YNAVLRKLDD LEENTKSAEK IQKINSEQFK NTLEECLDEA QRLDNFDRLN FTGFIKIVKK H DKLHPNYP SVKSLLQVRL KELPFNNSEE YSPLLYRISY LYEFLRSNYD HPNTVSKSLA STSKLSHFSN LEDASFKSYK FW VHDDNIM EVKARILRHL PALVYASVPN ENDDFVDNLE SDVRVQPEAR LNIGSKSNSL SSDGNSNQDV EIGKSKSVIF PQS YDPTIT TLYFDNDFFD LYNNRLLKIS GAPTLRLRWI GKLLDKPDIF LEKRTFTENT ETGNSSFEEI RLQMKAKFIN NFIF KNDPS YKNYLINQLR ERGTQKEELE KLSRDFDNIQ NFIVEEKLQP VLRATYNRTA FQIPGDQSIR VTIDSNIMYI REDSL DKNR PIRNPENWHR DDIDSNIPNP LRFLRAGEYS KFPYSVMEIK VINQDNSQMP NYEWIKDLTN SHLVNEVPKF SLYLQG VAS LFGEDDKYVN ILPFWLPDLE TDIRKNPQEA YEEEKKTLQK QKSIHDKLDN MRRLSKISVP DGKTTERQGQ KDQNTRH VI ADLEDHESSD EEGTALPKKS AVKKGKKFKT NAAFLKILAG KNISENGNDP YSDDTDSASS FQLPPGVKKP VHLLKNAG P VKVEAKVWLA NERTFNRWLS VTTLLSVLTF SIYNSVQKAE FPQLADLLAY VYFFLTLFCG VWAYRTYLKR LTLIKGRSG KHLDAPVGPI LVAVVLIVTL VVNFSVAFKE AARRERGLVN VSSQPSLPRT LKPIQDFIFN LVGE UniProtKB: Vacuolar transporter chaperone 3 complex subunit 3 |
-分子 #4: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子 | 名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: IHP |
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分子量 | 理論値: 660.035 Da |
Chemical component information | ChemComp-IHP: |
-分子 #5: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PC1 |
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分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-分子 #6: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |