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- EMDB-34010: Cryo-EM structure of baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34010
タイトルCryo-EM structure of baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA
    • 複合体: LEF-3
      • タンパク質・ペプチド: Lef3
    • 複合体: ssDNA
      • DNA: DNA (28-MER)
キーワードssDNA / SSB / Baculovirus / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Nucleopolyhedrovirus late expression factor 3 / Nucleopolyhedrovirus late expression factor 3 (LEF-3) / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / Lef3
機能・相同性情報
生物種Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yin J / Fu Y / Rao G / Li Z / Cao S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507200 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural transitions during the cooperative assembly of baculovirus single-stranded DNA-binding protein on ssDNA.
著者: Jiayi Yin / Yan Fu / Guibo Rao / Zhiqiang Li / Kexing Tian / Tingting Chong / Kai Kuang / Manli Wang / Zhihong Hu / Sheng Cao /
要旨: Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) interact with single-stranded DNA (ssDNA) to form filamentous structures with various degrees of cooperativity, as a result of intermolecular interactions ...Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) interact with single-stranded DNA (ssDNA) to form filamentous structures with various degrees of cooperativity, as a result of intermolecular interactions between neighboring SSB subunits on ssDNA. However, it is still challenging to perform structural studies on SSB-ssDNA filaments at high resolution using the most studied SSB models, largely due to the intrinsic flexibility of these nucleoprotein complexes. In this study, HaLEF-3, an SSB protein from Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, was used for in vitro assembly of SSB-ssDNA filaments, which were structurally studied at atomic resolution using cryo-electron microscopy. Combined with the crystal structure of ssDNA-free HaLEF-3 octamers, our results revealed that the three-dimensional rearrangement of HaLEF-3 induced by an internal hinge-bending movement is essential for the formation of helical SSB-ssDNA complexes, while the contacting interface between adjacent HaLEF-3 subunits remains basically intact. We proposed a local cooperative SSB-ssDNA binding model, in which, triggered by exposure to oligonucleotides, HaLEF-3 molecules undergo ring-to-helix transition to initiate continuous SSB-SSB interactions along ssDNA. Unique structural features revealed by the assembly of HaLEF-3 on ssDNA suggest that HaLEF-3 may represent a new class of SSB.
履歴
登録2022年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34010.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34010.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 240 pix.
= 228. Å		0.95 Å/pix.
x 240 pix.
= 228. Å		0.95 Å/pix.
x 240 pix.
= 228. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.41
最小 - 最大-2.4675062 - 3.7571864
平均 (標準偏差)0.0020681848 (±0.11082076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 228.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34010_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34010_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA

全体名称: Baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA
要素
  • 複合体: Baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA
    • 複合体: LEF-3
      • タンパク質・ペプチド: Lef3
    • 複合体: ssDNA
      • DNA: DNA (28-MER)

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超分子 #1: Baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA

超分子名称: Baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: LEF-3

超分子名称: LEF-3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)

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超分子 #3: ssDNA

超分子名称: ssDNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Lef3

分子名称: Lef3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
分子量理論値: 47.637707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMSNMDI SPVKQLIDIE NDDAMNTPEK GMKRPLMRTM SSVEEPQAKM AKLRTLNVK GQLLTKTTMS INNEDYYLFK FLVNNKSIDY YGTQTQFFSL INNKTYELVL QYSRKKLLIK SYEQCEDEDL L MTVCKSVT ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMSNMDI SPVKQLIDIE NDDAMNTPEK GMKRPLMRTM SSVEEPQAKM AKLRTLNVK GQLLTKTTMS INNEDYYLFK FLVNNKSIDY YGTQTQFFSL INNKTYELVL QYSRKKLLIK SYEQCEDEDL L MTVCKSVT FQEFCANEIK SLLAKFLYGF KIYGSSNVYK LVFVILLEDN NGTINGVQVE MMSDFKRLSG AFKNHVIENE ND LFDCMYK SEEKYFNLYR IKCNHNANNY KSLSLSSNSQ LERLETDDSM FEYEFQYDYT VNISRSNKII QKHRVTGNFT SER NIYQNS DRFVISYDTA NEKIKTSIYN RMENAESKTD YDTSITLKDV TLSQLNSLIE SNLVQVDVYL VTDPNNVKNN VIAG ITKIE IDGTYEPL

UniProtKB: Lef3

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分子 #2: DNA (28-MER)

分子名称: DNA (28-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.724834 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.105 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -108.281 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 530580
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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