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万見
- EMDB-3400: Lambda excision HJ intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3400
タイトルLambda excision HJ intermediate
マップデータMap calculated from 10956 particles and fully CTF corrected
試料
  • 試料: Lambda excision HJ intermediate
  • DNA: attB(-21) to attP(+117)
  • DNA: attB(-19 to +21)
  • DNA: attP(-79) to attB(+19)
  • DNA: attP (-117 to +79)
  • タンパク質・ペプチド: Int
  • タンパク質・ペプチド: Int
  • タンパク質・ペプチド: IHFa
  • タンパク質・ペプチド: IHFb
  • タンパク質・ペプチド: Xis
キーワードbacteriophage lambda / excision / site-specfific recombination / Holliday junction
機能・相同性
機能・相同性情報


IHF-DNA complex / provirus excision / integrase activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / structural constituent of chromatin / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...IHF-DNA complex / provirus excision / integrase activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / structural constituent of chromatin / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / regulation of translation / chromosome / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Excisionase-like / Integrase, lambda-type, N-terminal DNA-binding / Excisionase-like superfamily / Excisionase-like protein / Bacteriophage lambda integrase, Arm DNA-binding domain / Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : ...Excisionase-like / Integrase, lambda-type, N-terminal DNA-binding / Excisionase-like superfamily / Excisionase-like protein / Bacteriophage lambda integrase, Arm DNA-binding domain / Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Integrase, catalytic domain / Bacterial DNA-binding protein / Tyrosine recombinase domain profile. / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Putative DNA-binding domain superfamily / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta / Excisionase / Integrase / Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Laxmikanthan G / Xu C / Brilot AF / Warren D / Steele L / Seah N / Tong W / Grigorieff N / Landy A / Van Duyne G
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structure of a Holliday junction complex reveals mechanisms governing a highly regulated DNA transaction.
著者: Gurunathan Laxmikanthan / Chen Xu / Axel F Brilot / David Warren / Lindsay Steele / Nicole Seah / Wenjun Tong / Nikolaus Grigorieff / Arthur Landy / Gregory D Van Duyne /
要旨: The molecular machinery responsible for DNA expression, recombination, and compaction has been difficult to visualize as functionally complete entities due to their combinatorial and structural ...The molecular machinery responsible for DNA expression, recombination, and compaction has been difficult to visualize as functionally complete entities due to their combinatorial and structural complexity. We report here the structure of the intact functional assembly responsible for regulating and executing a site-specific DNA recombination reaction. The assembly is a 240-bp Holliday junction (HJ) bound specifically by 11 protein subunits. This higher-order complex is a key intermediate in the tightly regulated pathway for the excision of bacteriophage λ viral DNA out of the E. coli host chromosome, an extensively studied paradigmatic model system for the regulated rearrangement of DNA. Our results provide a structural basis for pre-existing data describing the excisive and integrative recombination pathways, and they help explain their regulation.
履歴
登録2016年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月6日-
マップ公開2016年6月15日-
更新2016年6月15日-
現状2016年6月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.32
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5j0n
  • 表面レベル: 2.32
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3400.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3400.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map calculated from 10956 particles and fully CTF corrected
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.32 / ムービー #1: 2.32
最小 - 最大-1.88158226 - 8.851735120000001
平均 (標準偏差)-0.02879323 (±0.45667744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-1.8828.852-0.029

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lambda excision HJ intermediate

全体名称: Lambda excision HJ intermediate
要素
  • 試料: Lambda excision HJ intermediate
  • DNA: attB(-21) to attP(+117)
  • DNA: attB(-19 to +21)
  • DNA: attP(-79) to attB(+19)
  • DNA: attP (-117 to +79)
  • タンパク質・ペプチド: Int
  • タンパク質・ペプチド: Int
  • タンパク質・ペプチド: IHFa
  • タンパク質・ペプチド: IHFb
  • タンパク質・ペプチド: Xis

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超分子 #1000: Lambda excision HJ intermediate

超分子名称: Lambda excision HJ intermediate / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Four DNA molecules, four Int proteins, two IHF dimers, three Xis proteins
Number unique components: 9
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: attB(-21) to attP(+117)

分子名称: attB(-21) to attP(+117) / タイプ: dna / ID: 1 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage lambda (λファージ) / 別称: Lambda Phage
配列文字列:
CCGTTTCGCT CAAGTTAGTA TATTAAAGCT GAACGAGAAA CGTAAAATGA TATAAATATC AATATATTAA ATTAGATTTT GCATAAAAAA CAGACTACAT AATACTGTAA AACACAACAT ATGCAGTCAC TATGCCGAC

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分子 #2: attB(-19 to +21)

分子名称: attB(-19 to +21) / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage lambda (λファージ) / 別称: Lambda Phage
配列文字列:
CCGTTGAAGC CTGCTTTTTT ATACTAACTT GAGCGAAACG G

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分子 #3: attP(-79) to attB(+19)

分子名称: attP(-79) to attB(+19) / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage lambda (λファージ) / 別称: Lambda Phage
配列文字列:
ATCAATATTT TGACTGATAG TGACCTGTTC GTTGCAACAA ATTGATAAGC AATGCTTTTT TAGAATTCCA ACTTATTGTA AAAAAGCAGG CTTCAACGG

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分子 #4: attP (-117 to +79)

分子名称: attP (-117 to +79) / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage lambda (λファージ) / 別称: Lambda Phage
配列文字列: GTCGGCATAG TGACTGCATA TGTTGTGTTT TACAGTATTA TGTAGTCTGT TTTTTATGCA AAATCTAATT TAATATATTG ATATTTATAT CATTTTACGT TTCTCGTTCA GCTTTAATAC AATAAGTTGG AATTCTAAAA AAGCATTGCT TATCAATTTG TTGCAACGAA ...文字列:
GTCGGCATAG TGACTGCATA TGTTGTGTTT TACAGTATTA TGTAGTCTGT TTTTTATGCA AAATCTAATT TAATATATTG ATATTTATAT CATTTTACGT TTCTCGTTCA GCTTTAATAC AATAAGTTGG AATTCTAAAA AAGCATTGCT TATCAATTTG TTGCAACGAA CAGGTCACTA TCAGTCAAAA TATTGAT

+
分子 #5: Int

分子名称: Int / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #6: Int

分子名称: Int / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #7: IHFa

分子名称: IHFa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 集合状態: Heterodimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #8: IHFb

分子名称: IHFb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 集合状態: Heterodimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #9: Xis

分子名称: Xis / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10mM Tris, 50mM NaCl
グリッド詳細: 1.2/1.3 400-mesh copper C-flat
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: 10 seconds blotting (two-sided)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 90 K / 最高: 90 K
詳細Images were collected as 25-frame movies with a 2-second exposure
日付2014年6月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 1359 / 平均電子線量: 35.5 e/Å2
詳細: Every image is the average of all 25 aligned movie frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.793 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.627 µm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Manual particle selection with e2boxer (EMAN2), 2D classification with ISAC, initial map generation with e2initialmodel (EMAN2), 3D refinement and classification with Frealign v9.11
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign, v9
詳細: Final map was the best class, out of size 3D classes
使用した粒子像数: 10956
最終 2次元分類クラス数: 6

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1z1g


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: I / Chain - #5 - Chain ID: J / Chain - #6 - Chain ID: K / Chain - #7 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: CNS 1.3
詳細Manual docking followed by highly restrained DEN-refinement in CNS
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 500 / 当てはまり具合の基準: HLML
得られたモデル

PDB-5j0n:
Lambda excision HJ intermediate

-
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2wcc


Chain - #0 - Chain ID: 1 / Chain - #1 - Chain ID: 2 / Chain - #2 - Chain ID: 3
ソフトウェア名称: CNS 1.3
詳細Manual docking followed by highly restrained DEN-refinement in CNS
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 500 / 当てはまり具合の基準: HLML
得られたモデル

PDB-5j0n:
Lambda excision HJ intermediate

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2ief


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F
ソフトウェア名称: CNS 1.3
詳細Manual docking followed by highly restrained DEN-refinement in CNS
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 500 / 当てはまり具合の基準: HLML
得られたモデル

PDB-5j0n:
Lambda excision HJ intermediate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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