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万見
- EMDB-33807: Structure of WTAP-VIRMA in the m6A writer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33807
タイトルStructure of WTAP-VIRMA in the m6A writer complex
マップデータ
試料
  • 複合体: WTAP-VIRMA complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein virilizer homolog
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / mRNA alternative polyadenylation / : / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA splicing / mRNA processing / nuclear membrane / nuclear body / nuclear speck ...RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / mRNA alternative polyadenylation / : / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA splicing / mRNA processing / nuclear membrane / nuclear body / nuclear speck / cell cycle / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein virilizer / Virilizer, N-terminal / Virilizer, N-terminal / Pre-mRNA-splicing regulator WTAP / WTAP/Mum2p family / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing regulator WTAP / Protein virilizer homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yan XH / Guan ZY / Tang C / Yin P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: AI-empowered integrative structural characterization of mA methyltransferase complex.
著者: Xuhui Yan / Kai Pei / Zeyuan Guan / Feiqing Liu / Junjun Yan / Xiaohuan Jin / Qiang Wang / Mengjun Hou / Chun Tang / Ping Yin /
履歴
登録2022年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33807.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33807.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.1365722 - 2.3653538
平均 (標準偏差)0.001196644 (±0.048114426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 238.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33807_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33807_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : WTAP-VIRMA complex

全体名称: WTAP-VIRMA complex
要素
  • 複合体: WTAP-VIRMA complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein virilizer homolog
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP

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超分子 #1: WTAP-VIRMA complex

超分子名称: WTAP-VIRMA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein virilizer homolog

分子名称: Protein virilizer homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 123.716016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASVKLTELL DLYREDRGAK WVTALEEIPS LIIKGLSYLQ LKNTKQDSLG QLVDWTMQAL NLQVALRQPI ALNVRQLKAG TKLVSSLAE CGAQGVTGLL QAGVISGLFE LLFADHVSSS LKLNAFKALD SVISMTEGME AFLRGRQNEK SGYQKLLELI L LDQTVRVV ...文字列:
MASVKLTELL DLYREDRGAK WVTALEEIPS LIIKGLSYLQ LKNTKQDSLG QLVDWTMQAL NLQVALRQPI ALNVRQLKAG TKLVSSLAE CGAQGVTGLL QAGVISGLFE LLFADHVSSS LKLNAFKALD SVISMTEGME AFLRGRQNEK SGYQKLLELI L LDQTVRVV TAGSAILQKC HFYEVLSEIK RLGDHLAEKT SSLPNHSEPD HDTDAGLERT NPEYENEVEA SMDMDLLESS NI SEGEIER LINLLEEVFH LMETAPHTMI QQPVKSFPTM ARITGPPERD DPYPVLFRYL HSHHFLELVT LLLSIPVTSA HPG VLQATK DVLKFLAQSQ KGLLFFMSEY EATNLLIRAL CHFYDQDEEE GLQSDGVIDD AFALWLQDST QTLQCITELF SHFQ RCTAS EETDHSDLLG TLHNLYLITF NPVGRSAVGH VFSLEKNLQS LITLMEYYSK EALGDSKSKK SVAYNYACIL ILVVV QSSS DVQMLEQHAA SLLKLCKADE NNAKLQELGK WLEPLKNLRF EINCIPNLIE YVKQNIDNLM TPEGVGLTTA LRVLCN VAC PPPPVEGQQK DLKWNLAVIQ LFSAEGMDTF IRVLQKLNSI LTQPWRLHVN MGTTLHRVTT ISMARCTLTL LKTMLTE LL RGGSFEFKDM RVPSALVTLH MLLCSIPLSG RLDSDEQKIQ NDIIDILLTF TQGVNEKLTI SEETLANNTW SLMLKEVL S SILKVPEGFF SGLILLSELL PLPLPMQTTQ VIEPHDISVA LNTRKLWSMH LHVQAKLLQE IVRSFSGTTC QPIQHMLRR ICVQLCDLAS PTALLIMRTV LDLIVEDLQS TSEDKEKQYT SQTTRLLALL DALASHKACK LAILHLINGT IKGDERYAEI FQDLLALVR SPGDSVIRQQ CVEYVTSILQ SLCDQDIALI LPSSSEGSIS ELEQLSNSLP NKELMTSICD CLLATLANSE S SYNCLLTC VRTMMFLAEH DYGLFHLKSS LRKNSSALHS LLKRVVSTFS KDTGELASSF LEFMRQILNS DTIGCCGDDN GL MEVEGAH TSRTMSINAA ELKQLLQSKE ESPENLFLEL EKLVLEHSKD DDNLDSLLDS VVGLKQMLES

UniProtKB: Protein virilizer homolog

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分子 #2: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP

分子名称: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.107188 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HSGDEVDAGS GHMTNEEPLP KKVRLSETDF KVMARDELIL RWKQYEAYVQ ALEGKYTDLN SNDVTGLRES EEKLKQQQQ ESARRENILV MRLATKEQEM QECTTQIQYL KQVQQPSVAQ LRSTMVDPAI NLFFLKMKGE LEQTKDKLEQ A QNELSAWK ...文字列:
MHHHHHHHHH HSGDEVDAGS GHMTNEEPLP KKVRLSETDF KVMARDELIL RWKQYEAYVQ ALEGKYTDLN SNDVTGLRES EEKLKQQQQ ESARRENILV MRLATKEQEM QECTTQIQYL KQVQQPSVAQ LRSTMVDPAI NLFFLKMKGE LEQTKDKLEQ A QNELSAWK FTPDSQTGKK LMAKCRMLIQ ENQELGRQLS QGRIAQLEAE LALQKKYSEE LKSSQDELND FIIQLDEEVE GM QSTILVL QQQLKETRQQ LAQYQQQQSQ ASAPSTSRTT ASEPVEQSEA TSKDCSRL

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 197685
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る