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- EMDB-33770: In situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33770
タイトルIn situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in the elongation state
マップデータ
試料
  • 複合体: Mammalian orthoreovirus 3
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: x 3種
    • ウイルス: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • リガンド: x 5種
機能・相同性
機能・相同性情報


viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / カプシド / mRNA guanylyltransferase activity / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm ...viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / カプシド / mRNA guanylyltransferase activity / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain ...: / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA依存性RNAポリメラーゼ / Lambda-2 protein / Mu-2 protein / Lambda-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Bao KY / Zhang XL / Li DY / Zhu P
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31730023 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31521002 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: In situ structures of polymerase complex of mammalian reovirus illuminate RdRp activation and transcription regulation.
著者: Keyan Bao / Xueli Zhang / Dongyu Li / Wei Sun / Zhenzhao Sun / Jingfei Wang / Ping Zhu /
要旨: Mammalian reovirus (reovirus) is a multilayered, turreted member of characterized by transcription of dsRNA genome within the innermost capsid shell. Here, we present high-resolution in situ ...Mammalian reovirus (reovirus) is a multilayered, turreted member of characterized by transcription of dsRNA genome within the innermost capsid shell. Here, we present high-resolution in situ structures of reovirus transcriptase complex in an intact double-layered virion, and in the uncoated single-layered core particles in the unloaded, reloaded, pre-elongation, and elongation states, respectively, obtained by cryo-electron microscopy and sub-particle reconstructions. At the template entry of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), the RNA-loading region gets flexible after uncoating resulting in the unloading of terminal genomic RNA and inactivity of transcription. However, upon adding transcriptional substrates, the RNA-loading region is recovered leading the RNAs loaded again. The priming loop in RdRp was found to play a critical role in regulating transcription, which hinders the elongation of transcript in virion and triggers the rearrangement of RdRp C-terminal domain (CTD) during elongation, resulting in splitting of template-transcript hybrid and opening of transcript exit. With the integration of these structures, a transcriptional model of reovirus with five states is proposed. Our structures illuminate the RdRp activation and regulation of the multilayered turreted reovirus.
履歴
登録2022年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年4月5日-
現状2023年4月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33770.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.8522233 - 3.3357458
平均 (標準偏差)0.03247121 (±0.2049909)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33770_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33770_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian orthoreovirus 3

全体名称: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
要素
  • 複合体: Mammalian orthoreovirus 3
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*UP*U)-3')
      • RNA: RNA (36-MER)
      • RNA: RNA (36-MER)
    • ウイルス: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: RNA helicaseヘリカーゼ
      • タンパク質・ペプチド: Lambda-2 proteinΛ
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: Mu-2 protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINES-アデノシルメチオニン
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Mammalian orthoreovirus 3

超分子名称: Mammalian orthoreovirus 3 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #5-#6, #3-#4, #7, #2

+
超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4, #6

+
超分子 #2: Mammalian orthoreovirus 3

超分子名称: Mammalian orthoreovirus 3 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #5, #7 / NCBI-ID: 538123 / 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

+
分子 #1: RNA helicase

分子名称: RNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 141.801297 KDa
配列文字列: MKRIPRKTKG KSSGKGNDST SRSDDGSSQL RDKQSNKANP ATAEPGTSNC EHYKARPGIA SVQKATESAE LPMKNNDEGT PDKRGNTKG ALVNEHVEAR DEADDATKKQ AKDTEKAKAQ VTYSDTGINN ANELSRSGNV DNEGGSNQKP MSTRIAEATS A IVSKHPAR ...文字列:
MKRIPRKTKG KSSGKGNDST SRSDDGSSQL RDKQSNKANP ATAEPGTSNC EHYKARPGIA SVQKATESAE LPMKNNDEGT PDKRGNTKG ALVNEHVEAR DEADDATKKQ AKDTEKAKAQ VTYSDTGINN ANELSRSGNV DNEGGSNQKP MSTRIAEATS A IVSKHPAR VGLPPTASSG HGYQCHVCSA VLFSPLDLDA HVASHGLHGN MTLTSSEIQR HITEFISSWQ NHPIVQVSAD VE NRKTAQL LHADTPRLVT WDAGLCTSFK IVPIVPAQVP QDVLAYTFFT SSYAIQSPFP EAAVSRIVVH TRWASNVDFD RDS SVIMAP PTENNIHLFK QLLNTETLSV RGANPLMFRA NVLHMLLEFV LDNLYLNRHT GFSQDHTPFT EGANLRSLPG PDAE KWYSI MYPTRMGTPN VSKICNFVAS CVRNRVGRFD RAQMMNGAMS EWVDVFETSD ALTVSIRGRW MARLARMNIN PTEIE WALT ECAQGYVTVT SPYAPSVNRL MPYRISNAER QISQIIRVMN IGNNATVIQP VLQDISVLLQ RISPLQIDPT IISNTM STV SESTTQTLSP ASSILGKLRP SNSDFSSFRV ALAGWLYNGV VTTVIDDSSY PKDGGSVTSL ENLWDFFILA LALPLTT DP CAPVKAFMTL ANMMVGFETI PMDNQIYTQS RRASAFSTPH TWPRCFMNIQ LISPIDAPIL RQWAEIIHRY WPNPSQIR Y GTPNVFGSAN LFTPPEVLLL PIDHQPANVT TPTLDFTNEL TNWRARVCEL MKNLVDNQRY QPGWTQSLVS SMRGTLGKL KLIKSMTPMY LQQLAPVELA VIAPMLPFPP FQVPYVRLDR DRVPTMVGVT RQSRDTITQP ALSLSTTNTT VGVPLALDAR AITVALLSG KYPPDLVTNV WYADAIYPMY ADTEVFSNLQ RDVITCEAVQ TLVTLVAQIS ETQYPVDRYL DWIPSLRASA A TAATFAEW VNTSMKTAFD LSDMLLEPLL SGDPRMTQLA IQYQQYNGRT FNVIPEMPGS VIADCVQLTA EVFNHEYNLF GI ARGDIII GRVQSTHLWS PLAPPPDLVF DRDTPGVHIF GRDCRISFGM NGAAPMIRDE TGMMVPFEGN WIFPLALWQM NTR YFNQQF DAWIKTGELR IRIEMGAYPY MLHYYDPRQY ANAWNLTSAW LEEITPTSIP SVPFMVPISS DHDISSAPAV QYII STEYN DRSLFCTNSS SPQTIAGPDK HIPVERYNIL TNPDAPPTQI QLPEVVDLYN VVTRYAYETP PITAVVMGVP

+
分子 #2: Lambda-2 protein

分子名称: Lambda-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 143.963438 KDa
配列文字列: MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRHYTLHDF YSDLDASVGK EPWRPLRNQR TNEIVAVQLF RPLQGLVFDT QLYGFPGTFS QWEQFMKEK LRVLKYEVLR IYPISTYNHD RVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIVN DTMISDLLGT GAALSQFFQS H GEVLEVAA ...文字列:
MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRHYTLHDF YSDLDASVGK EPWRPLRNQR TNEIVAVQLF RPLQGLVFDT QLYGFPGTFS QWEQFMKEK LRVLKYEVLR IYPISTYNHD RVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIVN DTMISDLLGT GAALSQFFQS H GEVLEVAA GRKYLQMNNY SNDDDDPPLF AKDLSDYAKA FYSDTYEVLD RFFWTHDSSA GVLVHYDKPT NGNHYILGTL TQ MVSAPPH IINATDALLL ESCLEQFAAN VRARSAQPVT RLDQCYHLRW GAQYVGEDSL TYRLGVLSLL ATNGYQLARP IPK QLTNRW LSSFVSQVVS DGINETPLWP QERYVQIAYD SPSVVDGATQ YGYVRRNQLR LGMRISALQS LSDTPAPVQW LPQY TIDQV AVDEGDAMVS QLTQLPLRPD YGSIWIGEAL SYYVDYNRSH RVVLSSELPQ LPDTYFDGDE QYGRSLFSLA RKVGD RSLV KDTAVLKHAY QAIDPNTGKE YLRAGQSVAY FGASAGHSGA DQPLVIEPWM QGKISGVPPP SSVRQFGYDV AKGAIV DLA RPFPSGDYQF VYSDVDQVVD GHDDLSISSG LVESLLDSCV HATAPGGSFV MKINFPTRTV WHYIEQKILP NVTSYML IK PFVTNNVEVF FVAFGVHQQS ALTWTSGVYF FLVDHFYRYE TLSAISRQLP SFGYVDDGSS VTGIEIISIE NPGFSNMT Q AARVGISGLC ANVGNARKSI AIYESHGARV LTITSRRSPA SARRKARLRY LPLIDPRSLE VQARTILPSN PVLFDNING ASPHVCLTMM YNFEVSSAVY DGDVVLDLGT GPEAKILELI PSTSPVTCVD IRPTAQPNGC WNVRTTFLEL DYLSDGWITG VRGDIVTCM LSLGAAAAGK SMTFDAAFQQ LVRVLTRSTA NVLLIQVNCP TDVIRTIKGY LEIDQTNKRY KFPKFGRDEP Y SDMDSLER ICRAAWPNCS ITWVPLSYDL RWTKLALLES TTLSSASVRI AELMYKYMPI MRIDIHGLPM EKQGNFIVGQ NC SLVIPGF NAQDVFNCYF NSALAFSTED VNSAMIPQVT AQFDANKGEW SLDMVFSDAG IYTMQALVGS NANPVSLGSF VVD SPDVDI TDAWPAQLDF TIAGTDVDIT VNPYYRLMAF VKIDGQWQIA NPDKFQFFSS NTGTLVMNVK LDIADRYLLY YIRD VQSRD VGFYIQHPLQ LLNTITLPTN EDLFLSAPDM REWAVKESGN TICILNSPGF IPPQDWDVLT DTISWSPSLP TYVVP PGDY TLTPL

+
分子 #5: RNA-directed RNA polymerase

分子名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 142.472953 KDa
配列文字列: MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFENA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP FSEDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGP DDVYVPNCSI VELLEPHETL TSYGRLSEAI ENRAKDGDSQ ARIATTYGRI AESQARQIKA PLEKFVLALL V AEAGGSLY ...文字列:
MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFENA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP FSEDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGP DDVYVPNCSI VELLEPHETL TSYGRLSEAI ENRAKDGDSQ ARIATTYGRI AESQARQIKA PLEKFVLALL V AEAGGSLY DPVLQKYDEI PGLSHNCPLW CFREICRHIS GPLPDRAPYL YLSAGVFWLM SPRMTSAIPP LLSDLVNLAI LQ QTAGLDP SLVRLGVQIC LHAAASSSYA WFILKTKSIF PQNTLHSMYE SLEGGYCPNL EWLEPRSDYK FMYMGAMPLS TKY ARSAPS NDKKARELGE KYGLSSVVSE LRRRTKTYSK HDFTSVRYIR DAMACTSGIF LVRTPTETVL QEYTQSPEIK VPIP QKDWT GPIGEIRILK DTTSSIARYL YRTWYLAAAR MAAQPRTWDP LFQAIMRSQY VTARGGSGAT LRESLYAINV SLPDF KGLP VKAATKIFQA AQLANLPFSH TSVAILADTS MGLRNQVQRR PRSIMPLNVP QQQVSAPHTL TADYINYHMN LSTTSG SAV IEKVIPLGVY ASSPPNQSIN IDISACDASI TWDFFLSVIM AAIHEGVASS SIGKPFMGVP ASIVNDESVV GVRAARP IS GMQNMIQHLS KLYKRGFSYR VNDSFSPGND FTHMTTTFPS GSTATSTEHT ANNSTMMETF LTVWGPEHTD DPDVLRLM K SLTIQRNYVC QGDDGLMIID GNTAGKVNSE TIQKMLELIS KYGEEFGWKY DIAYDGTAEY LKLYFIFGCR IPNLSRHPI VGKERANSSA EEPWPAILDQ IMGIFFNGVH DGLQWQRWIR YSWALCCAFS RQRTMTGESV GYLQYPMWSF VYWGLPLVKV FGSDPWIFS WYMPTGDLGM YSWISLIRPL MTRWMVANGY VTDKCSPVFG NADYRKCFNE LKLYQGYYMA QLPRNPKKSG R AAPREVRE QFTQALSDYL MQNPELKSRV LRGRSEWEKY GAGIIHNPPS LFDVPHKWYQ GAQEAATATR EELAEMDETL MR ARKHSYS SFSKLLEAYL LVKWRMCEAR EPSVDLRLPL CAGIDPLNSD PFLKMVSVGP MLQSTRKYFA QTLFMAKTVS GLD VNAIDS ALLRLRTLGA DKKALTAQLL MVGLQESEAD ALAGKIMLQD VNTVQLARVV NLAVPDTWMS LDFDTMFKHH VKLL PKDGR HLNTDIPPRM GWLRAILRFL GAGMAMTATG VAVDIYLEDI HGGGRSLGQR FMTWMRQEGR SA

+
分子 #7: Mu-2 protein

分子名称: Mu-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 83.434266 KDa
配列文字列: MAYIAVPAVV DSRSSEAIGL LESFGVDAGS DANDVSYQDH DYVVDQLQYM LDGYEAGDVI DALVYRNWLH HSVYCLLPPK SQLLEYWKS NPSVIPDNVD RRLRKRLMLK KDLRKDDEYN QLARAFKISD VYAPLISSTT SPMTMIQNLN QGEIVYTTTD R VIGARVLL ...文字列:
MAYIAVPAVV DSRSSEAIGL LESFGVDAGS DANDVSYQDH DYVVDQLQYM LDGYEAGDVI DALVYRNWLH HSVYCLLPPK SQLLEYWKS NPSVIPDNVD RRLRKRLMLK KDLRKDDEYN QLARAFKISD VYAPLISSTT SPMTMIQNLN QGEIVYTTTD R VIGARVLL YAPRKYYAST LSFTMTRCVL PFGKEVSRVP HSRFNVGTFP SIATPKCSVM SGVDIESIPN EFIKLFYQRV KS IHANILN DISPQIVSDM INRKRLRVHT PSNRRAAQLM HLPYHVKRGA SHVDVYRVDV VNVLFEVVDV ADGLRSVSRK LIM HTVPVC ILELLGIEIA DYCIRQEDGM FTDWFLLLTM LSDGLTDRRT HCQYLINPSS MPPDVILNIS ITGFINRHTI DVMP DVYDF IKPIGAVLPK GSFKSTIMRV LDSISVLGVK IMPRAHVVDS DEVGEQMEPT FEHAVMEIYK GIAGVDSLDD LTKWV LNSD LVPHDDRLGQ LFQAFLPLAK DLLAPMARQF YDNSMSEGRL LTFAHADSEL LNANYFGHLL RLKIPYITEV NLMIRK NRE GGELFQLVLS YLYKMYATSA QPKWFGSLLR LLICPWLHME KLIGEADPAS TSAEIGWHVP REQLMQDGWC GCEDGFI PY VSIRAPRLVI EELMEKNWGQ YHAQVIVTDQ LVVGEPRRVS AKAVIKGNHL PVKLISRFAC FTLTSKYEMR LPCGHSTG R GAAYNARLAF RSDLA

+
分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*UP*AP...

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*UP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / 詳細: Transcript RNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 6.637965 KDa
配列文字列:
UUUAAAAAUU UUAAAAUAAU U

+
分子 #4: RNA (36-MER)

分子名称: RNA (36-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: Encoding RNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 11.391729 KDa
配列文字列:
AUAUAUAUAU AUUAAAAUAA UUUUAUAUAU AUAUAU

+
分子 #6: RNA (36-MER)

分子名称: RNA (36-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / 詳細: Template RNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 11.391729 KDa
配列文字列:
AUAUAUAUAU AUAAAAUUAU UUUAAUAUAU AUAUAU

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #9: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 10 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン

+
分子 #10: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 5 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

+
分子 #11: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: UTP
分子量理論値: 484.141 Da
Chemical component information

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM / ウリジン三リン酸

+
分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100968

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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