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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33562 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human k-opioid receptor-Gi complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / Class A / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion ...dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / conditioned place preference / maternal behavior / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / behavioral response to cocaine / estrous cycle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / sensory perception of pain / T-tubule / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / cellular response to glucose stimulus / response to nicotine / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / response to insulin / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / response to peptide hormone / synaptic vesicle membrane / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / response to estrogen / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / cellular response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / perikaryon 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen BO / Xu FE | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of human κ-opioid receptor-Gi complex bound to an endogenous agonist dynorphin A. 著者: Yuxiang Chen / Bo Chen / Tingting Wu / Fangfang Zhou / Fei Xu / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33562.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33562-v30.xml emd-33562.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33562_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33562.png | 39.3 KB | ||
その他 | emd_33562_half_map_1.map.gz emd_33562_half_map_2.map.gz | 46.5 MB 46.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33562 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33562_validation.pdf.gz | 616.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33562_full_validation.pdf.gz | 616.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33562_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33562_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33562 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y1fMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33562_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33562_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : KOR Gi Complex
全体 | 名称: KOR Gi Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: KOR Gi Complex
超分子 | 名称: KOR Gi Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein, KOR, scFv16
超分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein, KOR, scFv16 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Dynorphin
超分子 | 名称: Dynorphin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.415031 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF |
-分子 #2: Dynorphin
分子 | 名称: Dynorphin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.608995 KDa |
配列 | 文字列: YGGFLRRIRP KLK |
-分子 #3: Kappa-type opioid receptor
分子 | 名称: Kappa-type opioid receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 52.316953 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAKLQTMH HHHHHHHHHE NLYFQGGTAD LEDNWETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQ KATPPKLEDK SPDSPEMKDF RHGFDILVGQ IDDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLEISPA I PVIITAVY ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAKLQTMH HHHHHHHHHE NLYFQGGTAD LEDNWETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQ KATPPKLEDK SPDSPEMKDF RHGFDILVGQ IDDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLEISPA I PVIITAVY SVVFVVGLVG NSLVMFVIIR YTKMKTATNI YIFNLALADA LVTTTMPFQS TVYLMNSWPF GDVLCKIVLS ID YYNMFTS IFTLTMMSVD RYIAVCHPVK ALDFRTPLKA KIINICIWLL SSSVGISAIV LGGTKVREDV DVIECSLQFP DDD YSWWDL FMKICVFIFA FVIPVLIIIV CYTLMILRLK SVRLLSGSRE KDRNLRRITR LVLVVVAVFV VCWTPIHIFI LVEA LGSTS HSTAALSSYY FCIALGYTNS SLNPILYAFL DENFKRCFRD FCFPLKMRME RQSTS |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 38.744371 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN |
-分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.56375 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFC |
-分子 #6: scFv16
分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 32.014756 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GSMLLVNQSH QGFNKEHTSK MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVA YISSGSGTIY YADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV S SGGGGSGG ...文字列: GSMLLVNQSH QGFNKEHTSK MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVA YISSGSGTIY YADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV S SGGGGSGG GGSGGGGSDI VMTQATSSVP VTPGESVSIS CRSSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VP DRFSGSG SGTAFTLTIS RLEAEDVGVY YCMQHLEYPL TFGAGTKLEL KAAAHHHHHH HH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |