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- EMDB-33561: PSI-LHCs of PBS-PSII-PSI-LHCs from Porphyridium purpureum. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33561
タイトルPSI-LHCs of PBS-PSII-PSI-LHCs from Porphyridium purpureum.
マップデータ
試料
  • 複合体: Lateral hexamer of PBS
    • タンパク質・ペプチド: x 24種
  • リガンド: x 12種
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者You X / Zhang X / Cheng J / Xiao YN / Sun S / Sui SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of lateral hexamer of PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex at 6.3 Angstroms resolution.
著者: You X / Zhang X / Cheng J / Xiao YN / Sun S / Sui SF
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2023年1月18日-
現状2023年1月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33561.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.632 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.11904 - 2.625814
平均 (標準偏差)-0.00022995572 (±0.059641745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 417.792 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33561_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33561_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lateral hexamer of PBS

全体名称: Lateral hexamer of PBS
要素
  • 複合体: Lateral hexamer of PBS
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type III, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: RedCAP
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Ferredoxin
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit O
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: LPS1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c6
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate
  • リガンド: PROLINE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
超分子 #1: Lateral hexamer of PBS

超分子名称: Lateral hexamer of PBS / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)

+
分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 24.109686 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAAFVSGAG AALGRVNKVA AIQSKSVKAA VPVKAGRIAM MAEMSKSIPF LEKPKNLDGS MAGDVGFDPL GFSDKWDVKF LREAELKHG RICMLAALGF IYPEIMGGKS IPSPEGYFTE LNPLKAVKTI PTAGLLQIVL FVMVLEAISW NKVFMDKTSA P GDFKFDPL ...文字列:
MAAAFVSGAG AALGRVNKVA AIQSKSVKAA VPVKAGRIAM MAEMSKSIPF LEKPKNLDGS MAGDVGFDPL GFSDKWDVKF LREAELKHG RICMLAALGF IYPEIMGGKS IPSPEGYFTE LNPLKAVKTI PTAGLLQIVL FVMVLEAISW NKVFMDKTSA P GDFKFDPL GLKSPKMELS EVKNGRLAMI AVGGMIHQVL LTKQPILAQL KNGPYLPKES MFPIW

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type III, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 21.795396 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAFVSGFGL ARASAGRSSV CSKNAHVTMM AKSKAIPFLE APAKLDGTLV GDVGFDPLGL SATLDVKYLR AAELKHGRIA MLAALGFVV QEILAPKQSG PFTEPDPFLA IYKVPVEGWY QIIAAISLVE LVTFKENYDG SAEPGNFGFD PLGLGKDKSV F DKYALSEL ...文字列:
MAAFVSGFGL ARASAGRSSV CSKNAHVTMM AKSKAIPFLE APAKLDGTLV GDVGFDPLGL SATLDVKYLR AAELKHGRIA MLAALGFVV QEILAPKQSG PFTEPDPFLA IYKVPVEGWY QIIAAISLVE LVTFKENYDG SAEPGNFGFD PLGLGKDKSV F DKYALSEL KNGRLAMIAW TAFAIQQIVT GKGVIKQLME FQPLM

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 23.179254 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MICKMAAAFV SGVGLARASV GRAAVCTKNV QVSMMAKSKS VPFMDAPPAL DGSLAGDVGF DPLNISGFLN IKWLRESELK HGRICMLAA LGMIVQEVYR FPFYQGAPAV ATEAHDYFAK WNGPLGQVLI FASFFEIMTT PAVIQMITGE SDRAPGYFAF D PLGLGKNP ...文字列:
MICKMAAAFV SGVGLARASV GRAAVCTKNV QVSMMAKSKS VPFMDAPPAL DGSLAGDVGF DPLNISGFLN IKWLRESELK HGRICMLAA LGMIVQEVYR FPFYQGAPAV ATEAHDYFAK WNGPLGQVLI FASFFEIMTT PAVIQMITGE SDRAPGYFAF D PLGLGKNP DARKRFEVSE LKNGRLAMIA VGGMVHQMWL TKMGIIGQLQ AGKFMP

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 23.102139 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MSAAFVSGLG LAQARVVRRS VCSSVAAAPM KMVTSKSMPF MEAPPALDGS MVGDVGFDPL GFTRTFDVKW MREAELKHCR ICMLAVLGF VVQEIFRLPM YSGAPKLATD AHDYFVSQGA LKQILLFISF FEVFGTVALW ETMQGTREPG VFGFDPLNLG K NPASYEKY ...文字列:
MSAAFVSGLG LAQARVVRRS VCSSVAAAPM KMVTSKSMPF MEAPPALDGS MVGDVGFDPL GFTRTFDVKW MREAELKHCR ICMLAVLGF VVQEIFRLPM YSGAPKLATD AHDYFVSQGA LKQILLFISF FEVFGTVALW ETMQGTREPG VFGFDPLNLG K NPASYEKY ALSELKNGRL AMIAVGGFIH QMWVYKQGVL YQLAHFKPMS L

+
分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 22.816656 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAFVSGVGSG LSQSRVAQRS VCKANGAALK MEGKSASVPF LTKPEKLDGS MAGDVGFDPL GFSNYLSLEY LRESEIKHGR VAMLACLGI WIQEIVHLPG KEFSNPLATE AFFQVPAGGI AQIFLACGLA EFIGHRGKMT YMDIAADKER KPGAMGFDPL N MSKGKSAE ...文字列:
MAFVSGVGSG LSQSRVAQRS VCKANGAALK MEGKSASVPF LTKPEKLDGS MAGDVGFDPL GFSNYLSLEY LRESEIKHGR VAMLACLGI WIQEIVHLPG KEFSNPLATE AFFQVPAGGI AQIFLACGLA EFIGHRGKMT YMDIAADKER KPGAMGFDPL N MSKGKSAE AMKKLELNEV KNGRLAMIGV GGLIHAMFIS HQPTLFQLAH FKPL

+
分子 #6: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 23.60559 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MDGKVNKMAA FVSSLGLARA SVGRGAVCTK PGSAQLSMMA KSKSVPFMEA PAALDGSMVG DVGFDPLGFS NYIDLKFLRE AELKHCRIC MLAALGIIVQ EVYQFPFYSG APRLATDAHD YFVKFGSLNQ ILLFASFIEL VAGTPGIIQT MRGETDRAPG Y FAFDPLGL ...文字列:
MDGKVNKMAA FVSSLGLARA SVGRGAVCTK PGSAQLSMMA KSKSVPFMEA PAALDGSMVG DVGFDPLGFS NYIDLKFLRE AELKHCRIC MLAALGIIVQ EVYQFPFYSG APRLATDAHD YFVKFGSLNQ ILLFASFIEL VAGTPGIIQT MRGETDRAPG Y FAFDPLGL GKDKAKFERY QLSELKNGRL AMIAVGGFIH QAWMAKVPVL EQLSTGKLLP

+
分子 #7: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, chloroplastic

分子名称: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 22.20876 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAFVSGFSG LAVRAHTSRA SCAAVRMAAS PMSKSVPFLK KPTQLDGWAG SAEFDPIGIS EYVDIRYLRE SELKHGRICM LAAVGLIVQ ELVTFGGKYF PKMLPVQAHD FYLGGMSQLL LFIAAFESLS YFAIRETLEG KREPGDFGFD PLNLGKEPAA F AKFRESEL ...文字列:
MAAFVSGFSG LAVRAHTSRA SCAAVRMAAS PMSKSVPFLK KPTQLDGWAG SAEFDPIGIS EYVDIRYLRE SELKHGRICM LAAVGLIVQ ELVTFGGKYF PKMLPVQAHD FYLGGMSQLL LFIAAFESLS YFAIRETLEG KREPGDFGFD PLNLGKEPAA F AKFRESEL KNGRLAMIAV GGMIHQQWVS GQGTLEQLFH FKPL

+
分子 #8: RedCAP

分子名称: RedCAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 36.156082 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MYGFVSTAGG VSGAGVRPVG AASKLAARAV SVPAKRASLR MGVFEKAMSD FKSDFPQFAK KGWGVTVKSE RWNGRHAMAG WLIIWITAY MKGHGMLPSG ILEPSVWGPL AQLGGYEPIP RERAVVLIAN VHLLLVSVAA TIAPFSFQDK LLLDEGESDE A PAGLIPSF ...文字列:
MYGFVSTAGG VSGAGVRPVG AASKLAARAV SVPAKRASLR MGVFEKAMSD FKSDFPQFAK KGWGVTVKSE RWNGRHAMAG WLIIWITAY MKGHGMLPSG ILEPSVWGPL AQLGGYEPIP RERAVVLIAN VHLLLVSVAA TIAPFSFQDK LLLDEGESDE A PAGLIPSF KLGLTKEAEL WNGRLAMLGL IVIVFASVSS GTSILDLTNQ MFGNASQIGS ARLVADVWKS APLLPQPQKS SR RPVFCEN PLWRRAQEGE KTPTEATKWQ TRSPWTGLGT VICASSFPKP FDTCITVAKW RCVIAFVLRH HFGEQMIFAQ TMR LRTGFI PMPCAQ

+
分子 #9: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 83.31168 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MTTSSKEQEA KKVRITVDKD PVETSFEKWA KPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD GHTSSLEDVS RKIFSAHFGQ LSVIFLWLS GMYFHGARFS NYVAWLSNPT AIKPSAQVVW PIVGQDILNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQLWR ASGITNEKQL Y ATAIGGLV ...文字列:
MTTSSKEQEA KKVRITVDKD PVETSFEKWA KPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD GHTSSLEDVS RKIFSAHFGQ LSVIFLWLS GMYFHGARFS NYVAWLSNPT AIKPSAQVVW PIVGQDILNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQLWR ASGITNEKQL Y ATAIGGLV MSALMLFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESMM NHHLAGLLGL GCLSWAGHQI HVSLPINKLL DAGVAPSEIP LP HEFIVNR ELMAQLYPSF SKGLTPFFTL DWNAYSDFLT FKGGLNPITG GLWLSDTAHH HLALAVLFIV AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPFTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LAMIGSLSII VAHHMYAMPP YPYIATDYPT QLSLFTHHMW IGGF CVTGA AAHGAIFMVR DYSPAQNYNN LLDRMIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMRAL GRSQDMFSDT AIQLQ PIFA QWIQSIHTLA PGNTAPNALA ATSYAFGGDI VAVNGKIAMM PIALGTADFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARNS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGSVT PNGAVSHITG GNFAQSA IT INGWLRDFLW AQASQVIQSY GSALSAYGLI FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKLGP AIQPRALS I TQGRAVGLAH YLVGGIGTTW AFFLARIIAV G

+
分子 #10: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 82.257852 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPSTRR IWFGIATSHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVLN PLKTKPIAH AIWDPHFGQP AIKAFTKGGV TYPVDIAYSG VYHWWYTIGM RTNNDLYSGA LFLLVLSAVF LFAGWLHLQP R FKPSLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPSTRR IWFGIATSHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVLN PLKTKPIAH AIWDPHFGQP AIKAFTKGGV TYPVDIAYSG VYHWWYTIGM RTNNDLYSGA LFLLVLSAVF LFAGWLHLQP R FKPSLSWF KNNESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHMIHVA IPESRGQHIG WDNFTTVRPH PAGLEPFFSG NWSVYAQNPD TP NHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVVFIVA GHMYRTNWGI GHSLKEILEA HEPPSGRLGK GHK GLFETI TNSLHMQLGL ALASLGVITS LVAQHMYALP PYAFMAKDFT TQAALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFFVR DYDA EQNEG NVLARMLEHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYIHNDVVVA FGTPEKQILV EPVFAQWIQA ASGKALYGFD VLLSS SNSV ATQAGGNIWL PGWLEAINSG KNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTALIL IKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLSVFWM LNTIGWVTFY WHWKHVTIWQ GNVAQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSPLIN GYNPYGM NS LSVWAWMFLF GHLIWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLVR WKDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYILT Y AAFVIASTTG KFG

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 15.851997 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MSETINLQMP SPTFGGSTGG WLRAAETEEK YAITWTGKKE EIFEIPTGGA AIMREGDNLL YLARKEQCLA LGTQLRNSFK ISDYKIYRI FPTGEVQYLH PKDGVFPEKV NEGRVGINNV SRNIGKNPNP ISVKFTGKST FEV

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 7.008944 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MIKRGSKVRV LRKESYWYQE IGTVATVDTS GIRYPVVVRF EKVNYSGVNT NNFAESELIE A

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 20.753357 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MKRSLLIIFL VISLVMFDSQ QAKADVAGLV PCKDSKEFSR RLDLSVKKLE QRLKKYEPGT PPYLAIQKSI ETTKIRFDRY AKGGLLCGK DGLPHLITDG RLSHATEFII PGLLFLYING WIGWVGRAYL IAIRSSDKPA EKEIILDIPL ALGFMSSGFL W PLSAWKEF TSGELLVDAN EVTVSPR

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 4.832742 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MENNFLKYLS VMPVAGTIFM IFTAGLVIEV NRFYPDALFF PL

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 6.992322 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MVNSSKAGIM LIANVLSIMI GRYAIQVRGL GPSIPLGVEG FGLPELIATT SLGHIIGAGA ILGLSSIGSI

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 15.344557 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MTDFISPYNE DPFVGNLSTP INTSSFTKGL LSNLPAYRRG LSPLLRGLEI GMAHGYFLIG PFYKLGPLRS TDVALLSGFL STVGLILIL TTCLSIYGSV SFDKEDTKDS LQTSEGWGQF TAGFLVGAVG GSGFAYLLLA NLPIA

+
分子 #17: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 3.187857 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MVNDTQILIA LLIALISGVL AIRLGTSLYT

+
分子 #18: Ferredoxin

分子名称: Ferredoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 10.590564 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MATYKVRLLS EAEGIDVTID CADDVYILDA AEEQGVDLPY SCRAGACSTC AGKVSEGTID QSDQSFLDDD QTGAGFVLTC VAYPTSDCT ILTHQEESLY

+
分子 #19: Photosystem I subunit O

分子名称: Photosystem I subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 14.977179 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MAAFVNAAAG SLTASRVSAR RVVGAHQRSV HAPRSQRAVL KMQDGYEISE GSSFDANPLV IGLALIGWVV PSSVPSNIPL LDGKGLTPA FVASISDNLS RWPQGPQLAD PFWLLMGMWH VGLFATLIFG TVGYNLRKGN Y

+
分子 #20: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 12.45658 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MAFINGAALG GGAKVAFSGK AVASRRVVAA STANKRSVVV KMADNYPSSE VLGLGKNIPS ALYVLISIAC FAIGVTSVAK SNLITPLTP ESINPQYVVG SLLLPISWGA HTAAFIQKVN KK

+
分子 #21: LPS1

分子名称: LPS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 5.634938 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #22: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 8.807258 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MAHSVKVYDT CIGCTQCVRA CPCDVLEMVP WDGCKAKQIA SAPRTEDCIG CKRCETACPT DFLSVRVYLG GETTRSLGLA Y

+
分子 #23: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 3.519346 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MTAAYLPPIL VPLVGLIFPA ISMALLFIYI EQ

+
分子 #24: Cytochrome c6

分子名称: Cytochrome c6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 11.033479 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MIAIAMITSF CLFTTNVFAA DIEHGEQIFT ANCSACHAGG NNVIMPEKTL KKDALEANGM NSVSAITNQV TNGKNAMPAF GGRLADNDI EDVANYVLAQ SVKGW

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 187 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #26: beta-D-glucopyranose

分子名称: beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: BGC
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BGC:
beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス

+
分子 #27: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,...

分子名称: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: ZEX
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-ZEX:
(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol

+
分子 #28: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #29: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #30: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 21 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #31: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #32: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #33: (2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate

分子名称: (2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: 3XQ
分子量理論値: 358.556 Da
Chemical component information

ChemComp-3XQ:
(2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate / 1-O-ステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #34: PROLINE

分子名称: PROLINE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: PRO
分子量理論値: 115.13 Da
Chemical component information

ChemComp-PRO:
PROLINE / プロリン

+
分子 #35: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #36: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kgx

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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