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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33527 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human LRRC8A | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Volume Regulated Anion Channel / LRRC8A / Cryo-EM / VRAC / N terminal extention / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / lysosomal membrane / cell surface / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu H / Liao J | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: cryo-EM structure of human LRRC8A 著者: Liu H / Liao J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33527.map.gz | 52 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33527-v30.xml emd-33527.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33527.png | 134.8 KB | ||
その他 | emd_33527_half_map_1.map.gz emd_33527_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33527 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33527 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33527_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33527_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33527_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33527_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33527 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33527 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xzhMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33527_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33527_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Volume Regulated Anion Channel
全体 | 名称: Volume Regulated Anion Channel |
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要素 |
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-超分子 #1: Volume Regulated Anion Channel
超分子 | 名称: Volume Regulated Anion Channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
分子 | 名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 94.119312 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MIPVTELRYF ADTQPAYRIL KPWWDVFTDY ISIVMLMIAV FGGTLQVTQD KMICLPCKWV TKDSCNDSFR GWAAPGPEPT YPNSTILPT PDTGPTGIKY DLDRHQYNYV DAVCYENRLH WFAKYFPYLV LLHTLIFLAC SNFWFKFPRT SSKLEHFVSI L LKCFDSPW ...文字列: MIPVTELRYF ADTQPAYRIL KPWWDVFTDY ISIVMLMIAV FGGTLQVTQD KMICLPCKWV TKDSCNDSFR GWAAPGPEPT YPNSTILPT PDTGPTGIKY DLDRHQYNYV DAVCYENRLH WFAKYFPYLV LLHTLIFLAC SNFWFKFPRT SSKLEHFVSI L LKCFDSPW TTRALSETVV EESDPKPAFS KMNGSMDKKS STVSEDVEAT VPMLQRTKSR IEQGIVDRSE TGVLDKKEGE QA KALFEKV KKFRTHVEEG DIVYRLYMRQ TIIKVIKFIL IICYTVYYVH NIKFDVDCTV DIESLTGYRT YRCAHPLATL FKI LASFYI SLVIFYGLIC MYTLWWMLRR SLKKYSFESI REESSYSDIP DVKNDFAFML HLIDQYDPLY SKRFAVFLSE VSEN KLRQL NLNNEWTLDK LRQRLTKNAQ DKLELHLFML SGIPDTVFDL VELEVLKLEL IPDVTIPPSI AQLTGLKELW LYHTA AKIE APALAFLREN LRALHIKFTD IKEIPLWIYS LKTLEELHLT GNLSAENNRY IVIDGLRELK RLKVLRLKSN LSKLPQ VVT DVGVHLQKLS INNEGTKLIV LNSLKKMANL TELELIRCDL ERIPHSIFSL HNLQEIDLKD NNLKTIEEII SFQHLHR LT CLKLWYNHIA YIPIQIGNLT NLERLYLNRN KIEKIPTQLF YCRKLRYLDL SHNNLTFLPA DIGLLQNLQN LAITANRI E TLPPELFQCR KLRALHLGNN VLQSLPSRVG ELTNLTQIEL RGNRLECLPV ELGECPLLKR SGLVVEEDLF NTLPPEVKE RLWRADKE |
-分子 #2: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
分子 | 名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: P5S |
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分子量 | 理論値: 792.075 Da |
Chemical component information | ChemComp-P5S: |
-分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 16 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31640 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |