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万見
- EMDB-33520: Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33520
タイトルCryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
  • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent helicase fft3
  • DNA: DNA (167-MER)
  • DNA: DNA (167-MER)
キーワードDNA binding / remodeler / nucleosome / Fft3-nucleosome complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins ...attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / polytene chromosome band / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RNA Polymerase I Promoter Escape / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Ub-specific processing proteases / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / larval somatic muscle development / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / HATs acetylate histones / UCH proteinases / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / histone chaperone activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear chromosome / replication fork processing / ATP-dependent activity, acting on DNA / heterochromatin / nucleosomal DNA binding / helicase activity / heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / chromosome / DNA helicase / nucleic acid binding / damaged DNA binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain ...: / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent helicase fft3 / Histone H2B / Histone H3 / Histone H4 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Nan Z / Tao J / Yangao H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800632 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex)
著者: Nan Z / Tao J / Yangao H
履歴
登録2022年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33520.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 224 pix.
= 232.96 Å		1.04 Å/pix.
x 224 pix.
= 232.96 Å		1.04 Å/pix.
x 224 pix.
= 232.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0158
最小 - 最大-0.048071787 - 0.096245974
平均 (標準偏差)-0.00013146765 (±0.0041596717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 232.95999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33520_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33520_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of th...

全体名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex)
要素
  • 複合体: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
  • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent helicase fft3
  • DNA: DNA (167-MER)
  • DNA: DNA (167-MER)

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超分子 #1: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of th...

超分子名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #6-#7, #1-#2
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)

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分子 #1: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.552494 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AKSRSNRAGL QFPVGRIHRL LRKGNYAERV GAGAPVYLAA VMEYLAAEVL ELAGNAARDN KKTRIIPRHL QLAIRNDEEL NKLLSGVTI AQGGVLPNIQ AVLLPKK

UniProtKB: Histone H2A

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分子 #2: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 10.721382 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
RKRKESYAIY IYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDIF ERIAAEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT KYTSSK

UniProtKB: Histone H2B

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分子 #5: ATP-dependent helicase fft3

分子名称: ATP-dependent helicase fft3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 78.351766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: IDTAALKEEV LKY(MSE)NRCSTQ DLAD(MSE)TGCTL AEAEF(MSE)VAKR PFPDLESALV VKQPRPVIPK GRRGRREK T PLGPRLVGIC (MSE)EI(MSE)RGYFVV DALIRQCEQL GGKIQRGIEA WGLSNTATSD EGETSLVNFD Q(MSE)KSFGT PA NSSFITTPPA ...文字列:
IDTAALKEEV LKY(MSE)NRCSTQ DLAD(MSE)TGCTL AEAEF(MSE)VAKR PFPDLESALV VKQPRPVIPK GRRGRREK T PLGPRLVGIC (MSE)EI(MSE)RGYFVV DALIRQCEQL GGKIQRGIEA WGLSNTATSD EGETSLVNFD Q(MSE)KSFGT PA NSSFITTPPA SFSPDIKLQD YQIIGINWLY LLYELKLAGI LADE(MSE)GLGKT CQTIAFFSLL (MSE)DKNINGPHL VIAPAST(MSE)E NWLREFAKFC PKLKIELYYG SQVEREEIRE RINSNKDSYN V(MSE)LTTYRLAA TSKADRLFLR NQK FNVCVY DEGHYLKNRA SERYRHL(MSE)SI PADFRVLLTG TPLQNNLKEL ISLLAFILPH VFDYGLKSLD VIFT(MSE)K KSP ESDFERALLS EQRVSRAK(MSE)(MSE) (MSE)APFVLRRKK SQVLDALPKK TRIIEFCEFS EEERRRYDDF ASKQS VNSL LDENV(MSE)KTNL DTNANLAKKK STAGFVLVQL RKLADHP(MSE)LF RIHYKDDILR Q(MSE)AKAI(MSE)NEP QYKKANELY IFED(MSE)QY(MSE)SD IELHNLCCKF PSINSFQLKD EPW(MSE)DATKVR KLKKLLTNAV ENGDRVVLF SQFTQVLDIL QLV(MSE)KSLNLK FLRFDGSTQV DFRQDLIDQF YADESINVFL LSTKAGGFGI NLACAN(MSE)VIL YD VSFNPFD DLQAEDRAHR VGQKKEVTVY KFVVKDTIEE HIQRLANAKI A

UniProtKB: ATP-dependent helicase fft3

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分子 #6: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.48841 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PHRYRPGTVA LREIRRYQKS TELLIRKLPF QRLVREIAQD FKTDLRFQSS AVMALQEASE AYLVGLFEDT NLCAIHAKRV TIMPKDIQL ARRIRGERA

UniProtKB: Histone H3

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分子 #7: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 9.86159 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMDV VYALKRQGRT LYGFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: DNA (167-MER)

分子名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.27484 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)

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分子 #4: DNA (167-MER)

分子名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.85657 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5x0y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178242
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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