+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33516 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The cryo-EM structure of an AlpA-loaded complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Wen A / Feng Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Structural basis of AlpA-dependent transcription antitermination. 著者: Aijia Wen / Minxing Zhao / Sha Jin / Yuan-Qiang Lu / Yu Feng / 要旨: AlpA positively regulates a programmed cell death pathway linked to the virulence of Pseudomonas aeruginosa by recognizing an AlpA binding element within the promoter, then binding RNA polymerase ...AlpA positively regulates a programmed cell death pathway linked to the virulence of Pseudomonas aeruginosa by recognizing an AlpA binding element within the promoter, then binding RNA polymerase directly and allowing it to bypass an intrinsic terminator positioned downstream. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of both an AlpA-loading complex and an AlpA-loaded complex. These structures indicate that the C-terminal helix-turn-helix motif of AlpA binds to the AlpA binding element and that the N-terminal segment of AlpA forms a narrow ring inside the RNA exit channel. AlpA was also revealed to render RNAP resistant to termination signals by prohibiting RNA hairpin formation in the RNA exit channel. Structural analysis predicted that AlpA, 21Q, λQ and 82Q share the same mechanism of transcription antitermination. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33516.map.gz | 65.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-33516-v30.xml emd-33516.xml | 24.1 KB 24.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33516.png | 153 KB | ||
マスクデータ | emd_33516_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_33516_half_map_1.map.gz emd_33516_half_map_2.map.gz | 65.5 MB 65.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33516 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33516 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33516_validation.pdf.gz | 938.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_33516_full_validation.pdf.gz | 938.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33516_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33516_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33516 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33516 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xybMC 7xyaC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33516.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33516_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33516_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33516_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : AlpA-loaded complex
+超分子 #1: AlpA-loaded complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: AlpA
+分子 #6: RNA
+分子 #7: nontemplate strand DNA
+分子 #8: template strand DNA
+分子 #9: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31470 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |