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- EMDB-33499: Complex of Echo 18 and FcRn at pH7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33499
タイトルComplex of Echo 18 and FcRn at pH7.4
マップデータ
試料
  • 複合体: Echovirus E18
    • 複合体: FcRn
      • タンパク質・ペプチド: IgG receptor FcRn large subunit p51
    • ウイルス: Homo sapiens (ヒト)
      • タンパク質・ペプチド: VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
      • タンパク質・ペプチド: VP4
キーワードComplex / Receptor / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / endosome membrane / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IgG receptor FcRn large subunit p51
類似検索 - 構成要素
生物種Echovirus E18 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Liu CC / Qu X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences81971922 中国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2022
タイトル: Human FcRn Is a Two-in-One Attachment-Uncoating Receptor for Echovirus 18.
著者: Xiangpeng Chen / Xiao Qu / Congcong Liu / Yong Zhang / Guigen Zhang / Pu Han / Yali Duan / Qi Li / Liang Wang / Wenjing Ruan / Peiyi Wang / Wensheng Wei / George F Gao / Xin Zhao / Zhengde Xie /
要旨: Virus-receptor interactions determine viral host range and tissue tropism. CD55 and human neonatal Fc receptor (FcRn) were found to be the binding and uncoating receptors for some of the echovirus- ...Virus-receptor interactions determine viral host range and tissue tropism. CD55 and human neonatal Fc receptor (FcRn) were found to be the binding and uncoating receptors for some of the echovirus-related enterovirus species B serotypes in our previous study. Echovirus 18 (E18), as a member of enterovirus species B, is a significant causative agent of aseptic meningitis and viral encephalitis in children. However, it does not use CD55 as a critical host factor. We conducted CRISPR/Cas9 knockout screening to determine the receptors and entry mechanisms and identified FcRn working as a dual-function receptor for E18. Knockout of and , which encode the two subunits of FcRn, prevented infection by E18 and other echoviruses in the same physiological cluster. We then elucidated the underlying molecular mechanism of receptor recognition by E18 using cryogenic electron microscopy. The binding of the FCGRT subunit to the canyon region rotates the residues around the pocket, triggering the release of the pocket factor as observed for other enterovirus species B members. E18 is a member of enterovirus species B. As one of the most common enterovirus serotypes in nonpolio enterovirus detection, it easily infects children and causes various clinical symptoms. Aseptic meningitis and viral encephalitis are the most commonly reported syndromes associated with E18. No effective antiviral drugs or approved vaccines are available. Previous studies showed that CD55 and FcRn were the binding and uncoating receptors for some echoviruses. However, we found that CD55 is not the critical host factor for E18. Thus, we want to determine the receptors and elucidate the entry mechanism of E18. Our findings reveal that FcRn is a two-in-one attachment-uncoating receptor for E18.
履歴
登録2022年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33499.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.119299114 - 0.17838119
平均 (標準偏差)0.0009836457 (±0.011002492)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-216-216-216
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 436.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33499_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33499_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33499_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Echovirus E18

全体名称: Echovirus E18 (ウイルス)
要素
  • 複合体: Echovirus E18
    • 複合体: FcRn
      • タンパク質・ペプチド: IgG receptor FcRn large subunit p51
    • ウイルス: Homo sapiens (ヒト)
      • タンパク質・ペプチド: VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
      • タンパク質・ペプチド: VP4

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超分子 #1: Echovirus E18

超分子名称: Echovirus E18 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス)

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超分子 #3: FcRn

超分子名称: FcRn / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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超分子 #2: Homo sapiens

超分子名称: Homo sapiens / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#5 / NCBI-ID: 9606 / 生物種: Homo sapiens / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス)
分子量理論値: 35.113328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GDNQDRTVAN TQPSGPSNSK EIPALTAVET GHTSQVDPSD TLQTRHVVNF HSRSESTVEN FMGRAACVFM DQYKLNGEET STDNFAVWT INVREMAQLR RKCELFTYMR FDIEMTMVIT SCQDQGTQLE QDMPVLTHQI MYVPPGGPIP AKVDSYEWQT S TNPSVFWT ...文字列:
GDNQDRTVAN TQPSGPSNSK EIPALTAVET GHTSQVDPSD TLQTRHVVNF HSRSESTVEN FMGRAACVFM DQYKLNGEET STDNFAVWT INVREMAQLR RKCELFTYMR FDIEMTMVIT SCQDQGTQLE QDMPVLTHQI MYVPPGGPIP AKVDSYEWQT S TNPSVFWT EGNAPARMSI PFISVGNAYS LFYDGWSHFT QDGTYGYTTL NAMGKLFVRH VNKSSPHQIT STIRVYFKPK HI KAWVPRP PRLCPYINKG DVNFVVTEVT DARKSITDTP HPEHSVLVTR GAFGQQSGAA YIGNYKVVNR HLATH

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分子 #2: IgG receptor FcRn large subunit p51

分子名称: IgG receptor FcRn large subunit p51 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.294971 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LSLLYHLTAV SSPAPGTPAF WVSGWLGPQQ YLSYNSLRGE AEPCGAWVWE NQVSWYWEKE TTDLRIKEKL FLEAFKALGG KGPYTLQGL LGCELGPDNT SVPTAKFALN GEEFMNFDLK QGTWGGDWPE ALAISQRWQQ QDKAANKELT FLLFSCPHRL R EHLERGRG ...文字列:
LSLLYHLTAV SSPAPGTPAF WVSGWLGPQQ YLSYNSLRGE AEPCGAWVWE NQVSWYWEKE TTDLRIKEKL FLEAFKALGG KGPYTLQGL LGCELGPDNT SVPTAKFALN GEEFMNFDLK QGTWGGDWPE ALAISQRWQQ QDKAANKELT FLLFSCPHRL R EHLERGRG NLEWKEPPSM RLKARPSSPG FSVLTCSAFS FYPPELQLRF LRNGLAAGTG QGDFGPNSDG SFHASSSLTV KS GDEHHYC CIVQHAGLAQ PLRVEL

UniProtKB: IgG receptor FcRn large subunit p51

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分子 #3: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス)
分子量理論値: 28.805348 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SPSAEECGYS DRVRSMTLGN STITTQESAN VVVGYGEWPS YLSDKEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WEKSSPGWWW KFPEALKNM GLFGQNMHYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCADTST TFPATELTTE EEPHVFTSDS I TGKKVQAA ...文字列:
SPSAEECGYS DRVRSMTLGN STITTQESAN VVVGYGEWPS YLSDKEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WEKSSPGWWW KFPEALKNM GLFGQNMHYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCADTST TFPATELTTE EEPHVFTSDS I TGKKVQAA VCNAGMGVGV GNLTIFPHQW INLRTNNSAT IVMPYINSVP MDNMFRHYNF TLMIIPFAPL NFNEGATAYV PV TVTIAPM YAEYNGLRLA STQ

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分子 #4: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス)
分子量理論値: 26.134842 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GVPVLNTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDE TPEMHIPGEV RNLMEMAEVD SVVPVNNITG KTKSMEAYQI AVGTGNTDKT KPIFSFQMD PGYSSVLKRT LLGEMLNYYA HWSGSVKLTF LFCGSAMATG KLLISYSPPG ASVPSSRKDA MLGTHIIWDI G LQSSCVLC ...文字列:
GVPVLNTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDE TPEMHIPGEV RNLMEMAEVD SVVPVNNITG KTKSMEAYQI AVGTGNTDKT KPIFSFQMD PGYSSVLKRT LLGEMLNYYA HWSGSVKLTF LFCGSAMATG KLLISYSPPG ASVPSSRKDA MLGTHIIWDI G LQSSCVLC VPWISQSHYR MVQQDPYTSA GYITCWYQTN IVVPPGAPTS CDVLCFASAC NDFSVRLLRD TPFMAQPGKL Q

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分子 #5: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス)
分子量理論値: 7.502346 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGAQVSTQKT GAHETSLNAK GNSIIHYTNI NFYKDAASSA SNRQELQQDP GKFTDPVKDL MVKTLPALN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot for 3 seconds and wait for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 100.0 mrad
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2028 / 平均露光時間: 0.088 sec. / 平均電子線量: 1.025 e/Å2 / 詳細: Images were collected in super-resolution mode.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 23904
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 23904
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6hbg

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6hbg

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6hbg

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6hbg

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7xxa:
Complex of Echo 18 and FcRn at pH7.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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