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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33466 | ||||||||||||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of HK022 putRNA-associated E.coli RNA polymerase elongation complex | ||||||||||||||||||
マップデータ | the map is post-processed in relion and local-filtered in bsoft package | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | transcription / RNA polymerase / anti-pausing / anti-termination / cryo-EM / HK022 put | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Shamshuipovirus HK022 (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Hwang SH / Kang JY | ||||||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by a nascent RNA element, HK022 putRNA. 著者: Seungha Hwang / Paul Dominic B Olinares / Jimin Lee / Jinwoo Kim / Brian T Chait / Rodney A King / Jin Young Kang / 要旨: Transcription, in which RNA polymerases (RNAPs) produce RNA from DNA, is the first step of gene expression. As such, it is highly regulated either by trans-elements like protein factors and/or by cis- ...Transcription, in which RNA polymerases (RNAPs) produce RNA from DNA, is the first step of gene expression. As such, it is highly regulated either by trans-elements like protein factors and/or by cis-elements like specific sequences on the DNA. Lambdoid phage HK022 contains a cis-element, put, which suppresses pausing and termination during transcription of the early phage genes. The putRNA transcript solely performs the anti-pausing/termination activities by interacting directly with the E.coli RNAP elongation complex (EC) by an unknown structural mechanism. In this study, we reconstituted putRNA-associated ECs and determined the structures using cryo-electron microscopy. The determined structures of putRNA-associated EC, putRNA-absent EC, and σ-bound EC suggest that the putRNA interaction with the EC counteracts swiveling, a conformational change previously identified to promote pausing and σ might modulate putRNA folding via σ-dependent pausing during elongation. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33466.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33466-v30.xml emd-33466.xml | 27.7 KB 27.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33466.png | 95.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33466.cif.gz | 9.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33466 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33466 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33466_validation.pdf.gz | 369.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33466_full_validation.pdf.gz | 369.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33466_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33466_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33466 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33466 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | the map is post-processed in relion and local-filtered in bsoft package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : HK022 putRNA-associated E.coli RNA polymerase elongation complex
+超分子 #1: HK022 putRNA-associated E.coli RNA polymerase elongation complex
+超分子 #2: RNA polymerase
+超分子 #3: DNA/RNA
+分子 #1: non-template DNA
+分子 #2: template DNA
+分子 #3: RNA (nun gene and immunity region)
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: pH adjustment at 4'C | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: using two layers of blot papers. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8175 / 平均電子線量: 42.16 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |