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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33448 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriocin / PTS / ManYZ / ManY / ManZ / transporter / Mannose / PROTEIN TRANSPORT / Membrane Protein / Listeria monocytogenes / Pediococcus acidilactici / Latilactobacillus sakei / Mannose Phosphotransferase System / Man-PTS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacteriocin immunity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (バクテリア) / Pediococcus acidilactici (バクテリア) / Latilactobacillus sakei (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeng JW / Wang JW / Zhu LY | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Appl Environ Microbiol / 年: 2022 タイトル: Structural Basis of the Immunity Mechanisms of Pediocin-like Bacteriocins. 著者: Liyan Zhu / Jianwei Zeng / Jiawei Wang / 要旨: Pediocin-like bacteriocins, also designated class IIa bacteriocins, are ribosomally synthesized antimicrobial peptides targeting species closely related to the producers. They act on the cytoplasmic ...Pediocin-like bacteriocins, also designated class IIa bacteriocins, are ribosomally synthesized antimicrobial peptides targeting species closely related to the producers. They act on the cytoplasmic membrane of Gram-positive cells by dissipating the transmembrane electrical potential through pore formation with the mannose phosphotransferase system (man-PTS) as the target/receptor. Bacteriocin-producing strains also synthesize a cognate immunity protein that protects them against their own bacteriocins. Herein, we report the cryo-electron microscopy structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei. The complex structure reveals that pediocin-like bacteriocins bind to the same position on the Core domain of man-PTS, while the C-terminal helical tails of bacteriocins delimit the opening range of the Core domain away from the Vmotif domain to facilitate transmembrane pore formation. Upon attack of bacteriocins from the extracellular side, man-PTS exposes its cytosolic side for recognition of the N-terminal four-helix bundle of the immunity protein. The C-terminal loop of the immunity protein then inserts into the pore and blocks leakage induced by bacteriocins. Elucidation of the toxicity and immunity mechanisms of pediocin-like bacteriocins could support the design of novel bacteriocins against antibiotic-resistant pathogenic bacteria. Pediocin-like bacteriocins, ribosomally synthesized antimicrobial peptides, are generally co-expressed with cognate immunity proteins to protect the bacteriocin-producing strain from its own bacteriocin. Bacteriocins are considered potential alternatives to conventional antibiotics in the context of the bacterial resistance crisis, but the immunity mechanism is unclear. This study uncovered the mechanisms of action and immunity of class IIa bacteriocins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33448.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33448-v30.xml emd-33448.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33448.png | 125.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33448.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_33448_half_map_1.map.gz emd_33448_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33448 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33448 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33448_validation.pdf.gz | 986.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33448_full_validation.pdf.gz | 986.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33448_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33448_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33448 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33448 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xtgMC 7xnoC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8433 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33448_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33448_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed wit...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 and sakacin-A immunity factor |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed wit...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 and sakacin-A immunity factor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア) |
-分子 #1: Bacteriocin curvacin-A
分子 | 名称: Bacteriocin curvacin-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pediococcus acidilactici (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 4.444088 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARSYGNGVY CNNKKCWVNR GEATQSIIGG MISGWASGLA GM UniProtKB: Bacteriocin curvacin-A |
-分子 #2: Sakacin-A immunity factor
分子 | 名称: Sakacin-A immunity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Latilactobacillus sakei (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 10.213867 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ADYKKINSIL TYTSTALKNP KIIKDKDLVV LLTIIQEEAK QNRIFYDYKR KFRPAVTRFT IDNNFEIPDC LVKLLSAVET PKAWSGFS UniProtKB: Sakacin-A immunity factor |
-分子 #3: Mannose permease IIC component
分子 | 名称: Mannose permease IIC component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 25.461646 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: DLNFIQVILV IFVAFLAGVE GILDQFHFHQ PVIACTLIGL VTGNLLPCLI LGGTLQMIAL GWANVGAAVA PDAALASIAS AIILVLGGQ GKAGVTSAIA IAVPLAVAGL LLTIIVRTLA TGIVHIMDAA AKEGNFRKIE MWQYIAIIMQ GVRIAIPAGL I LAIGAGPV ...文字列: DLNFIQVILV IFVAFLAGVE GILDQFHFHQ PVIACTLIGL VTGNLLPCLI LGGTLQMIAL GWANVGAAVA PDAALASIAS AIILVLGGQ GKAGVTSAIA IAVPLAVAGL LLTIIVRTLA TGIVHIMDAA AKEGNFRKIE MWQYIAIIMQ GVRIAIPAGL I LAIGAGPV KEMLTAMPVW LTDGLAIGGG MVVAVGYAMV INMMATKEVW PFFAIGFVLA TISQLTLIGL GAIGISLALI YL ALSKQGS G UniProtKB: Mannose permease IIC component |
-分子 #4: Mannose permease IID component
分子 | 名称: Mannose permease IID component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 33.000723 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QLKLTKKDRI SVWLRSTFLQ GSWNYERMQN GGWAYTLIPA LKKLYKTKED RSAALVRHME FFNTHPYVAA PILGVTLALE EERANGAPI DDVTIQGVKV GMMGPLAGIG DPVFWFTVKP IIGALAASLA MSGNILGPII YFVAWNAIRM AFTWYTQEFG Y RAGSKITE ...文字列: QLKLTKKDRI SVWLRSTFLQ GSWNYERMQN GGWAYTLIPA LKKLYKTKED RSAALVRHME FFNTHPYVAA PILGVTLALE EERANGAPI DDVTIQGVKV GMMGPLAGIG DPVFWFTVKP IIGALAASLA MSGNILGPII YFVAWNAIRM AFTWYTQEFG Y RAGSKITE DLSGGILQDI TKGASILGMF ILGSLVNRWV SVKFTPTVSS VKLDKGAFID WDKLPSGAKG IQSALQQQAQ GL SLTDHKI TTLQDNLDSL IPGLAALGLT LFCMWLLKKK VSPIVIILGL FVVGIVFHLL HLM UniProtKB: Mannose permease IID component |
-分子 #5: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-MAN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178777 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |