EMDB-33438: Structure of the human IgM B cell receptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-33438

タイトル

Structure of the human IgM B cell receptor

マップデータ

試料

複合体: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
- 複合体: Heavy chain
- 複合体: Light chain
- 複合体: human B-cell antigen receptor

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å

データ登録者

Chen MY / Su Q / Shi YG

資金援助

中国, 4件

Organization	Grant number	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31930059	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81970633	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	U1904146	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81920108015	中国

引用

ジャーナル: Science
タイトル: Cryo-EM structure of the human IgM B cell receptor
著者: Su Q / Chen M / Shi Y

履歴

登録	2022年5月16日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年8月17日	-
マップ公開	2022年8月17日	-
更新	2022年8月17日	-
現状	2022年8月17日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_33438.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_33438.map.gz	167.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-33438-v30.xml emd-33438.xml	15.4 KB 15.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_33438.png	37.6 KB
その他	emd_33438_half_map_1.map.gz emd_33438_half_map_2.map.gz	164.8 MB 164.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33438	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_33438_validation.pdf.gz	624.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_33438_full_validation.pdf.gz	624.3 KB	表示
XML形式データ	emd_33438_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	emd_33438_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33438	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_33438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.08 Å/pix. x 360 pix. = 387.72 Å	1.08 Å/pix. x 360 pix. = 387.72 Å	1.08 Å/pix. x 360 pix. = 387.72 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.077 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.582
最小 - 最大	-1.0438063 - 2.3701887
平均 (標準偏差)	0.00053918565 (±0.047084287)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_33438_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_33438_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

全体	名称: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
要素	複合体: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype 複合体: Heavy chain 複合体: Light chain 複合体: human B-cell antigen receptor

-
超分子 #1: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

超分子	名称: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

-
超分子 #2: Heavy chain

超分子	名称: Heavy chain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

-
超分子 #3: Light chain

超分子	名称: Light chain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

-
超分子 #4: human B-cell antigen receptor

超分子	名称: human B-cell antigen receptor / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	5 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm 最小デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択	選択した数: 172330
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 172330
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

-
超分子 #1: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

-
超分子 #2: Heavy chain

-
超分子 #3: Light chain

-
超分子 #4: human B-cell antigen receptor

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-ハーフマップ: #1

-ハーフマップ: #2

-試料の構成要素

-全体 : structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

-超分子 #1: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

-超分子 #2: Heavy chain

-超分子 #3: Light chain

-超分子 #4: human B-cell antigen receptor

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

-
超分子 #1: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

-
超分子 #2: Heavy chain

-
超分子 #3: Light chain

-
超分子 #4: human B-cell antigen receptor

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)