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- EMDB-33390: Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33390
タイトルStructure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
マップデータ
試料
  • 複合体: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
    • 複合体: Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu
    • 複合体: Light chain
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant
    • 複合体: human B-cell antigen receptor
      • タンパク質・ペプチド: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


IgM B cell receptor complex / IgD immunoglobulin complex / B cell receptor complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex ...IgM B cell receptor complex / IgD immunoglobulin complex / B cell receptor complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / B cell activation / B cell proliferation / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / エンドソーム / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / 免疫応答 / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha/beta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain ...B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha/beta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu / B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain / B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen MY / Su Q / Shi YG
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81970633 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1904146 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the human IgM B cell receptor.
著者: Qiang Su / Mengying Chen / Yan Shi / Xiaofeng Zhang / Gaoxingyu Huang / Bangdong Huang / Dongwei Liu / Zhangsuo Liu / Yigong Shi /
要旨: The B cell receptor (BCR) initiates immune responses through antigen recognition. We report a 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of human immunoglobulin M (IgM)-BCR in the resting state. ...The B cell receptor (BCR) initiates immune responses through antigen recognition. We report a 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of human immunoglobulin M (IgM)-BCR in the resting state. IgM-BCR comprises two heavy chains, two light chains, and the Igα/Igβ heterodimer. The ectodomains of the heavy chains closely stack against those of Igα/Igβ, with one heavy chain locked between Igα and Igβ in the juxtamembrane region. Extracellular interactions may determine isotype specificity of the BCR. The transmembrane helices of IgM-BCR form a four-helix bundle that appears to be conserved among all BCR isotypes. This structure contains 14 glycosylation sites on the IgM-BCR ectodomains and reveals three potential surface binding sites. Our work reveals the organizational principles of the BCR and may facilitate the design of antibody-based therapeutics.
履歴
登録2022年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33390.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33390.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.077 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.904
最小 - 最大-4.5344486 - 7.251618
平均 (標準偏差)-0.0010767624 (±0.06641249)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 387.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33390_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33390_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

全体名称: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
要素
  • 複合体: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
    • 複合体: Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu
    • 複合体: Light chain
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant
    • 複合体: human B-cell antigen receptor
      • タンパク質・ペプチド: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

超分子名称: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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超分子 #2: Heavy chain

超分子名称: Heavy chain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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超分子 #3: Light chain

超分子名称: Light chain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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超分子 #4: human B-cell antigen receptor

超分子名称: human B-cell antigen receptor / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4

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分子 #1: Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Imm...

分子名称: Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Specific N-terminal secretion signal peptide (1-19) / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.895641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEFGLSWLFL VAILKGVQCQ VQLVQSGGQM KKPGESMRIS CRASGYEFID CTLNWIRLAP GKRPEWMGWL KPRGGAVNYA RPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVDD TAVYFCTRGK NCDYNWDFEH WGRGTPVIVS SGSASAPTLF PLVSCENSPS D TSSVAVGC ...文字列:
MEFGLSWLFL VAILKGVQCQ VQLVQSGGQM KKPGESMRIS CRASGYEFID CTLNWIRLAP GKRPEWMGWL KPRGGAVNYA RPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVDD TAVYFCTRGK NCDYNWDFEH WGRGTPVIVS SGSASAPTLF PLVSCENSPS D TSSVAVGC LAQDFLPDSI TFSWKYKNNS DISSTRGFPS VLRGGKYAAT SQVLLPSKDV MQGTDEHVVC KVQHPNGNKE KN VPLPVIA ELPPKVSVFV PPRDGFFGNP RKSKLICQAT GFSPRQIQVS WLREGKQVGS GVTTDQVQAE AKESGPTTYK VTS TLTIKE SDWLGQSMFT CRVDHRGLTF QQNASSMCVP DQDTAIRVFA IPPSFASIFL TKSTKLTCLV TDLTTYDSVT ISWT RQNGE AVKTHTNISE SHPNATFSAV GEASICEDDW NSGERFTCTV THTDLPSPLK QTISRPKGVA LHRPDVYLLP PAREQ LNLR ESATITCLVT GFSPADVFVQ WMQRGQPLSP EKYVTSAPMP EPQAPGRYFA HSILTVSEEE WNTGETYTCV VAHEAL PNR VTERTVDKST EGEVSADEEG FENLWATAST FIVLFLLSLF YSTTVTLFKV K

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分子 #2: Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin...

分子名称: Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: N terminal specific signal peptide (1-19), Flag tag (20-40)
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.350191 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVLQTQVFIS LLLWISGAYG GSDYKDDDDK GSPGDEVDAG EIVLTQSPGT LSLSPGETAI ISCRTSQYGS LAWYQQRPGQ APRLVIYSG STRAAGIPDR FSGSRWGPDY NLTISNLESG DFGVYYCQQY EFFGQGTKVQ VDIKRTVAAP SVFIFPPSDE Q LKSGTASV ...文字列:
MVLQTQVFIS LLLWISGAYG GSDYKDDDDK GSPGDEVDAG EIVLTQSPGT LSLSPGETAI ISCRTSQYGS LAWYQQRPGQ APRLVIYSG STRAAGIPDR FSGSRWGPDY NLTISNLESG DFGVYYCQQY EFFGQGTKVQ VDIKRTVAAP SVFIFPPSDE Q LKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SP VTKSFNR GEC

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分子 #3: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain

分子名称: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: C terminal twin-strep tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.144594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MPGGPGVLQA LPATIFLLFL LSAVYLGPGC QALWMHKVPA SLMVSLGEDA HFQCPHNSSN NANVTWWRVL HGNYTWPPEF LGPGEDPNG TLIIQNVNKS HGGIYVCRVQ EGNESYQQSC GTYLRVRQPP PRPFLDMGEG TKNRIITAEG IILLFCAVVP G TLLLFRKR WQNEKLGLDA GDEYEDENLY EGLNLDDCSM YEDISRGLQG TYQDVGSLNI GDVQLEKPAA AWSHPQFEKG GG SGGGSGG SAWSHPQFEK

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分子 #4: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

分子名称: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: C terminal twin-strep tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.163094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MARLALSPVP SHWMVALLLL LSAEPVPAAR SEDRYRNPKG SACSRIWQSP RFIARKRGFT VKMHCYMNSA SGNVSWLWKQ EMDENPQQL KLEKGRMEES QNESLATLTI QGIRFEDNGI YFCQQKCNNT SEVYQGCGTE LRVMGFSTLA QLKQRNTLKD G IIMIQTLL IILFIIVPIF LLLDKDDSKA GMEEDHTYEG LDIDQTATYE DIVTLRTGEV KWSVGEHPGQ EAAAWSHPQF EK GGGSGGG SGGSAWSHPQ FEK

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 14 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 697919

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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