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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like capsid at pH 7.5 | |||||||||
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機能・相同性 | Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | |||||||||
![]() | Chen NC / Wang CH / Chen CJ / Yoshimura M / Guan HH / Chuankhayan P / Lin CC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of honeybee-infecting Lake Sinai virus reveal domain functions and capsid assembly with dynamic motions 著者: Chen NC / Wang CH / Yoshimura M / Yeh YQ / Guan HH / Chuankhayan P / Lin CC / Lin PJ / Huang YC / Wakatsuki S / Ho MC / Chen CJ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 483.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 143.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 474 MB 474 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1018.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1018.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xgzMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0537 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33190_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33190_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Lake Sinai virus 2
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Lake Sinai virus 2
超分子 | 名称: Lake Sinai virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1041831 / 生物種: Lake Sinai virus 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Capsid protein alpha
分子 | 名称: Capsid protein alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 57.344309 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNPPTTTTTT TRTIRAPKVQ LTPNSATRRR RNRRRRRPAA AIAGPLSIQP SSINRRMVSR VTRRSAVVTA AGLAWLRQYL NPMGPDTTS VTGYPDGSAV TTCIADYSNT FNVSFPPREA LYCTGSSSSE KPTLVDADNY AKIDKWSNYD ITLCVLALPM L RNVVMLRL ...文字列: MNPPTTTTTT TRTIRAPKVQ LTPNSATRRR RNRRRRRPAA AIAGPLSIQP SSINRRMVSR VTRRSAVVTA AGLAWLRQYL NPMGPDTTS VTGYPDGSAV TTCIADYSNT FNVSFPPREA LYCTGSSSSE KPTLVDADNY AKIDKWSNYD ITLCVLALPM L RNVVMLRL YPHTPTAFAL TEQTPNFPQR FPNWSVYSAD GTRFNNGDEP GYLQSYVYLP NVDKHLSAAR GYRLLSRGIT GI FSAPALE TQGFVTACQY LAEGSIQSQS IKSDAVRSVT VNSDGTVKNV ESSSQTVSSM PRYVFPLDGD NCAPSSLTET YHQ AYQSKA TDGFYMPVLS SSRDNPFHPP QPRAIAVYGS FLARGCLDPV SEAHEADGPT HDIYRLNVAD DVAPLFNTGV VWFE GISPK FSLKLKTRTV LQYIPTSGSV LANFTRHEPT YDQIALDAAD RLRNLMPHAY PAAYNDWGWL GDLLDSAISM LPGVG TVYN IAKPLIKPAW NWLGNKVSDF FGNPVARDGD IFFDAK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.72 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.25 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |