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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of mTRPV2_E2 | |||||||||
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![]() | mTRPV2 / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / endomembrane system / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / endomembrane system / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / melanosome / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å | |||||||||
![]() | Su N | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanisms of TRPV2 modulation by endogenous and exogenous ligands. 著者: Nannan Su / Wenxuan Zhen / Heng Zhang / Lingyi Xu / Yitian Jin / Xiaoying Chen / Cheng Zhao / Qinrui Wang / Xinyan Wang / Shaowei Li / Han Wen / Wei Yang / Jiangtao Guo / Fan Yang / ![]() 要旨: The transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) ion channel is a polymodal receptor widely involved in many physiological and pathological processes. Despite many TRPV2 modulators being ...The transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) ion channel is a polymodal receptor widely involved in many physiological and pathological processes. Despite many TRPV2 modulators being identified, whether and how TRPV2 is regulated by endogenous lipids remains elusive. Here, we report an endogenous cholesterol molecule inside the vanilloid binding pocket (VBP) of TRPV2, with a 'head down, tail up' configuration, resolved at 3.2 Å using cryo-EM. Cholesterol binding antagonizes ligand activation of TRPV2, which is removed from VBP by methyl-β-cyclodextrin (MβCD) as resolved at 2.9 Å. We also observed that estradiol (E2) potentiated TRPV2 activation by 2-aminoethoxydiphenyl borate (2-APB), a classic tool compound for TRP channels. Our cryo-EM structures (resolved at 2.8-3.3 Å) further suggest how E2 disturbed cholesterol binding and how 2-APB bound within the VBP with E2 or without both E2 and endogenous cholesterol, respectively. Therefore, our study has established the structural basis for ligand recognition of the inhibitory endogenous cholesterol and excitatory exogenous 2-APB in TRPV2. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 37.2 MB 37.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xeuMC ![]() 7xemC ![]() 7xeoC ![]() 7xerC ![]() 7xevC ![]() 7xewC ![]() 7yepC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33159_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33159_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : mTRPV2_E2
全体 | 名称: mTRPV2_E2 |
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要素 |
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-超分子 #1: mTRPV2_E2
超分子 | 名称: mTRPV2_E2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 86.058195 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTSASNPPAF RLETSDGDEE GSAEVNKGKN EPPPMESPFQ GEDRNFSPQI KVNLNYRKGL GPSQQDPNRF DRDRLFSVVS RGVPEELTG LLEYLRRTSK YLTDSAYTEG STGKTCLMKA VLNLQDGVNA CILPLLQIDR DSGNPQPLVN AQCTDEFYRG H SALHIAIE ...文字列: MTSASNPPAF RLETSDGDEE GSAEVNKGKN EPPPMESPFQ GEDRNFSPQI KVNLNYRKGL GPSQQDPNRF DRDRLFSVVS RGVPEELTG LLEYLRRTSK YLTDSAYTEG STGKTCLMKA VLNLQDGVNA CILPLLQIDR DSGNPQPLVN AQCTDEFYRG H SALHIAIE KRSLWCVKLL VENGANVHIR ACGRFFQKHQ GTCFYFGELP LSLAACTKQW DVVTYLLENP HQPASLEATD SL GNTVLHA LVMIADNSPE NSALVIHMYD SLLQMGARLC PTVQLEDICN HQGLTPLKLA AKEGKIEIFR HILQREFSGL YQP LSRKFT EWCYGPVRVS LYDLSSVDSW EKNSVLEIIA FHCKSPHRHR MVVLEPLNKL LQEKWDRLIP RFFFNFACYL VYMI IFTIV AYHQPSLEQP AIPSSKATFG DSMLLLGHIL ILLGGIYLLL GQLWYFWRRR LFIWISFMDS YFEILFLVQA LLTVL SQVL RFVETEWYLP LLVSSLVLGW LNLLYYTRGF QHTGIYSVMI QKVILRDLLR FLLVYLVFLF GFAVALVSLS REARSP KAP EDSNTTVTEK PTLGQEEEPV PYGGILDASL ELFKFTIGMG ELAFQEQLRF RGVVLLLLLA YVLLTYVLLL NMLIALM SE TVNSVATDSW SIWKLQKAIS VLEMENGYWW CRRKRHRAGR LLKVGTKGDG IPDERWCFRV EEVNWAAWEK TLPTLSED P SGAGITGYKK NPTSKPGKNS ASEEDHLPLQ VLQSH UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 |
-分子 #2: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126194 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |