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- EMDB-33156: Cholesterol bound state of mTRPV2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33156
タイトルCholesterol bound state of mTRPV2
マップデータmap of mTRPV2_CHL
試料
  • 複合体: complex of mTRPV2 and cholesterol
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water
キーワードmTRPV2 / chloesterol / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / endomembrane system / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / melanosome ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / endomembrane system / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / melanosome / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Su N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32122040 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structural mechanisms of TRPV2 modulation by endogenous and exogenous ligands.
著者: Nannan Su / Wenxuan Zhen / Heng Zhang / Lingyi Xu / Yitian Jin / Xiaoying Chen / Cheng Zhao / Qinrui Wang / Xinyan Wang / Shaowei Li / Han Wen / Wei Yang / Jiangtao Guo / Fan Yang /
要旨: The transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) ion channel is a polymodal receptor widely involved in many physiological and pathological processes. Despite many TRPV2 modulators being ...The transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) ion channel is a polymodal receptor widely involved in many physiological and pathological processes. Despite many TRPV2 modulators being identified, whether and how TRPV2 is regulated by endogenous lipids remains elusive. Here, we report an endogenous cholesterol molecule inside the vanilloid binding pocket (VBP) of TRPV2, with a 'head down, tail up' configuration, resolved at 3.2 Å using cryo-EM. Cholesterol binding antagonizes ligand activation of TRPV2, which is removed from VBP by methyl-β-cyclodextrin (MβCD) as resolved at 2.9 Å. We also observed that estradiol (E2) potentiated TRPV2 activation by 2-aminoethoxydiphenyl borate (2-APB), a classic tool compound for TRP channels. Our cryo-EM structures (resolved at 2.8-3.3 Å) further suggest how E2 disturbed cholesterol binding and how 2-APB bound within the VBP with E2 or without both E2 and endogenous cholesterol, respectively. Therefore, our study has established the structural basis for ligand recognition of the inhibitory endogenous cholesterol and excitatory exogenous 2-APB in TRPV2.
履歴
登録2022年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33156.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of mTRPV2_CHL
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 210 pix.
= 212.94 Å		1.01 Å/pix.
x 210 pix.
= 212.94 Å		1.01 Å/pix.
x 210 pix.
= 212.94 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0193
最小 - 最大-0.073689714 - 0.13573222
平均 (標準偏差)0.000017737417 (±0.0056483834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 212.94002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map of mTRPV2 CHL 1

ファイルemd_33156_half_map_1.map
注釈half map of mTRPV2_CHL 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of mTRPV2 CHL 2

ファイルemd_33156_half_map_2.map
注釈half map of mTRPV2_CHL 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of mTRPV2 and cholesterol

全体名称: complex of mTRPV2 and cholesterol
要素
  • 複合体: complex of mTRPV2 and cholesterol
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water

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超分子 #1: complex of mTRPV2 and cholesterol

超分子名称: complex of mTRPV2 and cholesterol / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 86.058195 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTSASNPPAF RLETSDGDEE GSAEVNKGKN EPPPMESPFQ GEDRNFSPQI KVNLNYRKGL GPSQQDPNRF DRDRLFSVVS RGVPEELTG LLEYLRRTSK YLTDSAYTEG STGKTCLMKA VLNLQDGVNA CILPLLQIDR DSGNPQPLVN AQCTDEFYRG H SALHIAIE ...文字列:
MTSASNPPAF RLETSDGDEE GSAEVNKGKN EPPPMESPFQ GEDRNFSPQI KVNLNYRKGL GPSQQDPNRF DRDRLFSVVS RGVPEELTG LLEYLRRTSK YLTDSAYTEG STGKTCLMKA VLNLQDGVNA CILPLLQIDR DSGNPQPLVN AQCTDEFYRG H SALHIAIE KRSLWCVKLL VENGANVHIR ACGRFFQKHQ GTCFYFGELP LSLAACTKQW DVVTYLLENP HQPASLEATD SL GNTVLHA LVMIADNSPE NSALVIHMYD SLLQMGARLC PTVQLEDICN HQGLTPLKLA AKEGKIEIFR HILQREFSGL YQP LSRKFT EWCYGPVRVS LYDLSSVDSW EKNSVLEIIA FHCKSPHRHR MVVLEPLNKL LQEKWDRLIP RFFFNFACYL VYMI IFTIV AYHQPSLEQP AIPSSKATFG DSMLLLGHIL ILLGGIYLLL GQLWYFWRRR LFIWISFMDS YFEILFLVQA LLTVL SQVL RFVETEWYLP LLVSSLVLGW LNLLYYTRGF QHTGIYSVMI QKVILRDLLR FLLVYLVFLF GFAVALVSLS REARSP KAP EDSNTTVTEK PTLGQEEEPV PYGGILDASL ELFKFTIGMG ELAFQEQLRF RGVVLLLLLA YVLLTYVLLL NMLIALM SE TVNSVATDSW SIWKLQKAIS VLEMENGYWW CRRKRHRAGR LLKVGTKGDG IPDERWCFRV EEVNWAAWEK TLPTLSED P SGAGITGYKK NPTSKPGKNS ASEEDHLPLQ VLQSH

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2

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分子 #2: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40899
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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