+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cryo-EM structure of H2BK34ub nucleosome | ||||||||||||||||||||||||
![]() | |||||||||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||||||||
![]() | H2BK34ub nucleosome / NUCLEAR PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Ai HS / Liu AJ / Lou ZY / Liu L | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: H2B Lys34 Ubiquitination Induces Nucleosome Distortion to Stimulate Dot1L Activity. 著者: Huasong Ai / Maoshen Sun / Aijun Liu / Zixian Sun / Tingting Liu / Lin Cao / Lujun Liang / Qian Qu / Zichen Li / Zhiheng Deng / Zebin Tong / Guochao Chu / Xiaolin Tian / Haiteng Deng / Suwen ...著者: Huasong Ai / Maoshen Sun / Aijun Liu / Zixian Sun / Tingting Liu / Lin Cao / Lujun Liang / Qian Qu / Zichen Li / Zhiheng Deng / Zebin Tong / Guochao Chu / Xiaolin Tian / Haiteng Deng / Suwen Zhao / Jia-Bin Li / Zhiyong Lou / Lei Liu / ![]() 要旨: Ubiquitination-dependent histone crosstalk plays critical roles in chromatin-associated processes and is highly associated with human diseases. Mechanism studies of the crosstalk have been of the ...Ubiquitination-dependent histone crosstalk plays critical roles in chromatin-associated processes and is highly associated with human diseases. Mechanism studies of the crosstalk have been of the central focus. Here our study on the crosstalk between H2BK34ub and Dot1L-catalyzed H3K79me suggests a novel mechanism of ubiquitination-induced nucleosome distortion to stimulate the activity of an enzyme. We determined the cryo-electron microscopy structures of Dot1L-H2BK34ub nucleosome complex and the H2BK34ub nucleosome alone. The structures reveal that H2BK34ub induces an almost identical orientation and binding pattern of Dot1L on nucleosome as H2BK120ub, which positions Dot1L for the productive conformation through direct ubiquitin-enzyme contacts. However, H2BK34-anchored ubiquitin does not directly interact with Dot1L as occurs in the case of H2BK120ub, but rather induces DNA and histone distortion around the modified site. Our findings establish the structural framework for understanding the H2BK34ub-H3K79me trans-crosstalk and highlight the diversity of mechanisms for histone ubiquitination to activate chromatin-modifying enzymes. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 44.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 49.5 MB 5 MB 5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 469.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.074 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_33131_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33131_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33131_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : H2BK34ub nucleosome
全体 | 名称: H2BK34ub nucleosome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: H2BK34ub nucleosome
超分子 | 名称: H2BK34ub nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.409056 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG UniProtKB: Histone H4 |
-分子 #2: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.865871 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYS ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRND EELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPK UniProtKB: Histone H2A |
-分子 #3: Histone H2B type 1-K
分子 | 名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.233723 KDa |
配列 | 文字列: RKESYSVYVY KVLKQVHPDT GISSKAMGIM NSFVNDIFER IAGEASRLAH YNKRSTITSR EIQTAVRLLL PGELAKHAVS EGTKAVTKY TSA UniProtKB: Histone H2B type 1-K |
-分子 #4: Histone domain-containing protein
分子 | 名称: Histone domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.631616 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQS SAVMALQEAS EAYLVALFED TNLCAIHAKR VTIMPKDIQ LARRIRGERA UniProtKB: H3.4 histone |
-分子 #7: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
分子 | 名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.576831 KDa |
配列 | 文字列: MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG UniProtKB: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 |
-分子 #5: DNA (146-MER)
分子 | 名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 44.825559 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列: (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DT) |
-分子 #6: DNA (146-MER)
分子 | 名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 45.305852 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85558 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |