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- EMDB-33126: Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 1:1 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33126
タイトルCryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 1:1 complex
マップデータDot1L, H2BK34ub
試料
  • 複合体: Complex of Dot1L(1-416) and H2BK34ub nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
    • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
    • タンパク質・ペプチド: Histone domain-containing protein
    • DNA: DNA (146-MER)
    • DNA: DNA (146-MER)
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone H3 methyltransferase activity / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule ...[histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone H3 methyltransferase activity / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / seminiferous tubule development / histone methyltransferase activity / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of neuron apoptotic process / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / regulation of proteasomal protein catabolic process / Packaging Of Telomere Ends / energy homeostasis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Maturation of protein E / Maturation of protein E / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Glycogen synthesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Inhibition of DNA recombination at telomere / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Regulation of FZD by ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / telomere organization / p75NTR recruits signalling complexes / VLDLR internalisation and degradation / Meiotic synapsis / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / RNA Polymerase I Promoter Opening / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Pexophagy / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of PTEN localization / Regulation of BACH1 activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLK / DNA methylation / neuron projection morphogenesis / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Condensation of Prophase Chromosomes / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Josephin domain DUBs / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / HCMV Late Events / regulation of mitochondrial membrane potential / DNA damage checkpoint signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / innate immune response in mucosa / positive regulation of protein ubiquitination / PRC2 methylates histones and DNA
類似検索 - 分子機能
Histone H3-K79 methyltransferase, metazoa / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. ...Histone H3-K79 methyltransferase, metazoa / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / Histone H2A / Histone 2A / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / : / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Histone H2B type 1-K / Polyubiquitin-B / Histone H2A / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / H3.4 histone
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Ai HS / Liu AJ / Lou ZY / Liu L
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Other private2017YFA0505200 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977090 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21532004 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753205 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81621002 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022
タイトル: H2B Lys34 Ubiquitination Induces Nucleosome Distortion to Stimulate Dot1L Activity.
著者: Huasong Ai / Maoshen Sun / Aijun Liu / Zixian Sun / Tingting Liu / Lin Cao / Lujun Liang / Qian Qu / Zichen Li / Zhiheng Deng / Zebin Tong / Guochao Chu / Xiaolin Tian / Haiteng Deng / Suwen ...著者: Huasong Ai / Maoshen Sun / Aijun Liu / Zixian Sun / Tingting Liu / Lin Cao / Lujun Liang / Qian Qu / Zichen Li / Zhiheng Deng / Zebin Tong / Guochao Chu / Xiaolin Tian / Haiteng Deng / Suwen Zhao / Jia-Bin Li / Zhiyong Lou / Lei Liu /
要旨: Ubiquitination-dependent histone crosstalk plays critical roles in chromatin-associated processes and is highly associated with human diseases. Mechanism studies of the crosstalk have been of the ...Ubiquitination-dependent histone crosstalk plays critical roles in chromatin-associated processes and is highly associated with human diseases. Mechanism studies of the crosstalk have been of the central focus. Here our study on the crosstalk between H2BK34ub and Dot1L-catalyzed H3K79me suggests a novel mechanism of ubiquitination-induced nucleosome distortion to stimulate the activity of an enzyme. We determined the cryo-electron microscopy structures of Dot1L-H2BK34ub nucleosome complex and the H2BK34ub nucleosome alone. The structures reveal that H2BK34ub induces an almost identical orientation and binding pattern of Dot1L on nucleosome as H2BK120ub, which positions Dot1L for the productive conformation through direct ubiquitin-enzyme contacts. However, H2BK34-anchored ubiquitin does not directly interact with Dot1L as occurs in the case of H2BK120ub, but rather induces DNA and histone distortion around the modified site. Our findings establish the structural framework for understanding the H2BK34ub-H3K79me trans-crosstalk and highlight the diversity of mechanisms for histone ubiquitination to activate chromatin-modifying enzymes.
履歴
登録2022年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2022年9月7日-
現状2022年9月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33126.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Dot1L, H2BK34ub
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.435
最小 - 最大-1.9915264 - 4.573105
平均 (標準偏差)-0.00079379237 (±0.113690704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Dot1L, H2BK34ub

ファイルemd_33126_half_map_1.map
注釈Dot1L, H2BK34ub
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Dot1L, H2BK34ub

ファイルemd_33126_half_map_2.map
注釈Dot1L, H2BK34ub
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Dot1L(1-416) and H2BK34ub nucleosome

全体名称: Complex of Dot1L(1-416) and H2BK34ub nucleosome
要素
  • 複合体: Complex of Dot1L(1-416) and H2BK34ub nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
    • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
    • タンパク質・ペプチド: Histone domain-containing protein
    • DNA: DNA (146-MER)
    • DNA: DNA (146-MER)
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE

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超分子 #1: Complex of Dot1L(1-416) and H2BK34ub nucleosome

超分子名称: Complex of Dot1L(1-416) and H2BK34ub nucleosome / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
分子 #1: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.061849 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
AKRHRKVLRD NIQGITKPAI RRLARRGGVK RISGLIYEET RGVLKVFLEN VIRDAVTYTE HAKRKTVTAM DVVYALKRQG RTLYGFGG

+
分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.865871 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYS ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRND EELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPK

+
分子 #4: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.477994 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT KYTSA

+
分子 #5: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

分子名称: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: SAM / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone-lysine N-methyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.930039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: LELRLKSPVG AEPAVYPWPL PVYDKHHDAA HEIIETIRWV CEEIPDLKLA MENYVLIDYD TKSFESMQRL CDKYNRAIDS IHQLWKGTT QPMKLNTRPS TGLLRHILQQ VYNHSVTDPE KLNNYEPFSP EVYGETSFDL VAQMIDEIKM TDDDLFVDLG S GVGQVVLQ ...文字列:
LELRLKSPVG AEPAVYPWPL PVYDKHHDAA HEIIETIRWV CEEIPDLKLA MENYVLIDYD TKSFESMQRL CDKYNRAIDS IHQLWKGTT QPMKLNTRPS TGLLRHILQQ VYNHSVTDPE KLNNYEPFSP EVYGETSFDL VAQMIDEIKM TDDDLFVDLG S GVGQVVLQ VAAATNCKHH YGVEKADIPA KYAETMDREF RKWMKWYGKK HAEYTLERGD FLSEEWRERI ANTSVIFVNN FA FGPEVDH QLKERFANMK EGGRIVSSKP FAPLNFRINS RNLSDIGTIM RVVELSPLKG SVSWTGKPVS YYLHTIDRTI LEN YFSSLK NP

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分子 #6: Histone domain-containing protein

分子名称: Histone domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.615594 KDa
配列文字列:
KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DF(NLE)TDLRFQS SAVMALQEAS EAYLVALFED TNLCAI HAK RVTIMPKDIQ LARRIRGERA

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分子 #7: DNA (146-MER)

分子名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.825559 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DT)

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分子 #8: DNA (146-MER)

分子名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.305852 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)

+
分子 #9: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.56 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199459
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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