EMDB-32976: Cryo-EM structure of endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-32976

タイトル

Cryo-EM structure of endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex from S. cerevisiae

マップデータ

試料

複合体: endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Chen Y / Gao N

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural remodeling of the ribosome associated Hsp40-Hsp70 chaperones during co-translational folding
著者: Chen Y / Tsai B / Li N / Gao N

履歴

登録	2022年2月27日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年3月1日	-
マップ公開	2023年3月1日	-
更新	2023年3月1日	-
現状	2023年3月1日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_32976.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_32976.map.gz	292 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-32976-v30.xml emd-32976.xml	11.2 KB 11.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_32976.png	87.3 KB
その他	emd_32976_half_map_1.map.gz emd_32976_half_map_2.map.gz	258 MB 258 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32976 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32976	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_32976_validation.pdf.gz	976.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_32976_full_validation.pdf.gz	976.3 KB	表示
XML形式データ	emd_32976_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_32976_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32976 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32976	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	32990C 32975 C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_32976.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.06 Å/pix. x 440 pix. = 464.2 Å	1.06 Å/pix. x 440 pix. = 464.2 Å	1.06 Å/pix. x 440 pix. = 464.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.055 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.025
最小 - 最大	-0.023678701 - 0.089617826
平均 (標準偏差)	-0.00043057124 (±0.0066130706)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_32976_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_32976_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex

全体	名称: endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex
要素	複合体: endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex

-
超分子 #1: endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex

超分子	名称: endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
構造解析

手法	ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
染色	タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
凍結	凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD 最大デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12554
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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-全体 : endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex

-超分子 #1: endogenous 80S-RAC-eEF2-eIF5A-Stm1 complex

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