+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32868 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Local refinement of the SARS-CoV-2 BA.1 Spike trimer in complex with 55A8 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo H / Gao Y / Lu Y / Yang H / Ji X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Local refinement of the SARS-CoV-2 BA.1 Spike trimer in complex with 55A8 Fab 著者: Guo H / Gao Y / Lu Y / Yang H / Ji X | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32868.map.gz | 483.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-32868-v30.xml emd-32868.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32868.png | 43.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32868 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32868_validation.pdf.gz | 496.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_32868_full_validation.pdf.gz | 495.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32868_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32868_validation.cif.gz | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32868 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wwkMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Omicron spike RBD complex with 55A8 Fab
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron spike RBD complex with 55A8 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron spike RBD complex with 55A8 Fab
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron spike RBD complex with 55A8 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: RBD-Fab local refinement |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #2: Omicron spike RBD
超分子 | 名称: Omicron spike RBD / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 詳細: SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein receptor-binding domain |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: 55A8 Fab
超分子 | 名称: 55A8 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody |
---|
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.065934 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NLCPFDEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNLAP FFTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGNIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNKLD SKVSGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNKPCNG VAGFNCYFPL R SYSFRPTY ...文字列: NLCPFDEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNLAP FFTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGNIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNKLD SKVSGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNKPCNG VAGFNCYFPL R SYSFRPTY GVGHQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGP |
-分子 #2: 55A8 light chain
分子 | 名称: 55A8 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.868181 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYNSYSHTFG QGTKLEIKR |
-分子 #3: 55A8 light chain
分子 | 名称: 55A8 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.12665 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYSFIWVRQA PGQGLEWMGR IIPILGIANY AQKFQGRVTI TADKSTTTAY MELSSLRSE DTAVYYCARG TEYGDYDVSH DWGQGTLVTV SS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 181072 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |