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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3286 | |||||||||
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タイトル | Evidence for a conformational switch in Influenzavirus M1 and its role in filamentous virion architecture | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of inner membrane leaflet, M1 and attached densities at leading virion tips | |||||||||
試料 |
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キーワード | Influenza A virus / FLUAV / polymerase / M1 / crown / leading tip / trailing tip / filamentous | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 76.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kiss G / Abdulsattar BO / Phapugrangkul P / Birch K / Jones IM / Neuman BW | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Evidence for a conformational switch in Influenzavirus M1 and its role in filamentous virion architecture 著者: Kiss G / Abdulsattar BO / Phapugrangkul P / Birch K / Jones IM / Neuman BW | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3286.map.gz | 923.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3286-v30.xml emd-3286.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3286_fsc.xml | 2.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3286.png | 84.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3286 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3286 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3286_validation.pdf.gz | 225.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3286_full_validation.pdf.gz | 224.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3286_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3286 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3286 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of inner membrane leaflet, M1 and attached densities at leading virion tips | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner le...
全体 | 名称: Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner leaflet, M1 and internal crown |
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要素 |
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-超分子 #1000: Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner le...
超分子 | 名称: Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner leaflet, M1 and internal crown タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Compare to matched image of the opposite virion tip / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Influenza A virus
超分子 | 名称: Influenza A virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Influenza virus 詳細: Reconstruction of the inner layer of the viral envelope and attached densities likely representing polymerase molecules from native virions of mixed A/Aichi/X31 and A/Udorn strains. Map is ...詳細: Reconstruction of the inner layer of the viral envelope and attached densities likely representing polymerase molecules from native virions of mixed A/Aichi/X31 and A/Udorn strains. Map is Gaussian filtered to 7.6 nm the 0.5 FSC. Reconstructed in EMAN2. NCBI-ID: 11320 / 生物種: Influenza A virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Influenza virus |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Combined A/Aichi/2/68 and A/Udorn/307/72 / 別称: VERTEBRATES |
Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: MDCK |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: M1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Details for EM and reconstruction published in Calder et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Jun 8; 107(23): 10685 to 10690. 手法: Blotted 4s before plunging |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | OTHER |
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日付 | 2010年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 50 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |