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万見
- EMDB-3286: Evidence for a conformational switch in Influenzavirus M1 and its... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3286
タイトルEvidence for a conformational switch in Influenzavirus M1 and its role in filamentous virion architecture
マップデータReconstruction of inner membrane leaflet, M1 and attached densities at leading virion tips
試料
  • 試料: Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner leaflet, M1 and internal crown
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
キーワードInfluenza A virus / FLUAV / polymerase / M1 / crown / leading tip / trailing tip / filamentous
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 76.0 Å
データ登録者Kiss G / Abdulsattar BO / Phapugrangkul P / Birch K / Jones IM / Neuman BW
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evidence for a conformational switch in Influenzavirus M1 and its role in filamentous virion architecture
著者: Kiss G / Abdulsattar BO / Phapugrangkul P / Birch K / Jones IM / Neuman BW
履歴
登録2015年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月12日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3286.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of inner membrane leaflet, M1 and attached densities at leading virion tips
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10 Å/pix.
x 64 pix.
= 640. Å		10 Å/pix.
x 64 pix.
= 640. Å		10 Å/pix.
x 64 pix.
= 640. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.52 / ムービー #1: 0.52
最小 - 最大-3.09326649 - 3.06961107
平均 (標準偏差)0.00004166 (±0.28897005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 640.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z101010
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z640.000640.000640.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-3.0933.0700.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner le...

全体名称: Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner leaflet, M1 and internal crown
要素
  • 試料: Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner leaflet, M1 and internal crown
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #1000: Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner le...

超分子名称: Leading tip of filamentous Influenza A virions including inner leaflet, M1 and internal crown
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Compare to matched image of the opposite virion tip / Number unique components: 1

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超分子 #1: Influenza A virus

超分子名称: Influenza A virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Influenza virus
詳細: Reconstruction of the inner layer of the viral envelope and attached densities likely representing polymerase molecules from native virions of mixed A/Aichi/X31 and A/Udorn strains. Map is ...詳細: Reconstruction of the inner layer of the viral envelope and attached densities likely representing polymerase molecules from native virions of mixed A/Aichi/X31 and A/Udorn strains. Map is Gaussian filtered to 7.6 nm the 0.5 FSC. Reconstructed in EMAN2.
NCBI-ID: 11320 / 生物種: Influenza A virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Influenza virus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Combined A/Aichi/2/68 and A/Udorn/307/72 / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: MDCK
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: M1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Details for EM and reconstruction published in Calder et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Jun 8; 107(23): 10685 to 10690.
手法: Blotted 4s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
日付2010年1月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 50 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Subtomograms were manually selected. Alignments and cropping of the region of interest was done interactively with EMAN2.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 76.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC, IMOD, IVE / 使用したサブトモグラム数: 23
最終 3次元分類クラス数: 2
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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