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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32825 | |||||||||
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タイトル | Negative stain volume of the mono-GlcNAc-decorated SARS-CoV-2 Spike | |||||||||
マップデータ | negative stain volume of the mono-GlcNAc-decorated SARS-CoV-2 Spike | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen X / Huang H-Y | |||||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022 タイトル: Vaccination with SARS-CoV-2 spike protein lacking glycan shields elicits enhanced protective responses in animal models. 著者: Han-Yi Huang / Hsin-Yu Liao / Xiaorui Chen / Szu-Wen Wang / Cheng-Wei Cheng / Md Shahed-Al-Mahmud / Yo-Min Liu / Arpita Mohapatra / Ting-Hua Chen / Jennifer M Lo / Yi-Min Wu / Hsiu-Hua Ma / ...著者: Han-Yi Huang / Hsin-Yu Liao / Xiaorui Chen / Szu-Wen Wang / Cheng-Wei Cheng / Md Shahed-Al-Mahmud / Yo-Min Liu / Arpita Mohapatra / Ting-Hua Chen / Jennifer M Lo / Yi-Min Wu / Hsiu-Hua Ma / Yi-Hsuan Chang / Ho-Yang Tsai / Yu-Chi Chou / Yi-Ping Hsueh / Ching-Yen Tsai / Pau-Yi Huang / Sui-Yuan Chang / Tai-Ling Chao / Han-Chieh Kao / Ya-Min Tsai / Yen-Hui Chen / Chung-Yi Wu / Jia-Tsrong Jan / Ting-Jen Rachel Cheng / Kuo-I Lin / Che Ma / Chi-Huey Wong / 要旨: A major challenge to end the pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is to develop a broadly protective vaccine that elicits long-term immunity. As the key ...A major challenge to end the pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is to develop a broadly protective vaccine that elicits long-term immunity. As the key immunogen, the viral surface spike (S) protein is frequently mutated, and conserved epitopes are shielded by glycans. Here, we revealed that S protein glycosylation has site-differential effects on viral infectivity. We found that S protein generated by lung epithelial cells has glycoforms associated with increased infectivity. Compared to the fully glycosylated S protein, immunization of S protein with N-glycans trimmed to the mono-GlcNAc-decorated state (S) elicited stronger immune responses and better protection for human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) transgenic mice against variants of concern (VOCs). In addition, a broadly neutralizing monoclonal antibody was identified from S-immunized mice that could neutralize wild-type SARS-CoV-2 and VOCs with subpicomolar potency. Together, these results demonstrate that removal of glycan shields to better expose the conserved sequences has the potential to be an effective and simple approach for developing a broadly protective SARS-CoV-2 vaccine. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32825.map.gz | 4.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32825-v30.xml emd-32825.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32825.png | 40.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32825 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32825_validation.pdf.gz | 352.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32825_full_validation.pdf.gz | 352.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32825_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32825_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32825 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | negative stain volume of the mono-GlcNAc-decorated SARS-CoV-2 Spike | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293 |
分子量 | 実験値: 430 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate / 詳細: 1% |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |