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万見
- EMDB-32725: Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32725
タイトルMouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin and PI(4,5)P2
マップデータnanodisc-ca-icilin-pip2
試料
  • 複合体: Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin and PI(4,5)P2
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: Icilin
キーワードTRPM8 / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / thermoception / response to temperature stimulus / monoatomic ion channel activity / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport ...ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / thermoception / response to temperature stimulus / monoatomic ion channel activity / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / positive regulation of cold-induced thermogenesis / membrane raft / external side of plasma membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Zhao C / Xie Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0908501 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0508100 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures of a mammalian TRPM8 in closed state.
著者: Cheng Zhao / Yuan Xie / Lizhen Xu / Fan Ye / Ximing Xu / Wei Yang / Fan Yang / Jiangtao Guo /
要旨: Transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is a Ca-permeable non-selective cation channel that acts as the primary cold sensor in humans. TRPM8 is also activated by ligands such as ...Transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is a Ca-permeable non-selective cation channel that acts as the primary cold sensor in humans. TRPM8 is also activated by ligands such as menthol, icilin, and phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP), and desensitized by Ca. Here we have determined electron cryo-microscopy structures of mouse TRPM8 in the absence of ligand, and in the presence of Ca and icilin at 2.5-3.2 Å resolution. The ligand-free state TRPM8 structure represents the full-length structure of mammalian TRPM8 channels with a canonical S4-S5 linker and the clearly resolved selectivity filter and outer pore loop. TRPM8 has a short but wide selectivity filter which may account for its permeability to hydrated Ca. Ca and icilin bind in the cytosolic-facing cavity of the voltage-sensing-like domain of TRPM8 but induce little conformational change. All the ligand-bound TRPM8 structures adopt the same closed conformation as the ligand-free structure. This study reveals the overall architecture of mouse TRPM8 and the structural basis for its ligand recognition.
履歴
登録2022年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32725.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈nanodisc-ca-icilin-pip2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 250 pix.
= 253.5 Å		1.01 Å/pix.
x 250 pix.
= 253.5 Å		1.01 Å/pix.
x 250 pix.
= 253.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.045785587 - 0.087922275
平均 (標準偏差)-0.0000086242535 (±0.003496276)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 253.50002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin...

全体名称: Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin and PI(4,5)P2
要素
  • 複合体: Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin and PI(4,5)P2
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: Icilin

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超分子 #1: Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin...

超分子名称: Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin and PI(4,5)P2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 129.542227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSFEGARLSM RSRRNGTMGS TRTLYSSVSR STDVSYSDSD LVNFIQANFK KRECVFFTRD SKAMENICKC GYAQSQHIEG TQINQNEKW NYKKHTKEFP TDAFGDIQFE TLGKKGKYLR LSCDTDSETL YELLTQHWHL KTPNLVISVT GGAKNFALKP R MRKIFSRL ...文字列:
MSFEGARLSM RSRRNGTMGS TRTLYSSVSR STDVSYSDSD LVNFIQANFK KRECVFFTRD SKAMENICKC GYAQSQHIEG TQINQNEKW NYKKHTKEFP TDAFGDIQFE TLGKKGKYLR LSCDTDSETL YELLTQHWHL KTPNLVISVT GGAKNFALKP R MRKIFSRL IYIAQSKGAW ILTGGTHYGL MKYIGEVVRD NTISRNSEEN IVAIGIAAWG MVSNRDTLIR SCDDEGHFSA QY IMDDFTR DPLYILDNNH THLLLVDNGC HGHPTVEAKL RNQLEKYISE RTSQDSNYGG KIPIVCFAQG GGRETLKAIN TSV KSKIPC VVVEGSGQIA DVIASLVEVE DVLTSSMVKE KLVRFLPRTV SRLPEEEIES WIKWLKEILE SSHLLTVIKM EEAG DEIVS NAISYALYKA FSTNEQDKDN WNGQLKLLLE WNQLDLASDE IFTNDRRWES ADLQEVMFTA LIKDRPKFVR LFLEN GLNL QKFLTNEVLT ELFSTHFSTL VYRNLQIAKN SYNDALLTFV WKLVANFRRS FWKEDRSSRE DLDVELHDAS LTTRHP LQA LFIWAILQNK KELSKVIWEQ TKGCTLAALG ASKLLKTLAK VKNDINAAGE SEELANEYET RAVELFTECY SNDEDLA EQ LLVYSCEAWG GSNCLELAVE ATDQHFIAQP GVQNFLSKQW YGEISRDTKN WKIILCLFII PLVGCGLVSF RKKPIDKH K KLLWYYVAFF TSPFVVFSWN VVFYIAFLLL FAYVLLMDFH SVPHTPELIL YALVFVLFCD EVRQWYMNGV NYFTDLWNV MDTLGLFYFI AGIVFRLHSS NKSSLYSGRV IFCLDYIIFT LRLIHIFTVS RNLGPKIIML QRMLIDVFFF LFLFAVWMVA FGVARQGIL RQNEQRWRWI FRSVIYEPYL AMFGQVPSDV DSTTYDFSHC TFSGNESKPL CVELDEHNLP RFPEWITIPL V CIYMLSTN ILLVNLLVAM FGYTVGIVQE NNDQVWKFQR YFLVQEYCNR LNIPFPFVVF AYFYMVVKKC FKCCCKEKNM ES NACCFRN EDNETLAWEG VMKENYLVKI NTKANDNSEE MRHRFRQLDS KLNDLKSLLK EIANNIKLEG GSSGGWSHPQ FEK

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: Icilin

分子名称: Icilin / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: KX7
分子量理論値: 311.292 Da
Chemical component information

ChemComp-KX7:
Icilin / アゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62791
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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