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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | EV71 VLP maps embedded in crystalline ice | |||||||||
![]() | The EM map of EV71 VLP from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via Titan Krios by K2 camera | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Zhang X / Shi H / Wu C | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Addressing compressive deformation of proteins embedded in crystalline ice. 著者: Huigang Shi / Chunling Wu / Xinzheng Zhang / ![]() 要旨: For cryoelectron microscopy (cryo-EM), high cooling rates have been required for preparation of protein samples to vitrify the surrounding water and avoid formation of damaging crystalline ice. ...For cryoelectron microscopy (cryo-EM), high cooling rates have been required for preparation of protein samples to vitrify the surrounding water and avoid formation of damaging crystalline ice. Whether and how crystalline ice affects single-particle cryo-EM is still unclear. Here, single-particle cryo-EM was used to analyze three-dimensional structures of various proteins and viruses embedded in crystalline ice formed at various cooling rates. Low cooling rates led to shrinkage deformation and density distortions on samples having loose structures. Higher cooling rates reduced deformations. Deformation-free proteins in crystalline ice were obtained by modifying the freezing conditions, and reconstructions from these samples revealed a marked improvement over vitreous ice. This procedure also increased the efficiency of cryo-EM structure determinations and was essential for high-resolution reconstructions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 264 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 158 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 421.9 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 476.4 MB 388.9 MB 393.5 MB 395.5 MB 337.8 MB 337.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hi2MC ![]() 8bqnC ![]() 8ew0C ![]() 8ew2C ![]() 8f49C ![]() 8f7yC ![]() 8hhsC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | The EM map of EV71 VLP from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via Titan Krios by K2 camera | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at...
ファイル | emd_32709_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at -60 degree collected via Titan Kcrios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at...
ファイル | emd_32709_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at -100 degree collected via Titan Kcrios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at...
ファイル | emd_32709_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at -140 degree collected via FEI Arctica by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EV71 VLP map from standard freezing datasets collected...
ファイル | emd_32709_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | EV71 VLP map from standard freezing datasets collected via Titan Krios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The half map of EV71 VLP from crystal-embedded...
ファイル | emd_32709_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The half map of EV71 VLP from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via Titan Krios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The half map of EV71 VLP from crystal-embedded...
ファイル | emd_32709_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The half map of EV71 VLP from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via Titan Krios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Enterovirus A71
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Enterovirus A71
超分子 | 名称: Enterovirus A71 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Enterovirus A71 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROCOMPLEX / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-実験情報
-構造解析
![]() | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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糖包埋 | 材質: crystalline ice |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |