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- EMDB-32634: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis MmpL3 complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32634
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis MmpL3 complexed with ST004 in lipid nanodiscs
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycolic acid transporter MmpL3
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose monomycolate exporter MmpL3
  • リガンド: N-[2-(2-adamantylamino)ethyl]-1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-5-(4-chlorophenyl)-4-methyl-pyrazole-3-carboxamide
キーワードdrug target / novel compound / Mycobacterium tuberculosis / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell wall biogenesis / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell wall biogenesis / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cardiolipin binding / cell septum / phospholipid transport / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Zhang B / Hu T
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772204 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171217 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure-based design of anti-mycobacterial drug leads that target the mycolic acid transporter MmpL3.
著者: Tianyu Hu / Xiaolin Yang / Fengjiang Liu / Shan Sun / Zhiqi Xiong / Jingxi Liang / Xiaobao Yang / Haofeng Wang / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Haitao Yang / Zihe Rao / Bing Zhang /
要旨: New anti-tubercular agents are urgently needed to address the emerging threat of drug resistance to human tuberculosis. Here, we have used structure-assisted methods to develop compounds that target ...New anti-tubercular agents are urgently needed to address the emerging threat of drug resistance to human tuberculosis. Here, we have used structure-assisted methods to develop compounds that target mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3). MmpL3 is essential for the transport of mycolic acids, an important cell-wall component of mycobacteria. We prepared compounds that potently inhibit the growth of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) and other mycobacteria in cell culture. The cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of mycobacterial MmpL3 in complex with one of these compounds (ST004) was determined using lipid nanodiscs at an overall resolution of 3.36 Å. The structure reveals the binding mode of ST004 to MmpL3, with the S4 and S5 subsites of the inhibitor-binding pocket in the proton translocation channel playing vital roles. These data are a promising starting point for the development of anti-tuberculosis drugs that target MmpL3.
履歴
登録2022年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.3123534 - 2.1235495
平均 (標準偏差)0.00195914 (±0.082918465)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycolic acid transporter MmpL3

全体名称: Mycolic acid transporter MmpL3
要素
  • 複合体: Mycolic acid transporter MmpL3
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose monomycolate exporter MmpL3
  • リガンド: N-[2-(2-adamantylamino)ethyl]-1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-5-(4-chlorophenyl)-4-methyl-pyrazole-3-carboxamide

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超分子 #1: Mycolic acid transporter MmpL3

超分子名称: Mycolic acid transporter MmpL3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

分子名称: Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155
分子量理論値: 110.056781 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: FQSNAMFAWW GRTVYQFRYI VIGVMVALCL GGGVYGISLG NHVTQSGFYD EGSQSVAASL IGDEVYGRDR TSHVVAILTP PDDKKVTDK AWQKKVTEEL DQVVKDHEDQ IVGWVGWLKA PDTTDPTVSA MKTQDLRHTF ISIPLQGDDD DEILKNYQVV E PELQQVNG ...文字列:
FQSNAMFAWW GRTVYQFRYI VIGVMVALCL GGGVYGISLG NHVTQSGFYD EGSQSVAASL IGDEVYGRDR TSHVVAILTP PDDKKVTDK AWQKKVTEEL DQVVKDHEDQ IVGWVGWLKA PDTTDPTVSA MKTQDLRHTF ISIPLQGDDD DEILKNYQVV E PELQQVNG GDIRLAGLNP LASELTGTIG EDQKRAEVAA IPLVAVVLFF VFGTVIAAAL PAIIGGLAIA GALGIMRLVA EF TPVHFFA QPVVTLIGLG IAIDYGLFIV SRFREEIAEG YDTEAAVRRT VMTSGRTVVF SAVIIVASSV PLLLFPQGFL KSI TYAIIA SVMLAAILSI TVLAAALAIL GPRVDALGVT TLLKIPFLAN WQFSRRIIDW FAEKTQKTKT REEVERGFWG RLVN VVMKR PIAFAAPILV VMVLLIIPLG QLSLGGISEK YLPPDNAVRQ SQEQFDKLFP GFRTEPLTLV MKREDGEPIT DAQIA DMRA KALTVSGFTD PDNDPEKMWK ERPANDSGSK DPSVRVIQNG LENRNDAAKK IDELRALQPP HGIEVFVGGT PALEQD SIH SLFDKLPLMA LILIVTTTVL MFLAFGSVVL PIKAALMSAL TLGSTMGILT WMFVDGHGSG LMNYTPQPLM APMIGLI IA VIWGLSTDYE VFLVSRMVEA RERGMSTAEA IRIGTATTGR LITGAALILA VVAGAFVFSD LVMMKYLAFG LLIALLLD A TIIRMFLVPA VMKLLGDDCW WAPRWMKRVQ EKLGLGETEL PDERKRPTVR ESETDQRALV GVGAPPPPPR PHDPTHPAP EPVRPMPPMR SNAPSAAGTA RISTPPQPPQ PPQAPAQQAG DEPATTRFAM ARNAVRNAVN SAVHGGAGSA AAPTERAPRP GGPAQPPAP PQREEREIES WLGALRGPAP AKNVPQPPAQ PQRPSTDTTR AMPPQGRPPA GPADRGNENA PTTAFSAQRP P NGGAPADA TTAIPTPPQR EQEPSTEKLN TREDAPEDPE TKRRGGGMSA QDLLRREGRL

UniProtKB: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

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分子 #2: N-[2-(2-adamantylamino)ethyl]-1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-5-(4-c...

分子名称: N-[2-(2-adamantylamino)ethyl]-1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-5-(4-chlorophenyl)-4-methyl-pyrazole-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: 1I2
分子量理論値: 525.032 Da
Chemical component information

ChemComp-1I2:
N-[2-(2-adamantylamino)ethyl]-1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-5-(4-chlorophenyl)-4-methyl-pyrazole-3-carboxamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ajf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 352885
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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