+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32557 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 Omicron S-open | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Li JW / Cong Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Molecular basis of receptor binding and antibody neutralization of Omicron. 著者: Qin Hong / Wenyu Han / Jiawei Li / Shiqi Xu / Yifan Wang / Cong Xu / Zuyang Li / Yanxing Wang / Chao Zhang / Zhong Huang / Yao Cong / 要旨: The SARS-CoV-2 Omicron variant exhibits striking immune evasion and is spreading rapidly worldwide. Understanding the structural basis of the high transmissibility and enhanced immune evasion of ...The SARS-CoV-2 Omicron variant exhibits striking immune evasion and is spreading rapidly worldwide. Understanding the structural basis of the high transmissibility and enhanced immune evasion of Omicron is of high importance. Here, using cryo-electron microscopy, we present both the closed and the open states of the Omicron spike (S) protein, which appear more compact than the counterparts of the G614 strain, potentially related to enhanced inter-protomer and S1-S2 interactions induced by Omicron residue substitution. The closed state showing dominant population may indicate a conformational masking mechanism for the immune evasion of Omicron. Moreover, we captured three states for the Omicron S-ACE2 complex, revealing that the substitutions on the Omicron RBM result in new salt bridges and hydrogen bonds, more favourable electrostatic surface properties, and an overall strengthened S-ACE2 interaction, in line with the observed higher ACE2 affinity of Omicron S than of G614. Furthermore, we determined the structures of Omicron S in complex with the Fab of S3H3, an antibody that is able to cross-neutralize major variants of concern including Omicron, elucidating the structural basis for S3H3-mediated broad-spectrum neutralization. Our findings shed light on the receptor engagement and antibody neutralization or evasion of Omicron and may also inform the design of broadly effective vaccines against SARS-CoV-2. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32557.map.gz | 164.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-32557-v30.xml emd-32557.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32557.png | 22.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32557 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32557 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32557_validation.pdf.gz | 322.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_32557_full_validation.pdf.gz | 322.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32557_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32557_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32557 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32557 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wk3MC 7wk2C 7wk4C 7wk5C 7wk6C 7wk8C 7wk9C 7wkaC 7wvnC 7wvoC 7wvpC 7wvqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.093 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Omicron varient
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron varient |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron varient
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron varient / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike protein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #3: Omicron S-open
超分子 | 名称: Omicron S-open / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
---|
-超分子 #4: Omicron S-open
超分子 | 名称: Omicron S-open / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #5: Omicron S-open
超分子 | 名称: Omicron S-open / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 133.911969 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ PFLMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPIIVR EPEDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LA LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NLAPFFTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GDEVR QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGV AGFN CYFPLRSYSF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLK GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHGSAS SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSFIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFKGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGA ALQIPFAMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTA SALGKLQDVV NHNAQALNTL V KQLSSKFG AISSVLNDIF SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69873 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |