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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32548 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Transposase IS605, OrfB, C-terminal / Putative transposase DNA-binding domain / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / CRISPR-associated endodeoxyribonuclease Cas12f1 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Acidibacillus sulfuroxidans (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wu Z / Liu D / Shen H / Ji Q | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure-directed functional evolution of the miniature CRISPR-AsCas12f1 system 著者: Wu Z / Liu D / Pan D / Shen H / Ji Q | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32548.map.gz | 49.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32548-v30.xml emd-32548.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32548.png | 81.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32548 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32548 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wjuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32548.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0773 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex
全体 | 名称: AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex |
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要素 |
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-超分子 #1: AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex
超分子 | 名称: AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Acidibacillus sulfuroxidans (バクテリア) |
-超分子 #2: AsCas12f1
超分子 | 名称: AsCas12f1 / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-超分子 #3: sgRNA1
超分子 | 名称: sgRNA1 / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-超分子 #4: dsDNA
超分子 | 名称: dsDNA / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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-分子 #1: OrfB_Zn_ribbon domain-containing protein
分子 | 名称: OrfB_Zn_ribbon domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Acidibacillus sulfuroxidans (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 48.719742 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIKVYRYEIV KPLDLDWKEF GTILRQLQQE TRFALNKATQ LAWEWMGFSS DYKDNHGEYP KSKDILGYTN VHGYAYHTIK TKAYRLNSG NLSQTIKRAT DRFKAYQKEI LRGDMSIPSY KRDIPLDLIK ENISVNRMNH GDYIASLSLL SNPAKQEMNV K RKISVIII ...文字列: MIKVYRYEIV KPLDLDWKEF GTILRQLQQE TRFALNKATQ LAWEWMGFSS DYKDNHGEYP KSKDILGYTN VHGYAYHTIK TKAYRLNSG NLSQTIKRAT DRFKAYQKEI LRGDMSIPSY KRDIPLDLIK ENISVNRMNH GDYIASLSLL SNPAKQEMNV K RKISVIII VRGAGKTIMD RILSGEYQVS ASQIIHDDRK NKWYLNISYD FEPQTRVLDL NKIMGIALGV AVAVYMAFQH TP ARYKLEG GEIENFRRQV ESRRISMLRQ GKYAGGARGG HGRDKRIKPI EQLRDKIANF RDTTNHRYSR YIVDMAIKEG CGT IQMEDL TNIRDIGSRF LQNWTYYDLQ QKIIYKAEEA GIKVIKIDPQ YTSQRCSECG NIDSGNRIGQ AIFKCRACGY EANA DYNAA RNIAIPNIDK IIAESIK |
-分子 #2: sgRNAv1
分子 | 名称: sgRNAv1 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 61.643578 KDa |
配列 | 文字列: AUUCGUCGGU UCAGCGACGA UAAGCCGAGA AGUGCCAAUA AAACUGUUAA GUGGUUUGGU AACGCUCGGU AAGGUAGCCA AAAGGCUGA AACUCCGUGC ACAAAGACCG CACGGACGCU UCACAUAUAG CUCAUAAACA AGGGUUUGCG AGCUAGCUUG U GGAGUGUG ...文字列: AUUCGUCGGU UCAGCGACGA UAAGCCGAGA AGUGCCAAUA AAACUGUUAA GUGGUUUGGU AACGCUCGGU AAGGUAGCCA AAAGGCUGA AACUCCGUGC ACAAAGACCG CACGGACGCU UCACAUAUAG CUCAUAAACA AGGGUUUGCG AGCUAGCUUG U GGAGUGUG AACCUGGCGU UUUUCCAUAG GCU |
-分子 #3: Target strand
分子 | 名称: Target strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.260985 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC) |
-分子 #4: Non-target strand
分子 | 名称: Non-target strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 1.840227 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1770878 |