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- EMDB-32548: Cryo-EM structure of the AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32548
タイトルCryo-EM structure of the AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex
    • 複合体: AsCas12f1
      • タンパク質・ペプチド: OrfB_Zn_ribbon domain-containing protein
    • 複合体: sgRNA1
      • RNA: sgRNAv1
    • 複合体: dsDNA
      • DNA: Target strand
      • DNA: Non-target strand
キーワードCRISPR / targeting / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性Transposase IS605, OrfB, C-terminal / Putative transposase DNA-binding domain / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / CRISPR-associated endodeoxyribonuclease Cas12f1
機能・相同性情報
生物種Acidibacillus sulfuroxidans (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Wu Z / Liu D
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21922705 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753127 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2207783 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-directed functional evolution of the miniature CRISPR-AsCas12f1 system
著者: Wu Z / Liu D / Pan D / Shen H / Ji Q
履歴
登録2022年1月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32548.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32548.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0773 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.73
最小 - 最大-8.898664 - 13.899388999999999
平均 (標準偏差)-0.0006669837 (±0.24316305)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 258.552 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex

全体名称: AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex
要素
  • 複合体: AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex
    • 複合体: AsCas12f1
      • タンパク質・ペプチド: OrfB_Zn_ribbon domain-containing protein
    • 複合体: sgRNA1
      • RNA: sgRNAv1
    • 複合体: dsDNA
      • DNA: Target strand
      • DNA: Non-target strand

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超分子 #1: AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex

超分子名称: AsCas12f1-sgRNAv1-dsDNA ternary complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Acidibacillus sulfuroxidans (バクテリア)

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超分子 #2: AsCas12f1

超分子名称: AsCas12f1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #3: sgRNA1

超分子名称: sgRNA1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #4: dsDNA

超分子名称: dsDNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4

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分子 #1: OrfB_Zn_ribbon domain-containing protein

分子名称: OrfB_Zn_ribbon domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acidibacillus sulfuroxidans (バクテリア)
分子量理論値: 48.719742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIKVYRYEIV KPLDLDWKEF GTILRQLQQE TRFALNKATQ LAWEWMGFSS DYKDNHGEYP KSKDILGYTN VHGYAYHTIK TKAYRLNSG NLSQTIKRAT DRFKAYQKEI LRGDMSIPSY KRDIPLDLIK ENISVNRMNH GDYIASLSLL SNPAKQEMNV K RKISVIII ...文字列:
MIKVYRYEIV KPLDLDWKEF GTILRQLQQE TRFALNKATQ LAWEWMGFSS DYKDNHGEYP KSKDILGYTN VHGYAYHTIK TKAYRLNSG NLSQTIKRAT DRFKAYQKEI LRGDMSIPSY KRDIPLDLIK ENISVNRMNH GDYIASLSLL SNPAKQEMNV K RKISVIII VRGAGKTIMD RILSGEYQVS ASQIIHDDRK NKWYLNISYD FEPQTRVLDL NKIMGIALGV AVAVYMAFQH TP ARYKLEG GEIENFRRQV ESRRISMLRQ GKYAGGARGG HGRDKRIKPI EQLRDKIANF RDTTNHRYSR YIVDMAIKEG CGT IQMEDL TNIRDIGSRF LQNWTYYDLQ QKIIYKAEEA GIKVIKIDPQ YTSQRCSECG NIDSGNRIGQ AIFKCRACGY EANA DYNAA RNIAIPNIDK IIAESIK

UniProtKB: CRISPR-associated endodeoxyribonuclease Cas12f1

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分子 #2: sgRNAv1

分子名称: sgRNAv1 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 61.643578 KDa
配列文字列: AUUCGUCGGU UCAGCGACGA UAAGCCGAGA AGUGCCAAUA AAACUGUUAA GUGGUUUGGU AACGCUCGGU AAGGUAGCCA AAAGGCUGA AACUCCGUGC ACAAAGACCG CACGGACGCU UCACAUAUAG CUCAUAAACA AGGGUUUGCG AGCUAGCUUG U GGAGUGUG ...文字列:
AUUCGUCGGU UCAGCGACGA UAAGCCGAGA AGUGCCAAUA AAACUGUUAA GUGGUUUGGU AACGCUCGGU AAGGUAGCCA AAAGGCUGA AACUCCGUGC ACAAAGACCG CACGGACGCU UCACAUAUAG CUCAUAAACA AGGGUUUGCG AGCUAGCUUG U GGAGUGUG AACCUGGCGU UUUUCCAUAG GCU

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分子 #3: Target strand

分子名称: Target strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.260985 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)

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分子 #4: Non-target strand

分子名称: Non-target strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.840227 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1770878
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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