[日本語] English
万見
- EMDB-32544: Architecture of the human NALCN channelosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32544
タイトルArchitecture of the human NALCN channelosome
マップデータOverall map
試料
  • 複合体: NALCN channelosome
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-80 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-79 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: Sodium leak channel non-selective protein,Extended tegument protein pp150
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein FAM155A
キーワードion channel / channelosome / NALCN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation homeostasis / stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / viral tegument / cation channel complex / sodium channel activity / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation ...monoatomic cation homeostasis / stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / viral tegument / cation channel complex / sodium channel activity / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / voltage-gated sodium channel activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / monoatomic ion channel complex / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / organelle localization by membrane tethering / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / regulation of cardiac muscle cell action potential / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / protein phosphatase activator activity / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Uptake and function of anthrax toxins / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / catalytic complex / DARPP-32 events / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Smooth Muscle Contraction / calcium channel inhibitor activity / RHO GTPases activate IQGAPs / cellular response to interferon-beta / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Protein methylation / monoatomic cation channel activity / eNOS activation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / positive regulation of protein dephosphorylation / Ion homeostasis / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of calcium-mediated signaling / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / titin binding / positive regulation of protein autophosphorylation / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / sperm midpiece / calcium channel complex / substantia nigra development / adenylate cyclase activator activity / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of heart rate / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / bioluminescence / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / regulation of cytokinesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / VEGFR2 mediated cell proliferation / generation of precursor metabolites and energy / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / calcium ion transmembrane transport / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RAF activation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / spindle microtubule / Stimuli-sensing channels / spindle pole
類似検索 - 分子機能
Protein UNC80, C-terminal / Cation-channel complex subunit UNC-79 / Protein UNC80 C-terminal region / UNC79 / Cation channel complex component UNC80, N-terminal / Protein UNC80, central region / UNC80 N-terminal / Protein UNC80 central region / Sodium leak channel NALCN / Herpesvirus UL11/UL32 ...Protein UNC80, C-terminal / Cation-channel complex subunit UNC-79 / Protein UNC80 C-terminal region / UNC79 / Cation channel complex component UNC80, N-terminal / Protein UNC80, central region / UNC80 N-terminal / Protein UNC80 central region / Sodium leak channel NALCN / Herpesvirus UL11/UL32 / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Extended tegument protein pp150 / NALCN channel auxiliary factor 1 / Calmodulin-1 / Sodium leak channel NALCN / Protein unc-80 homolog / Protein unc-79 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Wu JP / Yan Z
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Architecture of the human NALCN channelosome.
著者: Lunni Zhou / Haobin Liu / Qingqing Zhao / Jianping Wu / Zhen Yan /
要旨: NALCN regulates the resting membrane potential by mediating the Na leak current in neurons, and it functions as a channelosome in complex with FAM155A, UNC79, and UNC80. Dysfunction of the NALCN ...NALCN regulates the resting membrane potential by mediating the Na leak current in neurons, and it functions as a channelosome in complex with FAM155A, UNC79, and UNC80. Dysfunction of the NALCN channelosome causes a broad range of neurological and developmental diseases called NALCN channelopathies in humans. How the auxiliary subunits, especially the two large components UNC79 and UNC80, assemble with NALCN and regulate its function remains unclear. Here we report an overall architecture of the human NALCN channelosome. UNC79 and UNC80 each adopt an S-shape super-helical structure consisting of HEAT and armadillo repeats, forming a super-coiled heterodimeric assembly in the cytoplasmic side, which may provide a scaffold for the binding of other potential modulators of the channelosome. The UNC79-UNC80 assembly specifically associates with the NALCN-FAM155A subcomplex through the intracellular II-III linker of NALCN. Disruptions of the interaction interfaces between UNC79 and UNC80, and between the II-III linker of NALCN and the UNC79-UNC80 assembly, significantly reduce the NALCN-mediated currents in HEK293T system, suggesting the importance of the UNC79-UNC80 assembly in regulating channelosome function. Cross-linking mass spectrometry analysis identified an additional calmodulin (CaM) bound in the carboxyl-terminal domain of NALCN. Our study thus provides a structural basis for understanding the unique assembly mechanism and functional regulation of the NALCN channelosome, and also provides an opportunity for the interpretation of many disease-related mutations in UNC80.
履歴
登録2022年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_32544.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32544.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Overall map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.0551169 - 1.947338
平均 (標準偏差)-0.0010802363 (±0.036794893)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 556.544 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: Local map of UNC79 N-ter with UNC80 C-ter

ファイルemd_32544_additional_1.map
注釈Local map of UNC79 N-ter with UNC80 C-ter
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half2 map of the overall map

ファイルemd_32544_half_map_1.map
注釈Half2 map of the overall map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half1 map of the overall map

ファイルemd_32544_half_map_2.map
注釈Half1 map of the overall map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : NALCN channelosome

全体名称: NALCN channelosome
要素
  • 複合体: NALCN channelosome
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-80 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-79 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: Sodium leak channel non-selective protein,Extended tegument protein pp150
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein FAM155A

-
超分子 #1: NALCN channelosome

超分子名称: NALCN channelosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80-CaM
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 900 KDa

-
分子 #1: Protein unc-80 homolog

分子名称: Protein unc-80 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 363.856188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVKRKSSEGQ EQDGGRGIPL PIQTFLWRQT SAFLRPKLGK QYEASCVSFE RVLVENKLHG LSPALSEAIQ SISRWELVQA ALPHVLHCT ATLLSNRNKL GHQDKLGVAE TKLLHTLHWM LLEAPQDCNN ERFGGTDRGS SWGGSSSAFI HQVENQGSPG Q PCQSSSND ...文字列:
MVKRKSSEGQ EQDGGRGIPL PIQTFLWRQT SAFLRPKLGK QYEASCVSFE RVLVENKLHG LSPALSEAIQ SISRWELVQA ALPHVLHCT ATLLSNRNKL GHQDKLGVAE TKLLHTLHWM LLEAPQDCNN ERFGGTDRGS SWGGSSSAFI HQVENQGSPG Q PCQSSSND EEENNRRKIF QNSMATVELF VFLFAPLVHR IKESDLTFRL ASGLVIWQPM WEHRQPGVSG FTALVKPIRN II TAKRSSP INSQSRTCES PNQDARHLEG LQVVCETFQS DSISPKATIS GCHRGNSFDG SLSSQTSQER GPSHSRASLV IPP CQRSRY ATYFDVAVLR CLLQPHWSEE GTQWSLMYYL QRLRHMLEEK PEKPPEPDIP LLPRPRSSSM VAAAPSLVNT HKTQ DLTMK CNEEEKSLSS EAFSKVSLTN LRRSAVPDLS SDLGMNIFKK FKSRKEDRER KGSIPFHHTG KRRPRRMGVP FLLHE DHLD VSPTRSTFSF GSFSGLGEDR RGIEKGGWQT TILGKLTRRG SSDAATEMES LSARHSHSHH TLVSDLPDPS NSHGEN TVK EVRSQISTIT VATFNTTLAS FNVGYADFFN EHMRKLCNQV PIPEMPHEPL ACANLPRSLT DSCINYSYLE DTEHIDG TN NFVHKNGMLD LSVVLKAVYL VLNHDISSRI CDVALNIVEC LLQLGVVPCV EKNRKKSENK ENETLEKRPS EGAFQFKG V SGSSTCGFGG PAVSGAGDGG GEEGGGGDGG GGGGDGGGGG GGGGGPYEKN DKNQEKDEST PVSNHRLALT MLIKIVKSL GCAYGCGEGH RGLSGDRLRH QVFRENAQNC LTKLYKLDKM QFRQTMRDYV NKDSLNNVVD FLHALLGFCM EPVTDNKAGF GNNFTTVDN KSTAQNVEGI IVSAMFKSLI TRCASTTHEL HSPENLGLYC DIRQLVQFIK EAHGNVFRRV ALSALLDSAE K LAPGKKVE ENEQESKPAG SKRSEAGSIV DKGQVSSAPE ECRSFMSGRP SQTPEHDEQM QGANLGRKDF WRKMFKSQSA AS DTSSQSE QDTSECTTAH SGTTSDRRAR SRSRRISLRK KLKLPIGKRN WLKRSSLSGL ADGVEDLLDI SSVDRLSFIR QSS KVKFTS AVKLSEGGPG SGMENGRDEE ENFFKRLGCH SFDDHLSPNQ DGGKSKNVVN LGAIRQGMKR FQFLLNCCEP GTIP DASIL AAALDLEAPV VARAALFLEC ARFVHRCNRG NWPEWMKGHH VNITKKGLSR GRSPIVGNKR NQKLQWNAAK LFYQW GDAI GVRLNELCHG ESESPANLLG LIYDEETKRR LRKEDEEEDF LDDSTVNPSK CGCPFALKMA ACQLLLEITT FLRETF SCL PRPRTEPLVD LESCRLRLDP ELDRHRYERK ISFAGVLDEN EDSKDSLHSS SHTLKSDAGV EEKKEGSPWS ASEPSIE PE GMSNAGAEEN YHRNMSWLHV MILLCNQQSF ICTHVDYCHP HCYLHHSRSC ARLVRAIKLL YGDSVDSLRE SSNISSVA L RGKKQKECSD KSCLRTPSLK KRVSDANLEG KKDSGMLKYI RLQVMSLSPA PLSLLIKAAP ILTEEMYGDI QPAAWELLL SMDEHMAGAA AAMFLLCAVK VPEAVSDMLM SEFHHPETVQ RLNAVLKFHT LWRFRYQVWP RMEEGAQQIF KIPPPSINFT LPSPVLGMP SVPMFDPPWV PQCSGSVQDP INEDQSKSFS ARAVSRSHQR AEHILKNLQQ EEEKKRLGRE ASLITAIPIT Q EACYEPTC TPNSEPEEEV EEVTNLASRR LSVSPSCTSS TSHRNYSFRR GSVWSVRSAV SAEDEEHTTE HTPNHHVPQP PQ AVFPACI CAAVLPIVHL MEDGEVREDG VAVSAVAQQV LWNCLIEDPS TVLRHFLEKL TISNRQDELM YMLRKLLLNI GDF PAQTSH ILFNYLVGLI MYFVRTPCEW GMDAISATLT FLWEVVGYVE GLFFKDLKQT MKKEQCEVKL LVTASMPGTK TLVV HGQNE CDIPTQLPVH EDTQFEALLK ECLEFFNIPE SQSTHYFLMD KRWNLIHYNK TYVRDIYPFR RSVSPQLNLV HMHPE KGQE LIQKQVFTRK LEEVGRVLFL ISLTQKIPTA HKQSHVSMLQ EDLLRLPSFP RSAIDAEFSL FSDPQAGKEL FGLDTL QKS LWIQLLEEMF LGMPSEFPWG DEIMLFLNVF NGALILHPED SALLRQYAAT VINTAVHFNH LFSLSGYQWI LPTMLQV YS DYESNPQLRQ AIEFACHQFY ILHRKPFVLQ LFASVAPLLE FPDAANNGPS KGVSAQCLFD LLQSLEGETT DILDILEL V KAEKPLKSLD FCYGNEDLTF SISEAIKLCV TVVAYAPESF RSLQMLMVLE ALVPCYLQKL KRQTSQVETV PAAREEIAA TAALATSLQA LLYSVEVLTR PMTAPQMSRC DQGHKGTTTA NHTMSSGVNT RYQEQGAKLH FIRENLHLLE EGQGIPREEL DERIAREEF RRPRESLLNI CTEFYKHCGP RLKILQNLAG EPRVIALELL DVKSHMRLAE IAHSLLKLAP YDTQTMESRG L RRYIMEML PITDWTAEAV RPALILILKR LDRMFNKIHK MPTLRRQVEW EPASNLIEGV CLTLQRQPII SFLPHLRSLI NV CVNLVMG VVGPSSVADG LPLLHLSPYL SPPLPFSTAV VRLVALQIQA LKEDFPLSHV ISPFTNQERR EGMLLNLLIP FVL TVGSGS KDSPWLEQPE VQLLLQTVIN VLLPPRIIST SRSKNFMLES SPAHCSTPGD AGKDLRREGL AESTSQAAYL ALKV ILVCF ERQLGSQWYW LSLQVKEMAL RKVGGLALWD FLDFIVRTRI PIFVLLRPFI QCKLLAQPAE NHEELSARQH IADQL ERRF IPRPLCKSSL IAEFNSELKI LKEAVHSGSA YQGKTSISTV GTSTSAYRLS LATMSRSNTG TGTVWEQDSE PSQQAS QDT LSRTDEEDEE NDSISMPSVV SEQEAYLLSA IGRRRFSSHV SSMSVPQAEV GMLPSQSEPN VLDDSQGLAA EGSLSRV AS IQSEPGQQNL LVQQPLGRKR GLRQLRRPLL SRQKTQTEPR NRQGARLSTT RRSIQPKTKP SADQKRSVTF IEAQPEPA A APTDALPATG QLQGCSPAPS RKPEAMDEPV LTSSPAIVVA DLHSVSPKQS ENFPTEEGEK EEDTEAQGAT AHSPLSAQL SDPDDFTGLE TSSLLQHGDT VLHISEENGM ENPLLSSQFT FTPTELGKTD AVLDESHV

UniProtKB: Protein unc-80 homolog

-
分子 #2: Protein unc-79 homolog

分子名称: Protein unc-79 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 298.239656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTKAEQFAS KIRYLQEYHN RVLHNIYPVP SGTDIANTLK YFSQTLLSIL SRTGKKENQD ASNLTVPMTM CLFPVPFPLT PSLRPQVSS INPTVTRSLL YSVLRDAPSE RGPQSRDAQL SDYPSLDYQG LYVTLVTLLD LVPLLQHGQH DLGQSIFYTT T CLLPFLND ...文字列:
MSTKAEQFAS KIRYLQEYHN RVLHNIYPVP SGTDIANTLK YFSQTLLSIL SRTGKKENQD ASNLTVPMTM CLFPVPFPLT PSLRPQVSS INPTVTRSLL YSVLRDAPSE RGPQSRDAQL SDYPSLDYQG LYVTLVTLLD LVPLLQHGQH DLGQSIFYTT T CLLPFLND DILSTLPYTM ISTLATFPPF LHKDIIEYLS TSFLPMAILG SSRREGVPAH VNLSASSMLM IAMQYTSNPV YH CQLLECL MKYKQEVWKD LLYVIAYGPS QVKPPAVQML FHYWPNLKPP GAISEYRGLQ YTAWNPIHCQ HIECHNAINK PAV KMCIDP SLSVALGDKP PPLYLCEECS ERIAGDHSEW LIDVLLPQAE ISAICQKKNC SSHVRRAVVT CFSAGCCGRH GNRP VRYCK RCHSNHHSNE VGAAAETHLY QTSPPPINTR ECGAEELVCA VEAVISLLKE AEFHAEQREH ELNRRRQLGL SSSHH SLDN ADFDNKDDDK HDQRLLSQFG IWFLVSLCTP SENTPTESLA RLVAMVFQWF HSTAYMMDDE VGSLVEKLKP QFVTKW LKT VCDVRFDVMV MCLLPKPMEF ARVGGYWDKS CSTVTQLKEG LNRILCLIPY NVINQSVWEC IMPEWLEAIR TEVPDNQ LK EFREVLSKMF DIELCPLPFS MEEMFGFISC RFTGYPSSVQ EQALLWLHVL SELDIMVPLQ LLISMFSDGV NSVKELAN Q RKSRVSELAG NLASRRVSVA SDPGRRVQHN MLSPFHSPFQ SPFRSPLRSP FRSPFKNFGH PGGRTIDFDC EDDEMNLNC FILMFDLLLK QMELQDDGIT MGLEHSLSKD IISIINNVFQ APWGGSHTCQ KDEKAIECNL CQSSILCYQL ACELLERLAP KEESRLVEP TDSLEDSLLS SRPEFIIGPE GEEEENPASK HGENPGNCTE PVEHAAVKND TERKFCYQQL PVTLRLIYTI F QEMAKFEE PDILFNMLNC LKILCLHGEC LYIARKDHPQ FLAYIQDHML IASLWRVVKS EFSQLSSLAV PLLLHALSLP HG ADIFWTI INGNFNSKDW KMRFEAVEKV AVICRFLDIH SVTKNHLLKY SLAHAFCCFL TAVEDVNPAV ATRAGLLLDT IKR PALQGL CLCLDFQFDT VVKDRPTILS KLLLLHFLKQ DIPALSWEFF VNRFETLSLE AQLHLDCNKE FPFPTTITAV RTNV ANLSD AALWKIKRAR FARNRQKSVR SLRDSVKGPV ESKRALSLPE TLTSKIRQQS PENDNTIKDL LPEDAGIDHQ TVHQL ITVL MKFMAKDESS AESDISSAKA FNTVKRHLYV LLGYDQQEGC FMIAPQKMRL STCFNAFIAG IAQVMDYNIN LGKHLL PLV VQVLKYCSCP QLRHYFQQPP RCSLWSLKPH IRQMWLKALL VILYKYPYRD CDISKILLHL IHITVNTLNA QYHSCKP HA TAGPLYSDNS NISRYSEKEK GEIELAEYRE TGALQDSLLH CVREESIPKK KLRSFKQKSL DIGNADSLLF TLDEHRRK S CIDRCDIEKP PTQAAYIAQR PNDPGRSRQN SATRPDNSEI PENPAMEGFP DARRPVIPEV RLNCMETFEV KVDSPVKPA PKEDLDLIDL SSDSTSGPEK HSILSTSDSD SLVFEPLPPL RIVESDEEEE TMNQGDDGPS GKNAASSPSV PSHPSVLSLS TAPLVQVSV EDCSKDFSSK DSGNNQSAGN TDSALITLED PMDAEGSSKP EELPEFSCGS PLTLKQKRDL LQKSFALPEM S LDDHPDPG TEGEKPGELM PSSGAKTVLL KVPEDAENPT ESEKPDTSAE SDTEQNPERK VEEDGAEESE FKIQIVPRQR KQ RKIAVSA IQREYLDISF NILDKLGEQK DPDPSTKGLS TLEMPRESSS APTLDAGVPE TSSHSSISTQ YRQMKRGSLG VLT MSQLMK RQLEHQSSAP HNISNWDTEQ IQPGKRQCNV PTCLNPDLEG QPLRMRGATK SSLLSAPSIV SMFVPAPEEF TDEQ PTVMT DKCHDCGAIL EEYDEETLGL AIVVLSTFIH LSPDLAAPLL LDIMQSVGRL ASSTTFSNQA ESMMVPGNAA GVAKQ FLRC IFHQLAPNGI FPQLFQSTIK DGTFLRTLAS SLMDFNELSS IAALSQLLEG LNNKKNLPAG GAMIRCLENI ATFMEA LPM DSPSSLWTTI SNQFQTFFAK LPCVLPLKCS LDSSLRIMIC LLKIPSTNAT RSLLEPFSKL LSFVIQNAVF TLAYLVE LC GLCYRAFTKE RDKFYLSRSV VLELLQALKL KSPLPDTNLL LLVQFICADA GTKLAESTIL SKQMIASVPG CGTAAMEC V RQYINEVLDF MADMHTLTKL KSHMKTCSQP LHEDTFGGHL KVGLAQIAAM DISRGNHRDN KAVIRYLPWL YHPPSAMQQ GPKEFIECVS HIRLLSWLLL GSLTHNAVCP NASSPCLPIP LDAGSHVADH LIVILIGFPE QSKTSVLHMC SLFHAFIFAQ LWTVYCEQS AVATNLQNQN EFSFTAILTA LEFWSRVTPS ILQLMAHNKV MVEMVCLHVI SLMEALQECN STIFVKLIPM W LPMIQSNI KHLSAGLQLR LQAIQNHVNH HSLRTLPGSG QSSAGLAALR KWLQCTQFKM AQVEIQSSEA ASQFYPLDEV DA GSDYKDD DKGSDYKDDD K

UniProtKB: Protein unc-79 homolog

-
分子 #3: Calmodulin-1

分子名称: Calmodulin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.852545 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MADQLTEEQI AEFKEAFSLF DKDGDGTITT KELGTVMRSL GQNPTEAELQ DMINEVDADG NGTIDFPEFL TMMARKMKDT DSEEEIREA FRVFDKDGNG YISAAELRHV MTNLGEKLTD EEVDEMIREA DIDGDGQVNY EEFVQMMTAK

UniProtKB: Calmodulin-1

-
分子 #4: Sodium leak channel non-selective protein,Extended tegument prote...

分子名称: Sodium leak channel non-selective protein,Extended tegument protein pp150
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 229.017703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT ...文字列:
MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT NILKRSGEQI WSVSIFLLFF LLLYGILGVQ MFGTFTYHCV VNDTKPGNVT WNSLAIPDTH CSPELEEGYQ CP PGFKCMD LEDLGLSRQE LGYSGFNEIG TSIFTVYEAA SQEGWVFLMY RAIDSFPRWR SYFYFITLIF FLAWLVKNVF IAV IIETFA EIRVQFQQMW GSRSSTTSTA TTQMFHEDAA GGWQLVAVDV NKPQGRAPAC LQKMMRSSVF HMFILSMVTV DVIV AASNY YKGENFRRQY DEFYLAEVAF TVLFDLEALL KIWCLGFTGY ISSSLHKFEL LLVIGTTLHV YPDLYHSQFT YFQVL RVVR LIKISPALED FVYKIFGPGK KLGSLVVFTA SLLIVMSAIS LQMFCFVEEL DRFTTFPRAF MSMFQILTQE GWVDVM DQT LNAVGHMWAP VVAIYFILYH LFATLILLSL FVAVILDNLE LDEDLKKLKQ LKQSEANADT KEKLPLRLRI FEKFPNR PQ MVKISKLPSD FTVPKIRESF MKQFIDRQQQ DTCCLLRSLP TTSSSSCDHS KRSAIEDNKY IDQKLRKSVF SIRARNLL E KETAVTKILR ACTRQRMLSG SFEGQPAKER SILSVQHHIR QERRSLRHGS NSQRISRGKS LETLTQDHSN TVRYRNAQR EDSEIKMIQE KKEQAEMKRK VQEEELRENH PYFDKPLFIV GREHRFRNFC RVVVRARFNA SKTDPVTGAV KNTKYHQLYD LLGLVTYLD WVMIIVTICS CISMMFESPF RRVMHAPTLQ IAEYVFVIFM SIELNLKIMA DGLFFTPTAV IRDFGGVMDI F IYLVSLIF LCWMPQNVPA ESGAQLLMVL RCLRPLRIFK LVPQMRKVVR ELFSGFKEIF LVSILLLTLM LVFASFGVQL FA GKLAKCN DPNIIRREDC NGIFRINVSV SKNLNLKLRP GEKKPGFWVP RVWANPRNFN FDNVGNAMLA LFEVLSLKGW VEV RDVIIH RVGPIHGIYI HVFVFLGCMI GLTLFVGVVI ANFNENKGTA LLTVDQRRWE DLKSRLKIAQ PLHLPPRPDN DGFR AKMYD ITQHPFFKRT IALLVLAQSV LLSVKWDVED PVTVPLATMS VVFTFIFVLE VTMKIIAMSP AGFWQSRRNR YDLLV TSLG VVWVVLHFAL LNAYTYMMGA CVIVFRFFSI CGKHVTLKML LLTVVVSMYK SFFIIVGMFL LLLCYAFAGV VLFGTV KYG ENINRHANFS SAGKAITVLF RIVTGEDWNK IMHDCMVQPP FCTPDEFTYW ATDCGNYAGA LMYFCSFYVI IAYIMLN LL VAIIVENFSL FYSTEEDQLL SYNDLRHFQI IWNMVDDKRE GVIPTFRVKF LLRLLRGRLE VDLDKDKLLF KHMCYEME R LHNGGDVTFH DVLSMLSYRS VDIRKSLQLE ELLAREQLEY TIEEEVAKQT IRMWLKKCLK RIRAKQQQSC SIIHSLRES QQQELSRFLN PPSIETTQPS EDTNANSQDN SMQPETSSQQ QLLSPTLSDR GGSRQDAADA GKPQRKFGQW RLPSAPKPIS HSVSSVNLR FGGRTTMKSV VCKMNPMTDA ASCGSEVKKW WTRQLTVESD ESGDDLLDIL EGSENLYFQG GGGSMVSKGE E LFTGVVPI LVELDGDVNG HKFSVSGEGE GDATYGKLTL KFICTTGKLP VPWPTLVTTL TYGVQCFSRY PDHMKQHDFF KS AMPEGYV QERTIFFKDD GNYKTRAEVK FEGDTLVNRI ELKGIDFKED GNILGHKLEY NYNSHNVYIM ADKQKNGIKV NFK IRHNIE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VLLPDNHYLS TQSALSKDPN EKRDHMVLLE FVTAAGITLG MDELYK

UniProtKB: Sodium leak channel NALCN, Extended tegument protein pp150

-
分子 #5: Transmembrane protein FAM155A

分子名称: Transmembrane protein FAM155A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.550484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRARDK EHQQQQRQQQ QQQQQQRQR QQQQQQRRQQ EPSWPALLAS MGESSPAAQA HRLLSASSSP TLPPSPGDGG GGGGKGNRGK DDRGKALFLG N SAKPVWRL ...文字列:
MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRARDK EHQQQQRQQQ QQQQQQRQR QQQQQQRRQQ EPSWPALLAS MGESSPAAQA HRLLSASSSP TLPPSPGDGG GGGGKGNRGK DDRGKALFLG N SAKPVWRL ETCYPQGASS GQCFTVENAD AVCARNWSRG AAGGDGQEVR SKHPTPLWNL SDFYLSFCNS YTLWELFSGL SS PNTLNCS LDVVLKEGGE MTTCRQCVEA YQDYDHHAQE KYEEFESVLH KYLQSEEYSV KSCPEDCKIV YKAWLCSQYF EVT QFNCRK TIPCKQYCLE VQTRCPFILP DNDEVIYGGL SSFICTGLYE TFLTNDEPEC CDVRREEKSN NPSKGTVEKS GSCH RTSLT VSSATRLCNS RLKLCVLVLI LLHTVLTASA AQNTAGLSFG GINTLEENST NEE

UniProtKB: NALCN channel auxiliary factor 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 174294
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る