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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32517 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with three human neutralizing antibodies | |||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with three human neutralizing antibodies | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng Q / Li S / Sun H / Zheng Z / Wang S | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Three SARS-CoV-2 antibodies provide broad and synergistic neutralization against variants of concern, including Omicron. 著者: Siling Wang / Hui Sun / Yali Zhang / Lunzhi Yuan / Yizhen Wang / Tianying Zhang / Shaojuan Wang / Jinlei Zhang / Hai Yu / Hualong Xiong / Zimin Tang / Liqin Liu / Yang Huang / Xiuting Chen / ...著者: Siling Wang / Hui Sun / Yali Zhang / Lunzhi Yuan / Yizhen Wang / Tianying Zhang / Shaojuan Wang / Jinlei Zhang / Hai Yu / Hualong Xiong / Zimin Tang / Liqin Liu / Yang Huang / Xiuting Chen / Tingting Li / Dong Ying / Chang Liu / Zihao Chen / Quan Yuan / Jun Zhang / Tong Cheng / Shaowei Li / Yi Guan / Qingbing Zheng / Zizheng Zheng / Ningshao Xia / 要旨: The rapidly spreading Omicron variant is highly resistant to vaccines, convalescent sera, and neutralizing antibodies (nAbs), highlighting the urgent need for potent therapeutic nAbs. Here, a panel ...The rapidly spreading Omicron variant is highly resistant to vaccines, convalescent sera, and neutralizing antibodies (nAbs), highlighting the urgent need for potent therapeutic nAbs. Here, a panel of human nAbs from severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) convalescent patients show diverse neutralization against Omicron, of which XMA01 and XMA04 maintain nanomolar affinities and excellent neutralization (half maximal inhibitory concentration [IC50]: ∼20 ng/mL). nAb XMA09 shows weak but unattenuated neutralization against all variants of concern (VOCs) as well as SARS-CoV. Structural analysis reveals that the above three antibodies could synergistically bind to the receptor-binding domains (RBDs) of both wild-type and Omicron spikes and defines the critical determinants for nAb-mediated broad neutralizations. Three nAbs confer synergistic neutralization against Omicron, resulting from the inter-antibody interaction between XMA04 and XMA01(or XMA09). Furthermore, the XMA01/XMA04 cocktail provides synergistic protection against Beta and Omicron variant infections in hamsters. In summary, our results provide insights for the rational design of antibody cocktail therapeutics or universal vaccines against Omicron. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32517.map.gz | 230.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32517-v30.xml emd-32517.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32517.png | 66.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32517 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32517 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32517_validation.pdf.gz | 406.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32517_full_validation.pdf.gz | 406.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32517_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32517_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32517 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32517 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with three human neutralizing antibodies | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.778 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with three human neut...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with three human neutralizing antibodies |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with three human neut...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron variant spike in complex with three human neutralizing antibodies タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.167035 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYSFRPT ...文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYSFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCGP |
-分子 #2: XMA04 heavy chain variable domain
分子 | 名称: XMA04 heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.517036 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFR TYAMHWVRQA PGKGLEWVAV MWNDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LEMNSLRAE DTAVYYCARE GVAAAGSSSD AFDIWGQGTM VTVSS |
-分子 #3: XMA01 heavy chain variable domain
分子 | 名称: XMA01 heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.198615 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCSASGFTFS SYAMHWVRQA PGKGLEYVSS ISSNGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMSSLRVE DAAVYYCVKH YQQQLLWGGP DVWGQGTTVT VSS |
-分子 #4: IGL c4029_light_IGKV1-39_IGKJ2
分子 | 名称: IGL c4029_light_IGKV1-39_IGKJ2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.616873 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS NFLNWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYSTLYSFG QGTKLEIK |
-分子 #5: IG c934_light_IGKV1-5_IGKJ1
分子 | 名称: IG c934_light_IGKV1-5_IGKJ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.781073 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPVS LSASVGDRVT ITCRASQSIS TWLAWYQQKP GKAPKLLIYE TSSLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QFNSYPWTFG QGTKVEIK |
-分子 #6: XMA09 heavy chain variable domain
分子 | 名称: XMA09 heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.272664 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SFAISWVRQA PGQGLEWMGG IIPIYGTANY AQKFQGRVTI TADESTSTAY MDLSSLRSE DTAVYYCARD GSSTYYPHNW FDPWGQGTLV TVSS |
-分子 #7: IG c1437_light_IGLV1-40_IGLJ1
分子 | 名称: IG c1437_light_IGLV1-40_IGLJ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.374391 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG SGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YGNSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLSG VFGTGTKVTV L |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123163 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |