+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32497 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 spike in complex with the ZB8 neutralizing antibody Fab (focused refinement on Fab-RBD) | |||||||||
マップデータ | Fab-spike | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | SARS-CoV-2 spike / receptor binding domain / antibody / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeng JW | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2023 タイトル: SARS-CoV-2 hijacks neutralizing dimeric IgA for nasal infection and injury in Syrian hamsters. 著者: Biao Zhou / Runhong Zhou / Jasper Fuk-Woo Chan / Jianwei Zeng / Qi Zhang / Shuofeng Yuan / Li Liu / Rémy Robinot / Sisi Shan / Na Liu / Jiwan Ge / Hugo Yat-Hei Kwong / Dongyan Zhou / Haoran ...著者: Biao Zhou / Runhong Zhou / Jasper Fuk-Woo Chan / Jianwei Zeng / Qi Zhang / Shuofeng Yuan / Li Liu / Rémy Robinot / Sisi Shan / Na Liu / Jiwan Ge / Hugo Yat-Hei Kwong / Dongyan Zhou / Haoran Xu / Chris Chung-Sing Chan / Vincent Kwok-Man Poon / Hin Chu / Ming Yue / Ka-Yi Kwan / Chun-Yin Chan / Chris Chun-Yiu Chan / Kenn Ka-Heng Chik / Zhenglong Du / Ka-Kit Au / Haode Huang / Hiu-On Man / Jianli Cao / Cun Li / Ziyi Wang / Jie Zhou / Youqiang Song / Man-Lung Yeung / Kelvin Kai-Wang To / David D Ho / Lisa A Chakrabarti / Xinquan Wang / Linqi Zhang / Kwok-Yung Yuen / Zhiwei Chen / 要旨: Prevention of robust severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) infection in nasal turbinate (NT) requires evaluation of IgA neutralizing antibodies. Here, we report the efficacy ...Prevention of robust severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) infection in nasal turbinate (NT) requires evaluation of IgA neutralizing antibodies. Here, we report the efficacy of receptor binding domain (RBD)-specific monomeric B8-mIgA1 and B8-mIgA2, and dimeric B8-dIgA1, B8-dIgA2 and TH335-dIgA1 against intranasal SARS-CoV-2 challenge in Syrian hamsters. These antibodies exhibited comparable neutralization potency against authentic virus by competing with human angiotensin converting enzyme-2 (ACE2) receptor for RBD binding. While reducing viral loads in lungs significantly, prophylactic intranasal B8-dIgA unexpectedly led to high amount of infectious viruses and extended damage in NT compared to controls. Mechanistically, B8-dIgA failed to inhibit SARS-CoV-2 cell-to-cell transmission, but was hijacked by the virus through dendritic cell-mediated trans-infection of NT epithelia leading to robust nasal infection. Cryo-EM further revealed B8 as a class II antibody binding trimeric RBDs in 3-up or 2-up/1-down conformation. Neutralizing dIgA, therefore, may engage an unexpected mode of SARS-CoV-2 nasal infection and injury. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32497.map.gz | 9.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-32497-v30.xml emd-32497.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32497_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32497.png | 80.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32497 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32497_validation.pdf.gz | 339 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_32497_full_validation.pdf.gz | 338.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32497_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32497_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32497 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Fab-spike | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0979 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Fab-Spike
全体 | 名称: Fab-Spike |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Fab-Spike
超分子 | 名称: Fab-Spike / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Fab
超分子 | 名称: Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: Spike
超分子 | 名称: Spike / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
---|
-分子 #1: antibody ZB8 heavy chain
分子 | 名称: antibody ZB8 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.465361 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS NYGISWVRQA PGQGLEWMGR ILPTFGTANS AQKFQGRVTI TADESTGTAY MELRSLRSE DTAVYYCAKE GLAFLGYGMD VWGQGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: EVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS NYGISWVRQA PGQGLEWMGR ILPTFGTANS AQKFQGRVTI TADESTGTAY MELRSLRSE DTAVYYCAKE GLAFLGYGMD VWGQGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSC |
-分子 #2: antibody ZB8 light chain
分子 | 名称: antibody ZB8 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.346963 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFIGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYFCQ QRSNWPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFIGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYFCQ QRSNWPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #3: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 31.059883 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: NFRVQPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA G STPCNGVE ...文字列: NFRVQPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA G STPCNGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SN KKFLPFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |