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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32429 | |||||||||
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タイトル | Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWC11 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Du S / Xiao JY | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWC11 Fab 著者: Du S / Xiao JY | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32429.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32429-v30.xml emd-32429.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32429.png | 34.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32429 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32429 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32429_validation.pdf.gz | 410.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32429_full_validation.pdf.gz | 410 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32429_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32429_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32429 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32429 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wcuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWC11 Fab
全体 | 名称: the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWC11 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWC11 Fab
超分子 | 名称: the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWC11 Fab タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: SWC11H
分子 | 名称: SWC11H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.802607 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASEFIVS RNYMSWVRQA PGTGLEWVSV IYPGGSTFYA DSVKGRFTIS RDNSKNTLYL QMDSLRVED TAVYYCARDY GDFYFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH ...文字列: EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASEFIVS RNYMSWVRQA PGTGLEWVSV IYPGGSTFYA DSVKGRFTIS RDNSKNTLYL QMDSLRVED TAVYYCARDY GDFYFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDK |
-分子 #2: SWC11L
分子 | 名称: SWC11L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.7661 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVMTQSPVS LSVSPGERAT LSCRASQGVA SNLAWYQQKA GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISTLQS EDSAVYYCQ QYNDRPRTFG QGTKLEIKRT |
-分子 #3: Surface glycoprotein
分子 | 名称: Surface glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.39215 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY RYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSKPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT ...文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY RYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSKPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS T |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 398316 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |