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- EMDB-32394: Cryo-EM structure of the NR subunit from X. laevis NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32394
タイトルCryo-EM structure of the NR subunit from X. laevis NPC
マップデータThe EM map of NR subunit
試料
  • 複合体: The NR subunit
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
キーワードnuclear pore complex / nuclear ring / Nup205 / Nup93 / Y complex / Elys / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nitrogen compound transport / macromolecule localization / system development / nephron development / GATOR2 complex / macromolecule metabolic process / Seh1-associated complex / nuclear pore inner ring / animal organ development ...: / nitrogen compound transport / macromolecule localization / system development / nephron development / GATOR2 complex / macromolecule metabolic process / Seh1-associated complex / nuclear pore inner ring / animal organ development / COPII-coated vesicle budding / protein exit from endoplasmic reticulum / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / nuclear pore outer ring / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore organization / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mitotic metaphase chromosome alignment / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / positive regulation of TORC1 signaling / nuclear periphery / cellular response to nutrient levels / cellular response to amino acid starvation / chromosome segregation / kinetochore / protein import into nucleus / protein transport / nuclear membrane / cell division / lysosomal membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / DNA binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex protein NUP98-NUP96 / ELYS, beta-propeller domain / : / beta-propeller of ELYS nucleoporin / ELYS-like domain / Nuclear pore complex assembly / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 ...Nuclear pore complex protein NUP98-NUP96 / ELYS, beta-propeller domain / : / beta-propeller of ELYS nucleoporin / ELYS-like domain / Nuclear pore complex assembly / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Sec13/Seh1 family / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Nuclear pore complex protein Nup133 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nuclear pore complex protein / MGC154553 protein / Protein ELYS / MGC83295 protein / Nucleoporin Nup37 / Nuclear pore complex protein Nup85 / Nucleoporin SEH1-B ...Uncharacterized protein / Nuclear pore complex protein Nup133 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nuclear pore complex protein / MGC154553 protein / Protein ELYS / MGC83295 protein / Nucleoporin Nup37 / Nuclear pore complex protein Nup85 / Nucleoporin SEH1-B / Nuclear pore complex protein Nup155 / Nuclear pore complex protein Nup93 / Protein SEC13 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Huang G / Zhan X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the nuclear ring from Xenopus laevis nuclear pore complex.
著者: Gaoxingyu Huang / Xiechao Zhan / Chao Zeng / Xuechen Zhu / Ke Liang / Yanyu Zhao / Pan Wang / Qifan Wang / Qiang Zhou / Qinghua Tao / Minhao Liu / Jianlin Lei / Chuangye Yan / Yigong Shi /
要旨: Nuclear pore complex (NPC) shuttles cargo across the nuclear envelope. Here we present single-particle cryo-EM structure of the nuclear ring (NR) subunit from Xenopus laevis NPC at an average ...Nuclear pore complex (NPC) shuttles cargo across the nuclear envelope. Here we present single-particle cryo-EM structure of the nuclear ring (NR) subunit from Xenopus laevis NPC at an average resolution of 5.6 Å. The NR subunit comprises two 10-membered Y complexes, each with the nucleoporin ELYS closely associating with Nup160 and Nup37 of the long arm. Unlike the cytoplasmic ring (CR) or inner ring (IR), the NR subunit contains only one molecule each of Nup205 and Nup93. Nup205 binds both arms of the Y complexes and interacts with the stem of inner Y complex from the neighboring subunit. Nup93 connects the stems of inner and outer Y complexes within the same NR subunit, and places its N-terminal extended helix into the axial groove of Nup205 from the neighboring subunit. Together with other structural information, we have generated a composite atomic model of the central ring scaffold that includes the NR, IR, and CR. The IR is connected to the two outer rings mainly through Nup155. This model facilitates functional understanding of vertebrate NPC.
履歴
登録2021年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7wb4
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7wb4
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32394.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The EM map of NR subunit
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.77 Å/pix.
x 200 pix.
= 554.8 Å		2.77 Å/pix.
x 200 pix.
= 554.8 Å		2.77 Å/pix.
x 200 pix.
= 554.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.774 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.01828787 - 0.04477132
平均 (標準偏差)-0.000046797704 (±0.0021272595)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 554.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.7742.7742.774
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z554.800554.800554.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0180.045-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The NR subunit

全体名称: The NR subunit
要素
  • 複合体: The NR subunit
    • タンパク質・ペプチド: outer Nup133
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup85
    • タンパク質・ペプチド: MGC154553 protein
    • タンパク質・ペプチド: MGC83926 protein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin SEH1-B
    • タンパク質・ペプチド: outer Nup160
    • タンパク質・ペプチド: Nup155-prov protein
    • タンパク質・ペプチド: GATOR complex protein SEC13
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup96
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup93
    • タンパク質・ペプチド: MGC83295 protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein ELYS

+
超分子 #1: The NR subunit

超分子名称: The NR subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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分子 #1: outer Nup133

分子名称: outer Nup133 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 127.55125 KDa
配列文字列: MFPSPRAQGM GSARRPFNSR LTGGRKALGP GVTASSSPSA LYSPVGRRVS ASGARSTPSR VYLHPAASET VNYNVQLFGS SLPVKVMEA LSNASADEPM AACIHEGGWA WLACNDRLII WKISHSSSAK LMVCKELPLP LSDSEWSADL VDICAQTGDP A AAQSVALM ...文字列:
MFPSPRAQGM GSARRPFNSR LTGGRKALGP GVTASSSPSA LYSPVGRRVS ASGARSTPSR VYLHPAASET VNYNVQLFGS SLPVKVMEA LSNASADEPM AACIHEGGWA WLACNDRLII WKISHSSSAK LMVCKELPLP LSDSEWSADL VDICAQTGDP A AAQSVALM AATPEGSSRY WPNILHEGTY IESYTEFGSS LCAFVTAVKG NSFILSSEKN QLVRLTPDAS GKMNQRVLPQ GQ GMLSGIG RRVSTLFGIL SPAVESTLCS VLWDKGDCFY TLTDSSINKW DLDDTSESQV LNWDMSRVLR EYISDAIWGS ESD YDDIKA GININYLSLN QNCDGLVILS AAWHPGDNPC QIYYTLVTVK DEGYNISDEI TVEVTQFNPV FQARGMQLCQ LVVP NFSSQ ACYLYTQEMI FACSTGTGRS TLPQEKIPFE AQGDNIVGAG SCEGWPVFFI RKSGMLTVVA RETASVLPEH MEESL SSVS KSSRQAVVKD SRPDQIAHDD KTKHLKAAFL RYCRKDILGA QSMVDSLFSD SDMEPDDELD LAVNQISVDL IDDYPA SDP RWAESVPEEA AGFSNTSLIL LHQLEDKMKA HSFFVDFLHQ VGLFSRLSTC QTKGMLVATR LLLSEHAEKL SAAIVLK NH HAKLPVLVNS AIQLALDKRM CTVPQNLTAA DVYFREVSQM EIIFECLVDK EEADLESTSI DSVEWANIVV NVNTILKD M LHVACQYRQS KNSLYKNESG IQEPEHVPWT ASSGTAGIRS VVTRQHGIIL KVYPQADSGL RTILIEQLAA LLNYLLDDY VTQLKSIDKL ANEERYNILE MEYAQKRSEL LSPLLILGQY AWASNLAEKY CDFDILVQIC EMTDNQSRLQ RYMTLFAEQN FSDFLFRWY LEKGKRGKLL SQPASQHGQL AAFLQAHDHL SWLHELNSQE FEKAHRTLQT LANMETRYFC KKKTLLGLSK L AALASDFQ EDVLQEKVEE IAEQEHFLLH QETLPKKLLE EKQLDLNAMP VLAPFQLIQL YVCEENKRAN ENDFMKALDL LE YIGDDSE VDVEELKLEI LCKAIKRDEW SATDGKDDPI EATKDSIFVK VLQNLLNKGI ELKGYLPKAE TLLQSEELNS LKT NSYFEF SLKANYECYM KMQS

UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup133

+
分子 #2: Nuclear pore complex protein Nup85

分子名称: Nuclear pore complex protein Nup85 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 75.160047 KDa
配列文字列: MEELDVDPAE TPIPGLGQQN RHIGFSWGPG DLLLYETLYQ KQGNSETAAR CPFMYLVRSD EDIYSPVLRK LFNESHSIFV GLQKSAEEA SGKSRKAQLV QVSRNYRSVL RACMEEMHTL SESTRETAQK YISQISILSA MELSWNLCEI LFIESAPAGP L LILLLEWV ...文字列:
MEELDVDPAE TPIPGLGQQN RHIGFSWGPG DLLLYETLYQ KQGNSETAAR CPFMYLVRSD EDIYSPVLRK LFNESHSIFV GLQKSAEEA SGKSRKAQLV QVSRNYRSVL RACMEEMHTL SESTRETAQK YISQISILSA MELSWNLCEI LFIESAPAGP L LILLLEWV RLHVCEVDNI VQDVLRSEKP TEHEKFWDGV TGYVLQGRMN EARQLLAKEA STSASARSMC RVLDDLLKKM PM LHTGGTQ TLTEFELKWQ HWREECERHL QNGTFSSNVH MEAVCRVLLG DEEVLLEKRD LMTTWYHFLV SRLLFKHPTV KPT ELHFYA QSSLDMFLAG DSCPEPLDNI LLAAFEFDIH QVIKEFSIVS SNWWFVAHLT DLLDHCQLFQ AHNLYFGANM REFL LLDYA SGLFSHHSLW QLGVDYFDYC PNLGREYLKL HMERIPLSTE KKALKALRIC EQRQMTEQVR SICKTMAMQS LCNRR LGSA LSWSIRAKDA AFATLISDRF LKEYCERGNF TDLDLIDNLG SAMLLSDRLT FLGKYREFHR MYSQEQFSEA ASLLLS LMT ARIAPCSFWL TLLLDALPLL EQKQVIFSAE QTYELMRCLE DRMAAKLEST SPDEIQKQDS SIDNTKVEML RLALARN LA RAIVTEGALQ E

UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup85

+
分子 #3: MGC154553 protein

分子名称: MGC154553 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 41.744512 KDa
配列文字列: MADKFAAKFV SHKISRTRWR PVSASSLQQP DVFATGSWDN EENKVCVWAT SDFGATSLDE EYQGDPKQLC DIKHPGDVMD MQFLDKERI VTGSSTGTVT IFRHHENNQT LSVNQRWEQA HYHVGSNMRA PCTAIVCSSP EIVSVGEDGR INCFRAESRD V LRTIDDAD ...文字列:
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UniProtKB: MGC154553 protein

+
分子 #4: MGC83926 protein

分子名称: MGC83926 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 36.588625 KDa
配列文字列: MKQDSASNAT YTVDCEDYVH VVEFNPFDSG EAGSLLAYGG ISYVVIASCR FQEEDSTVEG IEFKTLKTFH HGERVVAIAW SPETRCDAL LPLLRFATAA GDKKIRIFTS DFQDKNEYKV IEGHSGYIND LVFCSPEGTD IASVGDDHTC RIWDLDGKQI A MFILRSPG ...文字列:
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UniProtKB: Nucleoporin Nup37

+
分子 #5: Nucleoporin SEH1-B

分子名称: Nucleoporin SEH1-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 39.798602 KDa
配列文字列: MFVARSIAAD HKDLIHDVSF DFHGRRMATC SSDQSVKVWD KSENVNWHCT ASWKTHSGSV WRVTWAHPEF GQVLASCSFD RTAAVWEEI VGESNDKLRG QSHWVKRTTL VDSRTSVTDV KFAPKHMGLM LATCSADGVV RIYEAPDVMN LSQWSLQHEI S CKLSCSCI ...文字列:
MFVARSIAAD HKDLIHDVSF DFHGRRMATC SSDQSVKVWD KSENVNWHCT ASWKTHSGSV WRVTWAHPEF GQVLASCSFD RTAAVWEEI VGESNDKLRG QSHWVKRTTL VDSRTSVTDV KFAPKHMGLM LATCSADGVV RIYEAPDVMN LSQWSLQHEI S CKLSCSCI SWNPSSSRAH SPMIAVGSDD SSPNIMGKVQ IYEYNENTRK YAKAETLMSV SDPVHDIAFA PNLGRSFHIL AV ATKDVRI FTMKPLRKEL SSSGGVTKFE NHTVAQFDNH NSQVWRVSWN ITGTVLASSG DDGTVRLWKA NYMDNWKCIG VLK GDGNPV GNSFQGIFGS SIGSASHGLQ NSVNGTSTSG RKHS

UniProtKB: Nucleoporin SEH1-B

+
分子 #6: outer Nup160

分子名称: outer Nup160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 162.658234 KDa
配列文字列: MAAAERHMTP FQAIDWAGSI TLPMVQRVGG FTRAIMAASV NLERSYMELI GAERETSRRN FRDLSLRPDV NLVIGGPKYA DCAGGYCYS ESSSLLSATR NRFLHWTSYA DTLELVEISL DINLVNNAVR LRILNCSILP GGVHICETPN NIVVLILTNQ T VHRLILPH ...文字列:
MAAAERHMTP FQAIDWAGSI TLPMVQRVGG FTRAIMAASV NLERSYMELI GAERETSRRN FRDLSLRPDV NLVIGGPKYA DCAGGYCYS ESSSLLSATR NRFLHWTSYA DTLELVEISL DINLVNNAVR LRILNCSILP GGVHICETPN NIVVLILTNQ T VHRLILPH PSRMYRSEII SDSHIQSIFT DIGKTNFHDP SNTYVIPAIP GRAPNTTAST AWLSSDGEAL FALPSISGGI LV IKMPPHD MEGLVTIAEL KQSSVMQRLL TGWMPSSIRG DQGPAHLPVS LAVHTLDHDS YLFALCQDHK LRMWSYKDQM CLM VADMLE YVPVSKDIRQ TAGTGHKLRL AFSETLGILY LGVYLHTPKQ GQFCVFQLMC AESNRYSLDH ISSIFTNQET LIDF TFTLT SMDIWALWLD DDNQTVVKHI NFEENQAGQW NPVFVNPLPE DDLAISDEQE PQEAYLECLF APGRFTIAAV QKAIQ ILRK GSGRVLDLSW EELRKDVTLT VENEIQNAVI DYDVSQEEFR QINIENWCKF YTCCLQYQET LSRPLALLVH PDTNMV CLL RKGFLSFLAP CSLVEHLYLV PAEHLLTVDE SVISDDIDAA SDIVNLIQCL RMIADYISED MAYLMESACC HLQSPER VA EQILEDLIAN DIDNIMENIQ NKLQDTRNPI RAIGFLLQNM DYETNADMEQ PQPNTRLNLS TLYGSITASS VVCQAICK I SATRFLICRD LLILQHLLLR LGDMALIGAG QLLHSQQELI PRAAQLLLSY YMIRWGSQCL ACAVPVDILE SNLQHLSVL ELSDSQVEKR RYTSGIQTIV ELFFEDVARK HFPHVFIQSG ASQLQEPLNW SDLIKRITNY LLQLLWPSNP NFQFAECLMR NCQYTQLQE YVRLLLPWCQ VNVGSCHFML AQCYLVAGEG HKALDCFSQA ASEVEREDFL EKLIRVEEGE SVSPRLQYYN R VLRLLEDV GLPELVIQLA TIAIGEASDD WRSQAALRTR IFKHHLDMGH NNQAYDALTQ IPDPSRQLDC LRQLVVVLCE RS QLQDLVE FPYVNLHNEV VGIIESRARA VDLMTHNYYE LLYAFHIYRH NYRKAGSVMF EYGMRLGREV RTLRGLQKQV NSY LACLNC LRLIRPEYAW IVQPVSGAVY ERPGASPKRN YDGESSAVPS SSQIEILELR DLEKEYVLAQ TRLTLAKHNP STAA IAGSS AAEEMVALLV QAGLFDTAIS LCQTFKLALT SVFEGLACKC IRLQQGGEAA QAEAWEWLAA NQLATVITTK ESSAT DEAW RLMISYLDKY EAKNTLYHHC IINKLLSHGV PLPNWLINRY KAMDAAELLR LYLKYDLLEE AAELVLEYVD ALLGKG HQY FGIQAPLSAT SQLVWFPYSA IDHLRQALGE NESNQHNQAI LSKLQRKMDE YFQKLKKATD DYKKLVQKPL RA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: Nup155-prov protein

分子名称: Nup155-prov protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 154.922422 KDa
配列文字列: MPSATPGAPA ASAAMQEALE GAGRIIDRLL QEDRAYPDLS ELLNVPVHTC PTISGVSEMD YPLQSPGLLT IPSLPEISAI RRVPLPPEL IEQFGHMQCN CMMGVFPEIS RAWLTIDSDI FMWNYEDGGD LAYYDGLSET ILSVGLVKPK TGIFQPHIRF L LVLSTPVD ...文字列:
MPSATPGAPA ASAAMQEALE GAGRIIDRLL QEDRAYPDLS ELLNVPVHTC PTISGVSEMD YPLQSPGLLT IPSLPEISAI RRVPLPPEL IEQFGHMQCN CMMGVFPEIS RAWLTIDSDI FMWNYEDGGD LAYYDGLSET ILSVGLVKPK TGIFQPHIRF L LVLSTPVD IVILGLSFAN LQPGNLNDSI SGGMQLLPDP LYSLPTDNTY LLSITSTDNG RIFLSGKDGC LYEVEYQAEA GW FSQRCRK INHSKSSLSF LVPSVLQFAF SEDDPIVQIA IDNSRNILYT RSEKGVIQVY DLGVDGHGMS RVASVSQNSL VSA AGNIAR TIDRNVFKPI IHISVIEMSE SVNCHLLAVT HTGVRFYFST VPFKQPTARP CMLALVHVRL PPGFSASSNV EKPS KVHKA LYNNGVLLMA ASENEDNDML WCINRDSFPF QKPMMETQVT TQVDGHSWAL SAVDEQKADK IVTPLNKDLI PLTDS PVII QQHMIPPKRF VLLSAQGSHI FYKLRPVDQL RHLLVSNSGG DGEEIERFFK LHQENQACAT CLILACSSAA SDREVS SWA ARAFFRYGGE AQLRVQSALH APSNVGPIFG SPLPVASPIP VGSPMPNPSF LGTPTQGACP PNVSTPAYGV ATPAPQP PA VPGMMGTEIV FSGKHNGICI YFCRIIGNIW DGSVAVENTF QSGNREVTAI DSSVTPQHLE SVLKELKGLL EFLDRYSQ F TAGSLGNPGF GTPANRQQRL VSLGRPDIGS SQQAQQELQR KYHTEAQLAE QFSLQGIHQL VRKMCQALAL WKLLCEHQF SLVVSDLQKE LQEQLKITTF KDLVIRDKEL TGALTASLIS CYIRDNASVD GISYRLQEVC PLLYSTDDAV CSKANELLQR SRHVPNKQE KERMLRESLK EYQKISQQVD LPNVCAQYRQ VRFYEGVVEL CLSAAEKKDP QGLGLHFHKN GEPEEDMAGL Q AFQERLNS YKCITDTLQE LVNQSKAAPQ SPSVPKKPGP PVLSSDPNML SNEEAGIHFE QMLKLAQRSA DELFNIALFN WL IQADLTD KLLELNSPFL EPHLVRMAKL DQNKVRYMDL LWRYYEKNRN FSNAARVVAK LADMHSPEIS LKQRLEYISR AIL SAKSST TMSTLAADGE FLHELEEKLE VARIQLQIQE TLTRQYSHHS TVGDAVSQLD SQLMDITKMF GQYADPFRLS ECKL AIIHC AGHSDPILVQ TLWQDIIDKE LSDSMGNSSV DRMQSLHLKI TSLGKIYAST PRYFPLEFLV KYLEQQVCNF SWDAG FVTY TMQEINVPVP KLLEVYDHLF KARDPWWSRM KKPLHLLESI YILLSGYVQE PSKVPSYERR RFTTLCLDAI SCYLVE LQS MDPAPALLNT VSNFKSLQAK LERLS

UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup155

+
分子 #8: GATOR complex protein SEC13

分子名称: GATOR complex protein SEC13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 35.315285 KDa
配列文字列: MVSVINTVDT SHEDMIHDAQ MDYYGIRLAT CSSDRSVKIF DVKNGGQILI ADLRGHDGPV WQVAWAHPMY GNILASCSYD RKVIIWKEE NGTWEKTYEY TGHDSSVNSV CWAPHDFGLV LACGSSDGAI SILTFTGDGP WEVKKISNAH TIGCNAVSWA P SVIPGSLV ...文字列:
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UniProtKB: Protein SEC13 homolog

+
分子 #9: Nuclear pore complex protein Nup96

分子名称: Nuclear pore complex protein Nup96 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 105.079148 KDa
配列文字列: SKYGLQDSDE EDDQLNNAEA KKLKAAPVPP QGKPPPLQQA TLPGKVTPPP QSPAVDQLDR VLELDSDMAD ITQDQDLDSV AEEQDITEE QEPLSASSHI ASSLGINPHA LQVMKASLLL EEEDGEMINR FSSFPSSMDP YPDVRSPRLF PSSHAKRTSS M GLLQSKFA ...文字列:
SKYGLQDSDE EDDQLNNAEA KKLKAAPVPP QGKPPPLQQA TLPGKVTPPP QSPAVDQLDR VLELDSDMAD ITQDQDLDSV AEEQDITEE QEPLSASSHI ASSLGINPHA LQVMKASLLL EEEDGEMINR FSSFPSSMDP YPDVRSPRLF PSSHAKRTSS M GLLQSKFA SPSISRISET AQGSHSPRIL PVTPWSVPAP LAPTFVIPRP APETHLRTVG TRRQQELVPL EKSVTHGRGS LL IDMGLFM GRSFRVGWGP NWTLVHNGDK LTERLNAEED QNMDTIDYGF LPKPTSAKSL TESPFKVHME KLSLEQKSRE LQS YLMPLE IELKNSSVDR SAQCPHFKPN AGVAAIHDYA GWVRNLSNEA GELEAVVKQW GLTWTLCESL WGQLKELEAS LDEP NEYVR NLERRKAFSH WLAHTAEERI EEEVSLYGPE RHVEAVFSFL TGGRISDACR LAQKSGDHRL SLLLSQMVGS QEMRE LISL QLVDWNKLQV DHYIQEERLR VFCLLSGTPV WRSSDNRSIN VCSQLDWKRT LAVHLWYMLP PTATIAQALR LYERAF QEH EEGEPYACYP LPPYLEDCSI SLGDEPSAKF SSLQRDVCVH LLKLYSERQY DLCQLLDPSS VTPDPLDYRL SWHLWMV LQ ALNYTHLSEH RQGTLHASYA AQLENVGLWE WAIFVLLHIP HPHIREAGVR ELLNRQCVVR ESPESLAKEN FLIHRLCV P AQWVHEAKAI RSRRDGDRHK EALYLLKGHQ WNPCHKLVTR HLAADAVINE NYRYLQSFLG ELSNPEHCKH IQDWETAGK VYLDYIRVID MLNLIQQDES SGCELEKLHT KVMSLCKWVE LIHCYTAKDR LAQSEMAKRV ANILRVVLSL QQPPESMSDS SEPRVPLRL LAPHIGRLPM PEDYALEELR GLTQSYLREL ICDS

UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96

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分子 #10: Nuclear pore complex protein

分子名称: Nuclear pore complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 105.398547 KDa
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UniProtKB: Nuclear pore complex protein

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分子 #11: Nuclear pore complex protein Nup93

分子名称: Nuclear pore complex protein Nup93 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 93.565156 KDa
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UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup93

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分子 #12: MGC83295 protein

分子名称: MGC83295 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 227.854141 KDa
配列文字列: MAAQLALNSE ASLWGPYREI WQTVLSALIK RQPEAVHSLD IVLKKYKPDF ISLFKNPPKS AQQHERVQKA STEGIPIKGT QRTRILEEQ LIKEAFILSD LYNIGEIAAV ELLLIGEQQQ PTFHGLTRGL VAILLYWDGK SCMAESLLHL IQARKGKTFT L DHSPEVVS ...文字列:
MAAQLALNSE ASLWGPYREI WQTVLSALIK RQPEAVHSLD IVLKKYKPDF ISLFKNPPKS AQQHERVQKA STEGIPIKGT QRTRILEEQ LIKEAFILSD LYNIGEIAAV ELLLIGEQQQ PTFHGLTRGL VAILLYWDGK SCMAESLLHL IQARKGKTFT L DHSPEVVS MVTRFTDDLM EQGLTNKILT LISQIDVNNE FDKLKKERGL GNKKHRKEVS DLIKECQQSL AHSLYSWSCQ TP LNREDTL LLIGYLEKVT VEGDGSLDKV NLTLLMSLLY CLDVGFLEQG TDDREELMKQ ASMFMDRQYI AAIHNRLQNT QPW KSPGMQ ATVRLAWALA LRGISQFSEV LEFSEADEPM AEIAIGGNVF LFLTEAVVGS ESFCTDEFFI RRIHKLVTDF PTLM PMKVK QLRNRAEEDA RLIQMSMQMG NEPPASLRRD LEHLLLLIGE LYRKDPFHLE LALEYWCPTE PLQSTSLMGS FLGVA HQRP PQRQVLLSKF VRQMSDLLPA TLYLPYLKML RGLASGPQCA HYCFSLLKAN GGSSAENLQA AGGSPVSWDH FFHSLM LYH EHLRRDLPNT DNIHQRHPPL RGITQRELDG LIACLQLTCT IIDWSESARL ALCEHAQWMP VVVILGLLQC SIPPLLK AE LLKTLAAFGK SPEIAASLWQ SLEYTQILQT VRATGLRQGV GIEVELNEIE SRCEEYPLTR AFCQLISTLV ESSFPTNL G AGLRAPGFEP YLQFLRDTVF LRYRTRAYRR AAEKWEVAEA VLDVFYKLLK DYEPQPEDFV DQYVELQGEE RVAFKPPGF SLMHHLLNES PMLELCLSLM EEGVTQLDTY APFPGKKHLE KAVAYCFMLL NLTLQKENRF MDLLRESHLS MIVTPLEQLL QGINPRSKK ADNVVNIARY LCHGNSNAEL AFESAKILCS ISCNSKIQEK IVGDFTQDQN VSQKLMVGFV SCLDSEEAEE L LDSEKEAE DQVKQTNIRY MTKIHILNLL ITSLEMKAPN LAMFLLGYEL KKPVSTTNLQ DSGVLGCPRT CLHSILDILR KG TDVRAGP VAVWDTPHLA ELCYQVIYQL CACADTSGPT MRYLRTSQDF LFSQLQHLPF SVEESEISAM NQMSWLMKTA TIE LRITSL NRQRSHTQRL LHLLLDDMPT RPYSADGEGG MEDESRSLSG FLHFDTTSKV RRKILRILDS IQFSNEIPEP LQLD FFDRS QIEQVIANCE HKNRRGQTVC NVKLLHRVLV AEVNALQGMA AIGQRPLLME EINTILQYVV ERNKLLQCLH AKRHA LESW RQLVEIILTA CPQDLIPTEH RQLIIRDLLQ DLHVKILDDD AAQELMPIVA GAVFTLTAHL SQSVRTELKQ PMTASG LGQ SQYVQMLDGS FAAPPGTENI SAGFASIGDS SLHMILRNLL EFILKTGGGF QRVRAHLYGS LLYYLQIAQR PDEPDTL ES AHKSMWERLT APEDVFSKLQ RDNLSIFESY GTALMEVVCR DACDGHDIGR MLALALLDRI VSVDRQQQWL LYLSNSGY L KVLVDSLAED DVVLRNLLTP QPPLLKALYI YESKMAFLTR VAKSSQGAIE LLRSGVIVRL AQCQVYDMRP ETDPHGVFG MRETPVFIPA PVERYRQILL PALQICQLIL TSSTAQHLQA AGQVLQFLVA HSDTIQAILR SQEGSLGSLQ ELALLTGIIS KAALPGVLN ELDIGLNDGS MMELQGHIGR FQRQCLALLN RFGGSDRLRQ LSLQDDSSRL DGVSKKDDME LAMQQICSNV M EYCQALMI QNSPSFQQTV CLFTPSLKES ASRDGTRQDS QVSILPSWRL PSLGVVIHLL KQSANNFFTY YDIHRQSVGK LQ NVEQLPP DEIKELCQSE MPVGADKIST TQKYGLARRR LVKLINSRAK LLSLCSYIIE TCLYILWRHL EYYLLHCTTS DSQ DPVFSN MTFGNRRFQD TFNTDPNMDP RNLRQNKVSQ QDVDTLLREG ANSFGESLQK RLLDIESLYC KVRSRHSFIQ ALVR RIRGL LRVSRV

UniProtKB: MGC83295 protein

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分子 #13: Protein ELYS

分子名称: Protein ELYS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 268.771125 KDa
配列文字列: MQNLEAQVTG SLVAFPDVTQ KALKEDEINL DSVLRGKFST GRTSLAWLAC GPQLEITNSV TGERISAYHF SGLTERPPVV VAVKEFTWQ KKTGLLVGLV EAEGSVLCLY DIGISKVVKA VVLPGSVTAV EPIINHGGAS ASTQHLHQSL RWFFGVTAVV T DVGHVLLI ...文字列:
MQNLEAQVTG SLVAFPDVTQ KALKEDEINL DSVLRGKFST GRTSLAWLAC GPQLEITNSV TGERISAYHF SGLTERPPVV VAVKEFTWQ KKTGLLVGLV EAEGSVLCLY DIGISKVVKA VVLPGSVTAV EPIINHGGAS ASTQHLHQSL RWFFGVTAVV T DVGHVLLI DLCLDEVSSN QDELDASDLE VMSVIPTKIP KLREAATRER RHLCLQLAAP TGTTVSCLSY ISRTNQLAVG YS DGYFSLW NMKTLRRDYH VQIEGGRVPV CAVAFQEPEN DPRNCCYLWA VQSSESGGDV SLHLLQLAFS DRKCLASGQI MYE LLEYCE ERYSLDLSGS TLSLRGQSNN TKLLGCQTIE KFRVHGERED GVHEVTSPDT SVSVFSWQVN TYGQGKPSVY LGVF DINRW YQAQMPDSLR SGQFLRNCSY FAFWSLEAVV NITTQDIIFD ILVHERSLSR GIPPSYPPPE QFYYPSTYNF DATCL LNSG LIHFACTGFQ KETLHFLKKS GSSLNEAIPD GYNRCLAAGL LAPKFTDVQA SSLSQEEQLQ AILAAAVETS SLGLLT SCI KRWTAEEQPR SAANLRFVLE WTWKKVTLTK QEFDRLCFRL FDGSCNFIDP HTLQSLQQCH LYFSNLTAVL NCFIAQA KE VTQQGAVDLT NKQSVTRLLT LYASVVLWFC RSGMLPDSSD ETVQLTRPFY NYQVIQQYYS DQRKKLERLA RGKWDTSS L MIDGLINQFG DRIQQLWSRD DNGTGKYPPA NLHALLDVYL LENADEMSKH AITIYFLLDI MYSFPDKPDS SIESFPTAF FVPGSLIKLI QGFWLLDHND YQNSVDCILN PASSRVMSWQ HSQIIENLLC HGDSRQALRY LQVMKPVATT SKEVKLHMTV LLANRSILE AWNLQRLHSS RLNVEELLKH MYEMCQEMGL IEELLKLTFT DFEQGYLHKF LQTTGVQNQE LLLVHHLQRA N YISALQLN QSLKTNHLND CDRRLRERSG ARNAILDQYG KILPRVQRTL ASERAKPYSL PSLVWREVAR PKPLSTTAKQ AA PGSIITK ANFICNVLSK IKEVSTANEK REEYSPYQSM VSEEPTAPPL QDIDVPDAFF GTPINKSRRV SRLLDSVVHP VLM EPTPLT SSDTDNNQTP HKSPLLKTSS PLHSSLRRIA HMRSFAKASE FSLLETPLVV RKAKALAANT ASSGYTSITP QSIL RSSVR TTPLVSPSVS PGRSLTPPLR PKETKISFME LSFTRHAKAA HSSEGNLLAI SPVLRSSPDA VWSVKGKVAS FTQNT PVKK LDEIDASSSG IQEESQDEME VSKEISNISV RSEQASLEYH DAPTPEDLEN DEISGTTNSQ PQVNEVHHQM EDGQLT EKP AELALTEMQE EFIDSEEREI EYISAPLNGP NALECMTAVP DIYLEDASQC ILETPEGSSV SVTGEQECVS SAKDSES VI SIHDSDDAHS NLSENDQDSE EIEENNLRVP TTVTRCEEFD LIETKDLEVE LEEADSEKTN YKDIYPDATV QLGFTVES I EQRYTCELAD RRETPSETDE IEGEHFETEN NFSLVLEGDV TEEEILEPSS SKTDLELTRP PIAHQKLISE NRENIENCE TTEKIPANMS PLVDSDHESK TLETLPSEAD LSVAEKVLKG TEEKDVPPEV HSEVVLESKL VGNAMMSLDS SESQEVIISQ YDNVISIEK LEMTQEKMYG EKTEQINEGQ VSPNRDQSTL VKPLTPRRSI RKSSKPADSS TDIIGNITLP TTPKRGLKKA K ENVDTLKN SISVVPEEEL TLGTRRITRK ATLTALDNPE PLQIKEPPSG EDLQVQPSTP TRGRRGKVIT SDDLKEPPSG ED LQVQPST PTRGRRGRVI TSDDLREPPP GEDLQVQPST PTRGRRGRVI TSDDIKESPS VEDLQVQPST PTRGRRGKVI TSD DIKEPP SVEDLQVQPS TPTRGRKGKV ITSDDIKEPL SGEDLQVQPS TPTRGRKGKV ITSDDIKEPL SEEVLQEQPS TPTR GRRGR VITSDGKGYE CVEEKNALPL TPTRITRSKN ILEPEKGISQ IEPEKGISQI EPDKGLSQIE DTGETEHEVV TPRRG RRGK RVVNELVKHF ERNSSQPNIK ADTSPPVSPK KVSLRWTRTR SENQRINATE EQASKIQEDL SDTPRKRYKK SSNKMG FEE TTDTVTEGAI VEDVQESLII SHLGKNPNTS IVRSARKTAL PPVTEDHSEQ PLLPPESHSK VHSSLAIADE ENKTNTR TR SGNKSSVDVS AITFEFSTPK ARTKKTAKGS AVPTELIPST QYVFSPPSTR TRRATRANVS EAVIEPQLQF QESCEIAE T EVPEVPASKP RGRPPKHKAK AVTRVLKKPS WSTPPVEIKL ISPPESPAVS ETNTKTDSTE AKGAEKISVR RTRRRIIAK PVTRRKMR

UniProtKB: Protein ELYS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 813020
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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